主要參考annovar官網

https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/

里面寫道

First, we need to download appropriate database files using annotate_variation.pl, and next we will run the table_annovar.pl program to annotate the variants in the example/ex1.avinput file.

先使用annotate_variation.pl下載合適的數據庫

官網示例命令
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGene humandb/

annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb cytoBand humandb/

annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar exac03 humandb/

annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar avsnp147 humandb/

annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar dbnsfp30a humandb/

table_annovar.pl example/ex1.avinput humandb/ -buildver hg19 -out myanno -remove -protocol refGene,cytoBand,exac03,avsnp147,dbnsfp30a -operation gx,r,f,f,f -nastring . -csvout -polish -xref example/gene_xref.txt

實踐操作命令

在下載的annovar軟件路徑可以找到annotate_variation.pl

比如想下載hg38的gnomad數據庫

命令一

annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb gnomad30_genome /your_own_data_path/03.annovar_download/humandb

用-buildver選擇數據庫，用-downdb 選擇要下載的數據庫名稱（名稱來自annovar官網首頁極少）,這樣操作會看到是從UCSC上下載

命令二 指定下載位置

annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb --webfrom annovar gnomad30_genome /your_own_data_path/03.annovar_download/humandb

加入-webfrom 可以指定下載來源，這樣操作是從annovar下載，經測試會更快些

總結

以上是生活随笔為你收集整理的如何用annovar下载数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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