一般來說網絡圖都是R語言導出數據放入cytoscape里面繪制，今天想試試在R語言內部去畫，確實有相應的R包(igraph)可以做，不是專門針對PPI網絡來的，自己組織一下數據可以畫。

尤其是基因數量比較少的情況下，還是很好用的，省掉手動點鼠標的重復操作。要是基因數量多了，可能會有基因重疊，得把圖導出去修改，就不如cytoscape里直接拖動方便了。

1.輸入數據

string_interactions.tsv是從string網頁下載的PPI網絡輸出結果文件。圖上基因的顏色是按照上下調來分配的，在這個例子里基因上下調信息是編的，實際應用時可以從差異分析結果中得到。

2.樣圖

3.代碼如下

library(igraph) links= read.delim("string_interactions.tsv") network <- graph_from_data_frame(d=links[,c(1:2,13)], directed=F)  deg <- degree(network, mode="all")nodes <- data.frame(     name=unique(links$X.node1),     group=c( rep("up",6),rep("down",5))) network <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F) my_color = c("#

總結

以上是生活随笔為你收集整理的R 语言PPI网络的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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