r 语言roc_R语言画ROC曲线总结
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在本文中,我描述了如何在CRAN中搜索用于繪制ROC曲線的包,并重點(diǎn)介紹了六個(gè)有用的包。
盡管我從一些我想談?wù)摰能浖_始就有了一些想法,例如ROCR和pROC(我在過去發(fā)現(xiàn)它們很有用),但我還是決定使用 相對(duì)較新的軟件包pkgsearch來搜索CRAN并查看其中的內(nèi)容。該package_search()函數(shù)將文本字符串作為輸入,并使用基本的文本挖掘技術(shù)來搜索所有CRAN。library(tidyverse) # for data manipulation
library(dlstats) # for package download stats
library(pkgsearch) # for searching packages
經(jīng)過一番嘗試和錯(cuò)誤之后,我確定了以下查詢,其中包括許多與ROC相關(guān)的有趣軟件包。
rocPkg %
filter(maintainer_name != "ORPHANED", score > 190) %>%
select(score, package, downloads_last_month) %>%
arrange(desc(downloads_last_month))
head(rocPkgShort)
## # A tibble: 6 x 3
## score package downloads_last_month
##
## 1 690. ROCR 56356
## 2 7938. pROC 39584
## 3 1328. PRROC 9058
## 4 833. sROC 4236
## 5 266. hmeasure 1946
## 6 1021. plotROC 1672
為了完成選擇過程,我做了艱苦的工作,瀏覽軟件包的文檔,以挑選出我認(rèn)為通常對(duì)大多數(shù)數(shù)據(jù)科學(xué)家有用的內(nèi)容。下圖使用了Guangchuang Yu的dlstats軟件包,查看我選擇分析的六個(gè)軟件包的下載歷史記錄。library(dlstats)
shortList
downloads
ggplot(downloads, aes(end, downloads, group=package, color=package)) +
geom_line() + geom_point(aes(shape=package)) +
scale_y_continuous(trans = 'log2')
2005年
以下代碼ROCR使用包裝隨附的綜合數(shù)據(jù)集設(shè)置并繪制默認(rèn)的ROC曲線。在整個(gè)文章中,我將使用相同的數(shù)據(jù)集。library(ROCR)
## Loading required package: gplots
##
## Attaching package: 'gplots'
## The following object is masked from 'package:stats':
##
## lowess
# plot a ROC curve for a single prediction run
# and color the curve according to cutoff.
data(ROCR.simple)
df
pred
perf
plot(perf,colorize=TRUE)
## Loading required package: gplots##
## Attaching package: 'gplots'
## The following object is masked from 'package:stats':
##
## lowess
2010
pROC也受到數(shù)據(jù)科學(xué)家的歡迎。我喜歡AUC在圖中繪制曲線下面積的置信區(qū)間非常容易。
2014年
該roc.curve()函數(shù) 會(huì)繪制出干凈整齊的ROC曲線 。
2014年
該軟件包提供了許多功能豐富的ggplot()幾何圖形 。
2015年
precrec 是另一個(gè)用于繪制ROC和精確調(diào)用曲線的庫。##
## Attaching package: 'precrec'
## The following object is masked from 'package:pROC':
##
## auc
該evalmod()函數(shù)的參數(shù)選項(xiàng)使生成各種模型特征的基本圖變得容易。
2019
ROCit是一個(gè)用于繪制ROC曲線和其他二進(jìn)制分類可視化效果的新程序包 ,并且正在迅速普及。
## Warning: package 'ROCit' was built under R version 3.5.2
下圖顯示了正響應(yīng)和負(fù)響應(yīng)的累積密度。KS統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示兩條曲線之間的最大距離。
ksplot(ROCit_obj)
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的r 语言roc_R语言画ROC曲线总结的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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