第一周筆記匯總

昨天和一位也在自學生信的同學交流自學的心境，他在我的唆使之下也在簡書更新自己的筆記，可以搜索小鄭的學習筆記。期間，他說道

非常慶幸自己能夠堅持把自己學到的知識和困惑以文字的形式記錄下來。以前導師讓我搞網頁的時候折騰過Apache，當時一邊學習一邊記錄。幾個月過去后，導師又讓我重新負責，盡管我已經忘記了具體的步驟，但是看到自己的筆記就全部想起來了。

這也就是為什么我鼓勵學習小組記錄筆記的原因。你不需要把筆記寫的多么好，只需要記錄自己遇到的問題以及當時的解決方法就行了。就比如說我這次的筆記就主要寫的是”如何用虛擬機安裝Linux和Xshell連接服務器的方法“。并且我也從別人的筆記中看到如何保證數據的可重復，以及詳細虛擬機安裝方法。

筆記的意義就在于未來出現的問題，或許現在已經解決了，于是通過筆記你就能瞬間穿越到寫筆記的那一刻了。

以下為已經上交且和第一周任務關聯度較大的筆記:

• coldlandkuma: Biostar_Handbook(1)生物信息學環境搭建
• bingli：Biostar lesson 2 基礎生物知識和計算機設置
• Hypdoctor：生物學基礎及環境準備--The learning notes of the biostar handbook(1)
• 大寶貝喜歡徐先生：YXF-biostar第一周作業
• 天地本寬：Biostar入門學習筆記(1)：軟件準備
• 正樹_9838：對書中重復數據的相關筆記
• 簡書蠶賬號：Biostar handbook學習筆記一
• hoptop：biostarhandbook(二)分析環境和數據可重復.
• pearlp：Biostar(2)
• 綺夢云飛 ：biostar handbook （1）
• biotar 學習筆記（2-2）--- 環境配置、數據的重復性
• chaimol ： 第1周 生信人應該具備的能力和開發環境配置
• 何元林 : doctor.py 初接觸
• 白羊鐵蛋：第二章和第三章學習筆記

第二周任務

從某種意義而言，不掌握Linux或者Unix系統就無法順利的進行生信學習，原因就是大部分流程都是運行Linux服務器上，結果就是絕大部分生信軟件也都只能在Linux下運行。你可以嘗試進行源碼編譯，移植到Windows平臺。

為此，你需要把Linux用的像Windows那樣熟練，把所有Windows的相關操作都用命令映射，因此作業1就是

把自己Windows下的操作記錄下來，然后在Linux下找到對應的指令實現。

案例1，文件移動 ：Windows的文件移動需要右擊文件，選擇剪切，然后到目錄路徑下粘貼，在Linux下則是mv SRC DEST

案例2， 軟件安裝： Windows都是先百度軟件名，然后去官網下載，雙擊exe，選擇安裝路徑，不斷下一步，或者去某軟件管理器下搜索，之后自動安裝。在Linux下的軟件安裝有哪些方法，請記錄。

案例3， 數據壓縮： Windows是下載一款壓縮軟件，然后壓制成ZIP或者RAR或者7z等。在Linux下則是用gzip等壓縮，不過一般還要先用tar打包。

作業二： 用管道命令分析數據

We should have some ways of connecting program likes [a] garden hose -- screw in another segment when it becomes necessary to massage data in another way.
--Doug McIlory(1964)

用好Linux的管道命令， 這個是從Linux新手進階的必須理解的理念，結果是大家都能夠理解下面這段命令，它的功能是計算 input.txt(input.txt里面存放的是一篇英語文章。) 里面出現頻率最多的單詞。

cat input.txt | tr -cs A-Za-z '\n' | tr A-Z a-z | sort | uniq -c | sort -rn | sed 10q

正所謂熟能生巧，所以請保證自己能夠在不看Data analytics with Unix的情況下，也能熟練提出問題和解決問題。

更多題目見 http://rosalind.info/problems/topics/string-algorithms/ , 嘗試用管道命令解決這個問題。

其他作業

第三個作業 是了解一下正則表達式（regular expression），知道它的用途即可。
第四個作業： 這個僅對自己有超高要求，并且能夠毫無壓力完成前面三個作業的人，也就是掌握grep,sed,awk的用法，至于要學習到什么程度，取決于你自己的能力。

以下為和第二周相關，但在第一周上交的作業：

• linux基礎命令和相關幫助文檔說明
• Biostar入門學習筆記(1)：Some basic but useful code

參考資料

Google is your friend. If you are not able to contact this friend due to some reason, you can baidu how to find google.
--by xuzhougeng

• CodeAcademy: Learn the command line
• Software Carpentry: The Unix shell
• Command line bootcamp
• Unix and Perl Primer for Biologists
• Learn Enough Command Line to Be Dangerous
• The Command Line Crash Course
• Learn Bash in Y minutes
• 問問ubuntu
• stackoverflow
• shell解釋

總結

以上是生活随笔為你收集整理的biostar handbook: 第一周笔记汇总+第二周任务布置的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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