可變剪切的可視化軟件ggsashimi用R和python來實現， python準備好數據， 利用R畫圖。簡單好用，但也折騰了半天，現在把完成本次可視化的步驟詳細的記錄一下，必備以后用。

1. 準備可視化的基因注釋文件，基因的注釋文件是gtf格式，每個文件包含了這個基因的不同類型的可變剪切，可以從整個基因組注釋文件中提取出來，但需要注意的是有時候注釋文件中的染色體用，1，2，3等數字代替，而bam文件中的染色體是用 Chr1,Chr2等表示，切記要一致。代碼如下：

#比如我要注釋的基因是AT1G73660, 用轉錄本的正則來搜索 grep -P "AT1G73660\.\d+" Arabidopsis_thaliana.TAIR10.46.gtf > AT1G73660.gtf awk -F"\t" 'BEGIN{OFS="\t"} $1="Chr"$1' AT1G73660_1.gtf > AT1G73660_new.gtf #轉錄本的染色體的編號要和基因組的一致，基因組是Chr1, 轉錄本也用Chr1,新找的到轉錄本每行前面加Chr

2. 準備bam文件，可將進行可視化的樣品的BAM文件放到一個文件夾中，然后將每個bam的信息寫到一個tsv(文本文件中)，第一列是bam文件等編號，第二列是存放這些文件的地址，可以是相對路徑也可以是絕對路徑，第三列是每個bam文件等屬性，比如是對照組還是處理組，那一種處理等信息。這一列主要用來對樣品進行分類并且用不同的顏色表示。有幾類就在下邊的做圖參數?-C COLOR_FACTOR 寫幾。下邊是我整理的tsv文件的一個舉例

bam1	A0_Col_1.Psorted.bam	A0_Col
bam2	A0_Col_2.Psorted.bam	A0_Col
bam3	A200_Col_1.Psorted.bam	A200_Col
bam4	A200_Col_2.Psorted.bam	A200_Col

?

3.對樣品進行畫圖，采用ggsashimi的腳本，需要畫那幾個可變剪切的外顯子需要將region寫出來，也可以畫整個基因的所有外顯子的可變剪切情況。代碼如下：

## Example #1. Overlay, intron shrinkage, gene annotation, PDF output, custom size and colors sashimi-plot.py -b input_bam.tsv -c Chr1:27693102-27693738 -g AT1G73660_new.gtf -M 10 -C 3 -O 3 --shrink --alpha 0.25 --base-size=20 --ann-height=4 --height=3 --width=18 -P palette.txt -o AT1G73660_2## Example #2. Median coverage and number of reads supporting inclusion and exclusion, no gene annotation, TIFF output (350 PPI), custom size, default colors sashimi-plot.py -b input_bam.tsv -c Chr1:27693102-27693738 -M 10 -C 3 -O 3 -A median --alpha 1 -F tiff -R 350 --base-size=16 --height=3 --width=18

4. 效果如下：

5.如果要批量操作，比如很多基因，要在同樣的幾個bam文件中畫，按照如下代碼實現。

#準備一個包含基因，區域的文件，兩列，第一列是基因名字，第二列是染色體位置，Chr1:start-end 格式 #準備基因組的GTF文件，從而提取每個基因的不同轉錄本 #需要注意grep命令， 在Mac中是 -E， 而在Linux 中是-P。不知道是為什么。 cut -f1 gene_region.txt | while read id; do grep -E $id\\.\\d+ Arabidopsis_thaliana.TAIR10.46.gtf | awk -F"\t" 'BEGIN {OFS="\t"} $1="Chr"$1' > $id.gtf; done #準備好每個基因的GTF文件就可以批量做圖了 cat gene_region.txt | while read gene region; do ~/ggsashimi/sashimi-plot.py -b input_bam.tsv -c $region -g $gene.gtf -M 10 -C 3 -O 3 --shrink --alpha 0.25 --base-size=20 --ann-height=4 --height=3 --width=18 -P palette.txt -o $gene; done

?

?

?

總結

以上是生活随笔為你收集整理的用ggsashimi做可变剪切的可视化的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。