deepTools:?tools for exploring deep sequencing data

deepTools是一套python工具，特別為高效分析高通量測序數據而開發，如ChIP-seq、RNA-seq或MNase-seq。

## 計算轉錄起始位點前后1K的peaks分布情況，可以并行處理，加快速度 computeMatrix reference-point -p 2 --referencePoint TSS -b 1000 -a 1000 -R UCSC_GRCH38_refGene.bed -S chip_coverage.bw control_coverage.bw --skipZeros ?-out ./TSS.computeMatrix.gz --outFileSortedRegions ./test.genes.bed# 注：chip_coverage.bw control_coverage.bw 來自Macs2結果 plotHeatmap -m TSS.computeMatrix.gz -o heatmap_TSS.pdf --zMin 0 --zMax 8 --colorMap coolwarm --missingDataColor 1# -o (-out) 輸出文件，可以是 ".png", ".eps", ".pdf" and ".svg"computeMatrix scale-regions -p 2 -S chip_coverage.bw control_coverage.bw -R UCSC_GRCH38_refGene.bed -a 1000 -b 1000 -o gene_region.computeMatrix.gzplotHeatmap -m gene_region.computeMatrix.gz -o heatmap_gene_region.pdf --zMin 0 --zMax 8 --colorMap coolwarm --missingDataColor 1#參數說明：-m輸入矩陣；-o輸出pdf文件；-zMin 0 --zMax 8是熱圖的最大值和最小值；--colorMap是選#擇熱圖顏色類型(RdBu, coolwarm 等，具體見幫助文檔)。做出的pdf熱圖可以直接在Ai里編輯。## 只作圖 profile plotProfile -m TSS.computeMatrix.gz -out TSSProfile.png --numPlotsPerRow 2 --plotTitle "TSS data profile" # 設置profile樣式 plotProfile -m TSS.computeMatrix.gz -out ExampleProfile2.png --plotType=fill --perGroup --colors red yellow blue --plotTitle "Test data profile"?## 只作圖heatmap plotHeatmap -m TSS.computeMatrix.gz -out TSSHeatmap.png --colorMap RdBu --whatToShow 'heatmap and colorbar' --zMin -3 --zMax 3 --kmeans 4## 同時作圖profile和heatmap plotHeatmap -m TSS.computeMatrix.gz -o heatmap_profile.pdf --zMin 0 --zMax 8 --colorMap coolwarm --missingDataColor 1 --kmeans 4### 參數 --kmeans 聚類的數量

參考：

?????????????http://deeptools.readthedocs.org/en/latest/content/example_gallery.html#normalized-chip-seq-signals-and-peak-regions
?

https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/computeMatrix.html???????

總結

以上是生活随笔為你收集整理的deepTools对ChIP-seq数据可视化的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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