（1）Analyze格式：Analyze格式儲(chǔ)存的每組數(shù)據(jù)組包含2個(gè)文件，一個(gè)為數(shù)據(jù)文件，其擴(kuò)展名為.img，包含二進(jìn)制的圖像資料；另外一個(gè)為頭文件，擴(kuò)展名為.hdr，包含圖像的元數(shù)據(jù)。

（2）NIFTI格式：標(biāo)準(zhǔn)NIFTI圖像的擴(kuò)展名是.nii，也包含了頭文件及圖像資料。由于NIFTI格式和Analyze格式的關(guān)系，因此NIFTI格式也可使用獨(dú)立的圖像文件（.img）和頭文件（.hdr）。

在fMRI的早期，Analyze格式最常用的格式，但現(xiàn)在逐漸被NIFTI格式所取代。Analyze格式主要不足就是頭文件不能真正反映元數(shù)據(jù)。單獨(dú)的.nii格式文件的優(yōu)勢(shì)就是可以使用標(biāo)準(zhǔn)的壓縮軟件（如gzip）進(jìn)行壓縮，而且一些分析軟件包（比如FSL）可以直接讀取和寫入壓縮的.nii文件（擴(kuò)展名為.nii.gz）。

# 處理nii類型圖片 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D from nibabel import nifti1 import nibabel as nib from matplotlib import pylab as plt import numpy as np import matplotlib# matplotlib.use('TkAgg')# 文件名，nii或nii.gz example_filename = './AD/AD_001/AD_001.nii' img = nib.load(example_filename)# 打印文件信息 print(img) print(img.dataobj.shape)width, height, queue, d = img.dataobj.shape# 顯示3D圖像 OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()# 計(jì)算看需要多少個(gè)位置來(lái)放切片圖 x = int((queue/10) ** 0.5) + 1 num = 1# 按照10的步長(zhǎng)，切片，顯示2D圖像 for i in range(0, width, 10):img_arr = img.dataobj[:, i, :]img_arr = np.squeeze(img_arr)plt.subplot(z, z, num)plt.imshow(img_arr, cmap='gray')num += 1plt.show()

nii圖像為三維圖像，進(jìn)行切片后分別表示矢量面，冠狀面，軸狀面

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NII文件可以直接用軟件打開，也可以利用代碼進(jìn)行解析

ITK-SNAP 軟件的下載地址為：下載地址

分別顯示了

軸的圖像，不僅可以展示醫(yī)學(xué)圖像本身，還可以展示對(duì)應(yīng)的分割結(jié)果，可以將分割的nii拖入，并選擇以分割的形式載入。

DICOM格式圖像查看方式使用軟件MicroDicom

軟件的下載地址：下載地址

DICOM 即醫(yī)學(xué)數(shù)字成像和通信，是醫(yī)學(xué)圖像和相關(guān)信息的國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)（ISO 12052）。它定義了質(zhì)量能滿足臨床需要的可用于數(shù)據(jù)交換的醫(yī)學(xué)圖像格式，可用于處理、存儲(chǔ)、打印和傳輸醫(yī)學(xué)影像信息。

Pydicom是一個(gè)處理DICOM文件的純Python軟件包。它可以通過非常容易的“Pythonic”的方式來(lái)提取和修改DICOM數(shù)據(jù)，修改后的數(shù)據(jù)還會(huì)借此生成新的DICOM文件。

作為一個(gè)純Python包，Pydicom可以在Python解釋器下任何平臺(tái)運(yùn)行，除了必須預(yù)先安裝Numpy模塊外，幾乎無(wú)需其它任何配置要求。其局限性之一是無(wú)法處理壓縮像素圖像（如JPEG），其次是無(wú)法處理分幀動(dòng)畫圖像（如造影電影）

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功能性磁共振（fMRI）和結(jié)構(gòu)性磁共振（sMRI）的區(qū)別

