CPT文件：該文件為模擬斷點文件(check point，.cpt)。該文件為模擬過程固定時間間隔產生，保存模擬系統所有信息。該文件一部分可以在能量文件(.edr)找到，一部分可以在雙精度軌跡文件(.trr)中找到。如果模擬因為外界條件中斷，可以使用該文件重新在斷點處開始模擬，以節省模擬時間。同時也可以依靠該斷點文件開始，并延長模擬計算(見tpbconv)。

EDR文件：系統能量文件(energy，.edr)。該文件記錄模擬輸入文件中定義的能量組的各種相互作用能量等。

EPS文件：封裝文件格式(.eps)，并不是GROMACS自身文件格式，可以當圖片打開。LINUX系統下一般已經有默認打開程序，WINDOWS要安裝其他打開程序。GROMACS的DSSP等通過xpm2ps處理后都是這個文件格式。

G87文件：分子坐標文件(.g87)。該文件記錄并只記錄原子坐標和速度，不含原子序號。并只記錄常壓強模擬系統的盒子信息。

G96文件：分子坐標文件(.g96)。GROMOS96程序的分子坐標文件，模擬程序以C語言格式寫入，精度較高，但是會比較大。包含有文件頭，時間步，原子坐標，原子速度，以及盒子信息等。

GRO文件：分子坐標文件(.gro)。GROMACS的最主要分子坐標文件。該文件類型的各個文本列字數固定，C語言的寫入格式為："%5d%5s%5s%5d%8.3f%8.3f%8.3f%8.4f%8.4f%8.4f"。具體固定文本列有：殘基序號，5位數；殘基名稱，5字母；原子名稱，5字母；原子序號，5為數；原子坐標三列，X，Y，Z坐標各8位數，含3個小數位；速度同坐標，速度單位為nm/ps(km/s)。

ITP文件：分子拓撲文件(.itp)。被主拓撲文件(.top)包含的分拓撲文件，一般包含某個特定分子的類型。與主拓撲文件區別是它不引用其他力場文件，同時不包含[system]，[molecule]等拓撲字節。

M2P文件：xpm2ps程序配置文件，定義輸出eps文件中顏色，字體種類及大小等。

MDP文件：GROMACS的模擬配置文件(.mdp)。該文件所含定義較多，各關鍵字的含義可以查閱GROMACS手冊。

N2T文件：原子名稱及類型對照文件(.n2t)。x2top程序可以按照原子名稱得到該原子的原子類型力場參數，N2T就是x2top程序掃描的數據庫，文件很小。文件中文本行有原子名稱，原子類型，原子電量，原子質量，該原子與其他原子成鍵距離等。

NDX文件：原子索引文件(.ndx)。該文件含原子的序號，當使用make_ndx程序生成索引文件時，可以定義不同的原子組，每組名下即是該組所含各個原子的序號。

PDB文件：分子坐標文件(.pdb)。

RTP文件：殘基力場參數文件(.rtp)。該文件包含常見殘基的力場信息，包括殘基所含原子，成鍵種類等。使用pdb2gmx處理PDB文件時，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中尋找對應的殘基力場信息。

TOP文件：模擬系統的拓撲文件(.top)。該文件就是所謂十分及其著名的系統拓撲文件，其包含各個關鍵字都十分易懂；一般其還包含引用其他力場文件(#include)。TOP文件一般由pdb2gmx產生，grompp程序生成模擬TPR文件時使用。

TPR文件：模擬打包文件(.tpr)。該文件打包模擬需要各種信息，包括模擬系統，模擬控制等。

TRJ文件：全精度軌跡文件(.trj)。該文件包含模擬系統模擬各個時間下的原子坐標，速度和受力等。所含幀數頻率由MDP文件控制，文件較大。

XPM文件：數據矩陣文件(.xpm)。該文件矩陣中每個值即是矩陣點所表示的物理量大小(也可以是布爾值)。該文件其實就是二維圖，可以使用xpm2ps轉換為圖片。

XTC文件：模擬軌跡單精度文件(.xtc)。單精度軌跡文件，文件較TRR和TRJ小，為常用分析文件。包含模擬系統中原子坐標，模擬時間，和模擬盒子信息。

XVG文件：二維圖標文件(.xvg)。二維畫圖工具xmgrace的默認文件，可以使用xmgrace打開。

aminoacids.dat

該文件保存GMX默認的蛋白質和核算的默認殘基名稱。如果計算過程要建立一個新的蛋白質或者核算殘基，可以將新的殘基名稱加到該文件中，并增加文件第一個的整數即可。有時候可以將該文件拷貝到當前工作文件夾進行編輯，以不影響其他計算的命名(GMX的文件搜索總是從當前目錄開始的)。

FF.dat

GMX默認力場列表，即pdb2gmx處理PDB文件時可以選擇的立場列表。增加新的力場，可以編輯該文件，并修改文件第一行的整數，使其與力場種類數目一致。

specbond.dat

GMX處理特殊化學鍵的文件，特殊化學鍵包括二硫鍵，血紅素鐵原子于其他原子成鍵等。該文件第一行指明特殊鍵對的數目，第二行開始即為各個特殊鍵對的信息，其中第一列為鍵對第一個殘基的名稱，第二列為該殘基成鍵原子的名稱，第三列為該原子可以成鍵的數目，第四到第六列為成鍵另一個殘基的信息，第七列為該化學鍵的平衡長度，此后兩列為成鍵后殘基的新名稱。

vdwradii.dat

原子范德華半徑數據庫。使用genbox為系統添加水分子，或者使用genion為系統添加離子時，各個原子間的距離要大于兩個原子范德華半徑之和，否則為原子重疊。

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總結

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