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GTRD從SRA, GEO, ENCODE等公共數據庫中收集轉錄因子相關的chip_seq數據，采用標準流程進行peak calling分析，并基于已有的轉錄因子motif數據，預測了轉錄因子結合位點TFBS, 數據庫網址如下

http://gtrd.biouml.org/

整個數據庫構建的pipeline示意如下

采用bowtie2將reads與基因組進行比對，并利用MACS,SISSRS等4款軟件進行peak calling, 得到轉錄因子的peak區域。

對于同一個轉錄因子，同一種peak caling軟件得到的peak區域，如果兩個peak區間的中心距離小于50bp的話，就合并為一個區間，此采用這種方式來對原始的peak進行聚類，即cluster。

對于同一個轉錄因子，多種peak calling軟件得到的所有peak區域，將peak中心小于50bp的peak區間歸類為一組，并從中根據軟件的優先級選取一個peak作為代表，各個軟件優先級從高到低為GEM, PICS, MACS, SISSRs，這種聚類方式稱之為MetaClusters, 構建出一個轉錄因子所有的非冗余peak區間。

該數據庫常用的使用場景如下

1. 查詢轉錄因子chip_seq原始數據

2. 查找基因上的轉錄因子結合位點

3. 查詢轉錄因子的靶基因

除了在線查詢外，該數據庫還開放下載功能， 鏈接如下

http://gtrd.biouml.org/downloads/19.04/chip-seq/

GTRD收錄的轉錄因子的數據最多最全面，其查詢轉錄因子靶基因的功能真的是非常實用。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的GTRD:最全面的人和小鼠转录因子chip_seq数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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