HiC
Hi-C是高通量染色體構(gòu)象捕獲（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技術(shù)的簡稱，開發(fā)于2009年，最初用于捕獲全基因組范圍內(nèi)所有的染色質(zhì)內(nèi)和染色質(zhì)間的空間互作信息，目前已應(yīng)用于基因表達的空間調(diào)控機制研究、構(gòu)建染色體水平參考基因組、構(gòu)建單體型圖譜等。
樣本處理：甲醛交聯(lián)固定
Illumina PE150測序，質(zhì)量評估，數(shù)據(jù)對比過濾，有效數(shù)據(jù)篩選統(tǒng)計，輔助基因組組裝 互作圖譜構(gòu)建，互作矩陣構(gòu)建 （標準分析）
Hi-C數(shù)據(jù)獲得的基因間互作強度具有兩個重要特征：
① 同一條染色體內(nèi)的基因互作（順式互作）遠高于不同染色體間的互作（反式互作）。
②同一條染色體內(nèi)部，兩點間距離越遠，互作強度越低。
利用此特征可將原始contigs聚類、排序、定向，組裝至染色體水平。可對已經(jīng)組裝的基因組進行糾錯。
TAD (topologicallyassociating domains)即拓撲相關(guān)結(jié)構(gòu)域，是指一段具有折疊結(jié)構(gòu)的DNA序列，在圖中表現(xiàn)為“方塊”，此區(qū)域內(nèi)部的互作頻率會顯著高于毗鄰的兩個區(qū)域之間的互作頻率，TAD是基因組在空間結(jié)構(gòu)中的基本組織形式。
基因組單體型：單體型(Haplotype,haploid genotype)是個體組織中，完全遺傳自父母雙方中一個親本的一組等位基因，又稱單倍體型或單元型。
Hi-C實驗樣本要求：
動物組織：≥1g（肌肉、肝臟等） 建議培養(yǎng)2-3g組織用于固定，以保證實驗可重復(fù)性。
Hi-C需要生物學重復(fù)嗎？測多少數(shù)據(jù)量？周期如何？
從目前發(fā)表的文獻來看，需要做2個生物學重復(fù)。理論上是需要做 3 個重復(fù)的，但是從成本角度考慮,暫時 Hi-C 可以做兩個技術(shù)重復(fù)，即如果一個樣本理論上需要測 180G 數(shù)據(jù)量，那我們建兩個文庫，每個文庫測 90G，分析數(shù)據(jù)相關(guān)性比較高后將兩個文庫的數(shù)據(jù)進行整合。
每個樣本的測序量根據(jù)分辨率計算，一般在基因組大小的100x~300x之間。根據(jù)項目經(jīng)驗100X時分辨率能達到44Kb。在人類淋巴樣細胞中，密度最大的區(qū)域包含49億個接觸點，分辨率達到1Kb。分辨率值越小圖越精細？一般來說，500kb看 A B compartment 50kb可以看到看到TAD ,50kb以下可以看到一些DNA loop。我們看到熱圖對角線上大方塊（代表了接觸的頻率）。 這些方塊將基因組劃分為5-20 Mb的間隔，我們將其稱為“megadomains”。我們也在1M（100kb）的分辨率下面，看到很多compartmentA/B （一般來說，compartmentA/B是類似于那種格子形狀，有類似于條紋格子在的就認為有A/B compartment ）在GM12878的細胞5KB分辨率的Hi-C的數(shù)據(jù)中，發(fā)現(xiàn)了peak。 絕大多數(shù)peak（98％）反映了相距<2 Mb的基因座之間的環(huán) （DNA loop）。Hi-C結(jié)果可以被看做是“接觸矩陣”M，通過在基因組上進行畫bin（1MB/1kb的大小），Mij是Li, Lj觀察到的互作的情況（指的是數(shù)到mapping到基因組的reads數(shù)，去除重復(fù)和沒比對到基因組上的），可以通過熱圖來可視化。Hi-C圖的''矩陣分辨率'定義，為使得80％的locus具有至少1,000個interaction？
https://cloud.tencent.com/developer/article/1480877
項目周期一般在3~4個月（含標準分析及高級分析），如下圖標準分析75天。
在設(shè)定的 bin size 下，80%-90%以上的 bin 對有 reads 支持（80%-90% bin 與 bin 之間有互作），則認為此分辨率是可以達到的。市場上偷換概念者大有人在，把 bin size設(shè)得特別小，但是很多 bin 都是空的，即和其他 bin 沒有互作，可能也就 50% 甚至更低的 bin 之間有互作，達不到承諾的分辨率。
http://www.genome.cn/Product/HiC/fhic
最終可用于分析的Valid Rate（%）均在60%以上，最高可達83%。
https://wiki.antpedia.com/n-2271373-news
參考來源：
http://www.frasergen.com/cn/index_231.aspx
http://www.genome.cn/Product/HiC/fhic
http://www.bioon.com.cn/doc/showarticle.asp?newsid=73181
總結(jié)
- 上一篇： laydate日期范围控制
- 下一篇： ubuntu中minicom安装和使用