大家好，我是小馬老師。
本文介紹如何使用lammps計算徑向分布函數g?。
徑向分布函數（Radial distribution function）是指給定某個粒子的坐標，其他粒子在空間的分布幾率。
在lammps中對應的命令為：compute rdf。
語法格式為：

compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... keyword/value ...

其中，Nbin為分片數量，一般選擇數值為100-500之間。
itype1表示中心原子，jtype1為分布原子。
itype1和jtype1應該成對設置，表示計算第i種原子周圍出現第j種原子的概率。
如果不設置itype1、jtype1表示全部原子周圍出現其它原子的概率。
計算結果可配合fix ave/time命令輸出。
例如：

compute myRDF all rdf 50 fix 1 all ave/time 100 1 100 c_myRDF[*] file tmp.rdf mode vector

以c_myRDF[1]為橫坐標，c_myRDF[2]為縱坐標，即可繪制g?曲線。
下面給出一個具體案例：

units real atom_style atomic# 讀取data文件 read_data Kr.data# 力場設置 pair_style lj/cut 10.0 pair_coeff 1 1 0.34319013128 3.591 neighbor 1.0 bin neigh_modify every 1 check yes#輸出設置 thermo 1000 thermo_style custom step temp pe ke etotal dump 2 all custom 5000 md.lammpstrj id type x y z#計算rdf timestep 1.0 compute myRDF all rdf 1000 1 1 fix 1 all nve fix 2 all ave/time 1 100000 100000 c_myPDF[*] file rdf.dat mode vector run 100000 unfix 2 unfix 1

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程：径向分布函数g(r)的计算与输出方法的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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