這個下游數據是來源自己上周分析的上游。。。。

01.ChIPseeker安裝

BiocManager::install("ChIPseeker") library(ChIPseeker)

02.準備或構建基因組注釋庫
使用現有的

library(org.Hs.eg.db)

或者自己構建一個，指定gff3注釋文件即可，小袁這里用的是gtf

library(GenomicFeatures) spompe <- makeTxDbFromGFF('gencode.v33.annotation.gtf')

03.注釋ChIP-seq的峰位置（單個bed文件的注釋）

library(ChIPseeker) peak <- readPeakFile('Xu_MUT_rep1_summits.bed') peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000), TxDb = spompe) write.table(peakAnno, file = 'peak.txt',sep = '\t', quote = FALSE, row.names = FALSE)

04.可視化

plotAnnoBar(peakAnno)

vennpie(peakAnno)

plotAnnoPie(peakAnno)

plotDistToTSS(peakAnno)

05.注釋ChIP-seq的峰位置（多個bed文件的批量處理）
讀取

peak1 <- readPeakFile('Xu_MUT_rep1_summits.bed') peak2 <- readPeakFile('Xu_MUT_rep2_summits.bed') peaks <- list(peak1 = peak1, peak2 = peak2)

注釋

peakAnnoList <- lapply(peaks, annotatePeak, TxDb = spompe, tssRegion = c(-3000, 3000), addFlankGeneInfo = TRUE, flankDistance = 5000)

輸出結果

write.table(peakAnnoList[1], file = 'peak1.txt',sep = '\t', quote = FALSE, row.names = FALSE) write.table(peakAnnoList[2], file = 'peak2.txt',sep = '\t', quote = FALSE, row.names = FALSE)

可視化

plotAnnoBar(peakAnnoList)

vennpie(peakAnnoList[[1]])

plotDistToTSS(peakAnnoList)

總結

以上是生活随笔為你收集整理的CHIP下游分析（仅ChIPseeker包）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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