SRA數據的的處理流程大概如下

一、SRA數據下載、

NCBI 上存儲的數據現在大都存儲為SRA格式。

下載以后就是以SRA為后綴名。

這里可以通過三種方式下載SRA格式的數據。

1.通過http方式，2.通過ftp方式，3.通過Aspera

Aspera可以在NCBI網站上下載。

參閱：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/

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二、SRA格式轉換成FASTQ格式

./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra

fastq-dump可以在ncbi官方網站下載，這里面包含一系列的轉換工具；

參閱：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK56560/

http://eutils.ncbi.nih.gov/Traces/sra/?view=software

轉換成FASTQ，SFF，lllumina native，AB SOLiD native等格式；

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另，轉換FASTQ以后要轉換成FASTA 命令如下：

awk '{if(FNR%4==1) print ">",$0; else if(FNR%4==2) print $0;}' a.fastq >a.fasta

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以上部分為預處理部分：

當然我做的方向是比對方向，就可以用fasta做比對工作了。

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后面還可以做其他反面的研究：

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3.去接頭（此步要注意是否有接頭，一般RNA-SEQ數據應該是沒有接頭的）

4.用tophat尋找可變剪切

tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq

5.用cufflinks找不同組織中的差異

cuffdiff genomeAnnotation.gff ? ../BF/accept.bam ./accept.bam

來源：http://blog.sciencenet.cn/blog-565558-626137.html

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可能會用到的修改目錄權限的linux命令

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Linux改變分區權限（簡單好用版）

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原理：

1.在Linux和Unix世界里，一切都是以文件的形式存在的。文件夾是文件，文件是文件，設備也是文件。
2.分區在掛載后，會在 /media/ 下以文件夾的形式顯現
3.chmod用于修改權限 而chmod ugo+rwx 用于給所有的用戶和用戶組添加所有的權限

步驟：
1.假設需要修改權限的分區名為x
2.掛載x
3.賦權

代碼:
sudo chmod ugo+rwx /media/x

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轉載于:https://www.cnblogs.com/suncoolcat/p/3283656.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的NCBI SRA数据预处理的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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