gis影像格式img转为ecw_医学影像图片格式
(1)Analyze格式:Analyze格式儲存的每組數據組包含2個文件,一個為數據文件,其擴展名為.img,包含二進制的圖像資料;另外一個為頭文件,擴展名為.hdr,包含圖像的元數據。
(2)NIFTI格式:標準NIFTI圖像的擴展名是.nii,也包含了頭文件及圖像資料。由于NIFTI格式和Analyze格式的關系,因此NIFTI格式也可使用獨立的圖像文件(.img)和頭文件(.hdr)。
在fMRI的早期,Analyze格式最常用的格式,但現在逐漸被NIFTI格式所取代。Analyze格式主要不足就是頭文件不能真正反映元數據。單獨的.nii格式文件的優勢就是可以使用標準的壓縮軟件(如gzip)進行壓縮,而且一些分析軟件包(比如FSL)可以直接讀取和寫入壓縮的.nii文件(擴展名為.nii.gz)。
# 處理nii類型圖片 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D from nibabel import nifti1 import nibabel as nib from matplotlib import pylab as plt import numpy as np import matplotlib# matplotlib.use('TkAgg')# 文件名,nii或nii.gz example_filename = './AD/AD_001/AD_001.nii' img = nib.load(example_filename)# 打印文件信息 print(img) print(img.dataobj.shape)width, height, queue, d = img.dataobj.shape# 顯示3D圖像 OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()# 計算看需要多少個位置來放切片圖 x = int((queue/10) ** 0.5) + 1 num = 1# 按照10的步長,切片,顯示2D圖像 for i in range(0, width, 10):img_arr = img.dataobj[:, i, :]img_arr = np.squeeze(img_arr)plt.subplot(z, z, num)plt.imshow(img_arr, cmap='gray')num += 1plt.show()nii圖像為三維圖像,進行切片后分別表示矢量面,冠狀面,軸狀面
如何讀取NIFTI格式圖像(.nii文件)_The Thinker-CSDN博客_nii文件?blog.csdn.netNII文件可以直接用軟件打開,也可以利用代碼進行解析
ITK-SNAP 軟件的下載地址為:下載地址
分別顯示了
軸的圖像,不僅可以展示醫學圖像本身,還可以展示對應的分割結果,可以將分割的nii拖入,并選擇以分割的形式載入。
DICOM格式圖像查看方式使用軟件MicroDicom
軟件的下載地址:下載地址
DICOM 即醫學數字成像和通信,是醫學圖像和相關信息的國際標準(ISO 12052)。它定義了質量能滿足臨床需要的可用于數據交換的醫學圖像格式,可用于處理、存儲、打印和傳輸醫學影像信息。
Pydicom是一個處理DICOM文件的純Python軟件包。它可以通過非常容易的“Pythonic”的方式來提取和修改DICOM數據,修改后的數據還會借此生成新的DICOM文件。
作為一個純Python包,Pydicom可以在Python解釋器下任何平臺運行,除了必須預先安裝Numpy模塊外,幾乎無需其它任何配置要求。其局限性之一是無法處理壓縮像素圖像(如JPEG),其次是無法處理分幀動畫圖像(如造影電影)
Python 處理醫學影像學中的DICOM?blog.csdn.net如何讀取NIFTI格式圖像(.nii文件)_The Thinker-CSDN博客_nii文件?blog.csdn.net功能性磁共振(fMRI)和結構性磁共振(sMRI)的區別
兩者為現在MRI的兩個分類,都是基于核磁共振技術產生的成像技術。核磁共振技術本身是基于物理研究所發現的技術,原子核在磁場作用下按照一定的序列排列。很明顯我們的人體內充斥著各種原子。根據不同的需求,科學家利用核磁共振檢測了不同的原子達到了不同的目的。
sMRI:顧名思義,是為了產生某一組織結構的一項成像技術。科學家利用了氫原子,因為人體任何組織里都有水分子(不用氧原子后面說),自然用氫原子來定位比較準確干擾少。如下圖,科學家可以利用MRI探究腹腔內情況。
fMRI:究針對某個腦活動(腦功能定位)激發某個腦區活動進行研究。這一項大幅提升MRI技術的創始人是日本科學家小川誠二,他突破性使用血氧濃度相依對比(Blood oxygen-level dependent, BOLD)。簡單而言就是,在某個腦區劇烈活動時候必然消耗更多的能量,自然就要消耗更多氧氣(相對應的,PET技術針對能量代謝的成像技術,不過需要服用同位素藥物),所以說通過檢測血氧對比程度可以發現腦區活動情況。如下圖,科學家可以通過BOLD探究腦部活動區別。
總的來說sMRI是看器官結構有沒有什么變化(增長,萎縮,變形等)。而fMRI是看腦功能情況,比如視覺活躍時哪個腦區處于活躍狀態,又或者單手運動時哪個腦區信號升高等。
功能性磁共振成像(fMRI)和結構性磁共振成像(sMRI)有什么區別?--知乎_小紅花yu-CSDN博客
MRI影像檢查有一個突出特點,就是有著多種多樣的成像序列。這些成像序列能夠產生各具特點的MRI圖像,不僅能夠反映人體解剖形態,而且能夠反映人體血流和細胞代謝等生理功能信息。
面對多樣化的MRI影像,醫生往往需要借助專業化的軟件來閱讀和理解影像。這里的專業化軟件,既包括MRI設備自帶的后處理工作站,也包括目前醫院普遍配備的PACS系統,另外還包括來自于第三方獨立廠商的影像后處理軟件等。與成像序列的多樣性相對應,MRI影像軟件也包含和提供了豐富的顯示、測量和分析處理功能,來輔助醫生閱片,提高診斷效率和準確率。
MRI掃描方式可以簡單的劃分為常規掃描和功能掃描兩大類。常規掃描主要反映解剖形態;功能掃描則以不同方式反映人體新陳代謝、血液流動等功能信息。常規掃描包括T1加權、T2加權成像,血管造影成像,以及動態增強成像等。功能成像包括了彌散加權成像(DWI),灌注加權成像(PWI),磁共振波普成像(MRS)和血氧飽和水平依賴成像(BOLD)等。
T1加權(T1 Weighted)和T2加權(T2 Weighted)是最常用,也是最基礎的常規掃描。幾乎所有的臨床MRI檢查都會包含T1加權和T2加權掃描。這里的“加權”,就是突出的意思。
如下圖所示,T1加權突出顯示解剖結構,T2加權則能夠突出顯示病灶
左:T1加權圖像 右:T2加權圖像
MRI影像學習筆記(一)_醫影雜記-CSDN博客?blog.csdn.net 創作挑戰賽新人創作獎勵來咯,堅持創作打卡瓜分現金大獎總結
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