我有很多文件,如下面的目錄“結果”

58052 results/TB1.genes.results

198003 results/TB1.isoforms.results

58052 results/TB2.genes.results

198003 results/TB2.isoforms.results

58052 results/TB3.genes.results

198003 results/TB3.isoforms.results

58052 results/TB4.genes.results

198003 results/TB4.isoforms.results

例如：TB1.genes.results文件如下所示：

gene_id transcript_id(s) length effective_length expected_count TPM FPKM

ENSG00000000003 ENST00000373020,ENST00000494424,ENST00000496771,ENST00000612152,ENST00000614008 2206.00 1997.20 1.00 0.00 0.01

ENSG00000000005 ENST00000373031,ENST00000485971 940.50 731.73 0.00 0.00 0.00

ENSG00000000419 ENST00000371582,ENST00000371584,ENST00000371588,ENST00000413082,ENST00000466152,ENST00000494752 977.15 768.35 1865.00 14.27 37.82

ENSG00000000457 ENST00000367770,ENST00000367771,ENST00000367772,ENST00000423670,ENST00000470238 3779.11 3570.31 1521.00 2.50 6.64

ENSG00000000460 ENST00000286031,ENST00000359326,ENST00000413811,ENST00000459772,ENST00000466580,ENST00000472795,ENST00000481744,ENST00000496973,ENST00000498289 1936.74 1727.94 1860.00 6.33 16.77

ENSG00000000938 ENST00000374003,ENST00000374004,ENST00000374005,ENST00000399173,ENST00000457296,ENST00000468038,ENST00000475472 2020.10 1811.30 6846.00 22.22 58.90

ENSG00000000971 ENST00000359637,ENST00000367429,ENST00000466229,ENST00000470918,ENST00000496761,ENST00000630130 2587.83 2379.04 0.00 0.00 0.00

ENSG00000001036 ENST00000002165,ENST00000367585,ENST00000451668 1912.64 1703.85 1358.00 4.69 12.42

ENSG00000001084 ENST00000229416,ENST00000504353,ENST00000504525,ENST00000505197,ENST00000505294,ENST00000509541,ENST00000510837,ENST00000513939,ENST00000514004,ENST00000514373,ENST00000514933,ENST00000515580,ENST00000616923 2333.50 2124.73 1178.00 3.26 8.64

其他文件也具有相同的列.要將所有“genes.results”與“gene_id”和“expected_count”列連接到一個文本文件中,我給出了以下命令.

paste results/*.genes.results | tail -n+2 | cut -f1,5,12,19,26 > final.genes.rsem.txt

[-f1 (gene_id), 5 (expected_count column from TB1.genes.results), 12 (expected_count column from TB2.genes.results),

19 (expected_count column from TB3.genes.results), 26 (expected_count column from TB4.genes.results)]

“final.genes.rsem.txt”有,從每個文件中選擇了gene_id和expected_count列.

ENSG00000000003 1.00 0.00 3.00 2.00

ENSG00000000005 0.00 0.00 0.00 0.00

ENSG00000000419 1865.00 1951.00 5909.00 8163.00

ENSG00000000457 1521.00 1488.00 849.00 1400.00

ENSG00000000460 1860.00 1616.00 2577.00 2715.00

ENSG00000000938 6846.00 5298.00 1.00 2.00

ENSG00000000971 0.00 0.00 6159.00 7069.00

ENSG00000001036 1358.00 1186.00 6196.00 7009.00

ENSG00000001084 1178.00 1186.00 631.00 1293.00

我的問題是 – 由于我只有很少的樣本,我在命令中給出了列號[就像在“cut”-f1,5,12,19,26中這樣.如果我有超過100個樣本我應該怎么做.如何使用必填列加入它們？

總結

以上是生活随笔為你收集整理的linux 文件列添加字段,如何在linux中加入所需列的文件？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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