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在本文中，我描述了如何在CRAN中搜索用于繪制ROC曲線的包，并重點(diǎn)介紹了六個(gè)有用的包。

盡管我從一些我想談?wù)摰能浖_始就有了一些想法，例如ROCR和pROC(我在過去發(fā)現(xiàn)它們很有用)，但我還是決定使用 相對(duì)較新的軟件包pkgsearch來搜索CRAN并查看其中的內(nèi)容。該package_search()函數(shù)將文本字符串作為輸入，并使用基本的文本挖掘技術(shù)來搜索所有CRAN。library(tidyverse) # for data manipulation

library(dlstats) # for package download stats

library(pkgsearch) # for searching packages

經(jīng)過一番嘗試和錯(cuò)誤之后，我確定了以下查詢，其中包括許多與ROC相關(guān)的有趣軟件包。

rocPkg %

filter(maintainer_name != "ORPHANED", score > 190) %>%

select(score, package, downloads_last_month) %>%

arrange(desc(downloads_last_month))

head(rocPkgShort)

## # A tibble: 6 x 3

## score package downloads_last_month

##

## 1 690. ROCR 56356

## 2 7938. pROC 39584

## 3 1328. PRROC 9058

## 4 833. sROC 4236

## 5 266. hmeasure 1946

## 6 1021. plotROC 1672

為了完成選擇過程，我做了艱苦的工作，瀏覽軟件包的文檔，以挑選出我認(rèn)為通常對(duì)大多數(shù)數(shù)據(jù)科學(xué)家有用的內(nèi)容。下圖使用了Guangchuang Yu的dlstats軟件包，查看我選擇分析的六個(gè)軟件包的下載歷史記錄。library(dlstats)

shortList

downloads

ggplot(downloads, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +

geom_line() + geom_point(aes(shape=package)) +

scale_y_continuous(trans = 'log2')

2005年

以下代碼ROCR使用包裝隨附的綜合數(shù)據(jù)集設(shè)置并繪制默認(rèn)的ROC曲線。在整個(gè)文章中，我將使用相同的數(shù)據(jù)集。library(ROCR)

## Loading required package: gplots

##

## Attaching package: 'gplots'

## The following object is masked from 'package:stats':

##

## lowess

# plot a ROC curve for a single prediction run

# and color the curve according to cutoff.

data(ROCR.simple)

df

pred

perf

plot(perf,colorize=TRUE)

## Loading required package: gplots##

## Attaching package: 'gplots'

## The following object is masked from 'package:stats':

##

## lowess

2010

pROC也受到數(shù)據(jù)科學(xué)家的歡迎。我喜歡AUC在圖中繪制曲線下面積的置信區(qū)間非常容易。

2014年

該roc.curve()函數(shù) 會(huì)繪制出干凈整齊的ROC曲線 。

2014年

該軟件包提供了許多功能豐富的ggplot()幾何圖形 。

2015年

precrec 是另一個(gè)用于繪制ROC和精確調(diào)用曲線的庫。##

## Attaching package: 'precrec'

## The following object is masked from 'package:pROC':

##

## auc

該evalmod()函數(shù)的參數(shù)選項(xiàng)使生成各種模型特征的基本圖變得容易。

2019

ROCit是一個(gè)用于繪制ROC曲線和其他二進(jìn)制分類可視化效果的新程序包 ，并且正在迅速普及。

## Warning: package 'ROCit' was built under R version 3.5.2

下圖顯示了正響應(yīng)和負(fù)響應(yīng)的累積密度。KS統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示兩條曲線之間的最大距離。

ksplot(ROCit_obj)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的r 语言roc_R语言画ROC曲线总结的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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