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FactorBook整合了ENCODE數據庫中人和小鼠的chip_seq數據，以轉錄因子為中心，進行了轉錄因子motif分析, 與其他轉錄因子或者組蛋白修飾的關聯分析，數據庫網址如下

http://www.factorbook.org/mouse/chipseq/tf/

在首頁以矩陣的形式展現了數據分布，每一行代表一種轉錄因子，每一列代表一種細胞系，截圖示意如下

1. Function

展示了refseq和wikipedia數據庫中對該基因功能的描述，示意如下

同時還提供了PDB,GO等數據庫的超鏈接，方便查相關信息，示意如下

2. Histone Profiles

對于轉錄因子的chip_seq數據，我們通常會分析在TSS位點兩側的富集情況。這部分內容將轉錄因子peak的中心區域當做TSS, 看組蛋白修飾的數據在轉錄因子peak中心區域的富集情況，結果示意如下

不同顏色代表不同的組蛋白修飾

3. Motif Enrichment

對于每批數據，選取top500的peak, 提取peak中心上下游各50bp的序列，采用meme進行motif分析，最多輸出5個motif, 結果如下

4. Histone Heatmap

以轉錄因子的peak區域作為基礎，分析不同組蛋白修飾在這些區域的定量結果，并繪制熱圖，示意如下

同時根據這些區域的定量結果，計算轉錄因子和組蛋白修飾的相關性。

5. ?TF heatmap

和Histone heatmap的原理一樣，只不過是在多種轉錄因子之間進行分析，結果示意如下

FactorBook在ENCDOE數據的基礎上進行了深入分析和挖掘，其研究多種TF，TF和組蛋白修飾之間的關聯分析的思路值得我們借鑒。

·end·

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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