因?yàn)樽罱幸豁?xiàng)工作是比較填充準(zhǔn)確性的，中間有用到vcftools比較兩個(gè)vcf文件。

使用命令也很簡單：

  1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site

運(yùn)行結(jié)束會生成一個(gè)名為Diff.site.diff.sites_in_files的文件：

pso1，ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位點(diǎn)信息，IN_FILE列代表含有當(dāng)前snp位置信息的文件，1代表file1.snp.vcf含有此位點(diǎn)，2代表file2.snp.vcf含有此位點(diǎn)，B代表兩個(gè)文件都含有此位點(diǎn)。根據(jù)此結(jié)果就可以做一些基本的統(tǒng)計(jì)了。

作者：天使不設(shè)防
出處：https://www.cnblogs.com/mmtinfo/
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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的利用vcftools比较两个vcf文件的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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