兩者為現(xiàn)在MRI的兩個(gè)分類，都是基于核磁共振技術(shù)產(chǎn)生的成像技術(shù)。核磁共振技術(shù)本身是基于物理研究所發(fā)現(xiàn)的技術(shù)，原子核在磁場(chǎng)作用下按照一定的序列排列。很明顯我們的人體內(nèi)充斥著各種原子。根據(jù)不同的需求，科學(xué)家利用核磁共振檢測(cè)了不同的原子達(dá)到了不同的目的。

sMRI：顧名思義，是為了產(chǎn)生某一組織結(jié)構(gòu)的一項(xiàng)成像技術(shù)?？茖W(xué)家利用了氫原子，因?yàn)槿梭w任何組織里都有水分子（不用氧原子后面說(shuō)），自然用氫原子來(lái)定位比較準(zhǔn)確干擾少。如下圖，科學(xué)家可以利用MRI探究腹腔內(nèi)情況。

fMRI：究針對(duì)某個(gè)腦活動(dòng)（腦功能定位）激發(fā)某個(gè)腦區(qū)活動(dòng)進(jìn)行研究。這一項(xiàng)大幅提升MRI技術(shù)的創(chuàng)始人是日本科學(xué)家小川誠(chéng)二，他突破性使用血氧濃度相依對(duì)比（Blood oxygen-level dependent, BOLD）。簡(jiǎn)單而言就是，在某個(gè)腦區(qū)劇烈活動(dòng)時(shí)候必然消耗更多的能量，自然就要消耗更多氧氣（相對(duì)應(yīng)的，PET技術(shù)針對(duì)能量代謝的成像技術(shù)，不過需要服用同位素藥物），所以說(shuō)通過檢測(cè)血氧對(duì)比程度可以發(fā)現(xiàn)腦區(qū)活動(dòng)情況。如下圖，科學(xué)家可以通過BOLD探究腦部活動(dòng)區(qū)別。

總的來(lái)說(shuō)sMRI是看器官結(jié)構(gòu)有沒有什么變化（增長(zhǎng)，萎縮，變形等）。而fMRI是看腦功能情況，比如視覺活躍時(shí)哪個(gè)腦區(qū)處于活躍狀態(tài)，又或者單手運(yùn)動(dòng)時(shí)哪個(gè)腦區(qū)信號(hào)升高等。

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MRI影像檢查有一個(gè)突出特點(diǎn)，就是有著多種多樣的成像序列。這些成像序列能夠產(chǎn)生各具特點(diǎn)的MRI圖像，不僅能夠反映人體解剖形態(tài)，而且能夠反映人體血流和細(xì)胞代謝等生理功能信息。

面對(duì)多樣化的MRI影像，醫(yī)生往往需要借助專業(yè)化的軟件來(lái)閱讀和理解影像。這里的專業(yè)化軟件，既包括MRI設(shè)備自帶的后處理工作站，也包括目前醫(yī)院普遍配備的PACS系統(tǒng)，另外還包括來(lái)自于第三方獨(dú)立廠商的影像后處理軟件等。與成像序列的多樣性相對(duì)應(yīng)，MRI影像軟件也包含和提供了豐富的顯示、測(cè)量和分析處理功能，來(lái)輔助醫(yī)生閱片，提高診斷效率和準(zhǔn)確率。

MRI掃描方式可以簡(jiǎn)單的劃分為常規(guī)掃描和功能掃描兩大類。常規(guī)掃描主要反映解剖形態(tài)；功能掃描則以不同方式反映人體新陳代謝、血液流動(dòng)等功能信息。常規(guī)掃描包括T1加權(quán)、T2加權(quán)成像，血管造影成像，以及動(dòng)態(tài)增強(qiáng)成像等。功能成像包括了彌散加權(quán)成像（DWI），灌注加權(quán)成像（PWI），磁共振波普成像（MRS）和血氧飽和水平依賴成像（BOLD）等。

T1加權(quán)（T1 Weighted）和T2加權(quán)（T2 Weighted）是最常用，也是最基礎(chǔ)的常規(guī)掃描。幾乎所有的臨床MRI檢查都會(huì)包含T1加權(quán)和T2加權(quán)掃描。這里的“加權(quán)”，就是突出的意思。

如下圖所示，T1加權(quán)突出顯示解剖結(jié)構(gòu)，T2加權(quán)則能夠突出顯示病灶

左：T1加權(quán)圖像 右：T2加權(quán)圖像

MRI影像學(xué)習(xí)筆記（一）_醫(yī)影雜記-CSDN博客?blog.csdn.net 創(chuàng)作挑戰(zhàn)賽新人創(chuàng)作獎(jiǎng)勵(lì)來(lái)咯，堅(jiān)持創(chuàng)作打卡瓜分現(xiàn)金大獎(jiǎng)

總結(jié)

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