因為最近有一項工作是比較填充準確性的，中間有用到vcftools比較兩個vcf文件。

使用命令也很簡單：

  1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site

運行結束會生成一個名為Diff.site.diff.sites_in_files的文件：

pso1，ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位點信息，IN_FILE列代表含有當前snp位置信息的文件，1代表file1.snp.vcf含有此位點，2代表file2.snp.vcf含有此位點，B代表兩個文件都含有此位點。根據此結果就可以做一些基本的統計了。

作者：天使不設防
出處：https://www.cnblogs.com/mmtinfo/
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總結

以上是生活随笔為你收集整理的利用vcftools比较两个vcf文件的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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