森林圖是以統計指標和統計分析方法為基礎，用數值運算結果繪制出的圖型。它在平面直角坐標系中，以一條垂直的無效線(橫坐標刻度為1 或0) 為中心，用平行于橫軸的多條線段描述了每個被納入研究的效應量和可信區間(CI)，用一個棱形(或其它圖形) 描述了多個研究合并的效應量及可信區間。它非常簡單和直觀地描述了Meta 分析的統計結果，是Meta 分析中最常用的結果表達形式。

今天就來學習一個非常不錯的繪制森林圖的R包——forestploter包。

1. 安裝和加載R包

安裝可以直接從CRAN上安裝。

install.packages("forestploter") library(forestploter)

2. 加載示例數據

示例數據使用前面森林圖推文的數據，在公眾號后臺回復森林圖數據免費獲取，格式如下圖所示。

library(readxl) dt?<-?read_excel("forest.xlsx")

3. 數據處理

簡單處理下數據格式，比如組別前面添加空格。

dt$Subgroups?<-?ifelse(is.na(dt$HR),dt$Subgroups,paste0("??????",?dt$Subgroups))

然后再創建一列空列，用來后面存放森林圖的圖形部分。

dt$`?`?<-?paste(rep("?",?20),?collapse?=?"?")

正常需要在圖形顯示數據的文本部分，這里可以使用代碼實現，也可以提前在Excel中填好。

dt$`HR?(95%?CI)`?<-?ifelse(is.na(dt$HR),?"",sprintf("%.2f?(%.2f?to?%.2f)",dt$HR,?dt$LowerCI,?dt$UpperCI))

4. 繪制圖形

下面可以使用forest()函數來簡單繪制圖形。

首先選中需要在圖上顯示的列別，這里只需要數據框中的第1，5，6列，2，3，4列用來繪制圖形部分。

然后使用ci_column參數指定圖形部分存放的位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2) plot

如上就繪制好了簡單的森林圖。

5. 自定義森林圖參數

這個包還有豐富的參數來調整圖形美化。

5.1 添加參考線

可以使用ref_line來繪制參考線，也就是X軸上的零線，默認位置是1，可以設置其他參數調整位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2) plot

5.2 添加軸標題和腳注

可以使用arrow_lab參數和footnote參數來添加軸標題和腳注。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.") plot

5.3 設置軸范圍和刻度位置

可以使用xlim參數設置坐標軸的限制范圍，設置ticks_at參數設置坐標軸的刻度位置。

plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3)) plot

5.4 設置圖形主題

這個函數還有專門的圖形主題函數——forest_theme()函數，用來美化圖形。

主要可設置圖形部分包括：字體大小、字體簇、置信區間的美化、坐標軸、參考線、腳注等內容。

forest_theme(base_size?=?12,?base_family?=?"",ci_pch?=?15,?ci_col?=?"black",?ci_lty?=?1,?ci_lwd?=?1,?ci_Theight?=?NULL,legend_name?=?"Group",?legend_position?=?"right",?legend_value?=?"",xaxis_lwd?=?0.6,?xaxis_cex?=?1,refline_lwd?=?1,?refline_lty?=?"dashed",?refline_col?=?"grey20",vertline_lwd?=?1,?vertline_lty?=?"dashed",?vertline_col?=?"grey20",summary_fill?=?"#4575b4",?summary_col?=?"#4575b4",footnote_cex?=?0.6,?footnote_fontface?=?"plain",?footnote_col?=?"black",... )

可以將設置好的主題函數傳遞給對象，然后在forest()函數中使用。

tm?<-?forest_theme(base_size?=?10,refline_col?=?"red",footnote_col?=?"#636363",footnote_fontface?=?"italic")plot?<-?forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3),theme?=?tm)

5.5 其他函數

使用前面的參數基本就可以繪制一個很漂亮的森林圖了，但是還有其他函數用來局部調整圖形。

可以使用add_text函數用來在繪制好的森林圖的添加文字，使用add_underline 函數用來在森林圖的第一行添加水平粗線。

forest(dt[,?c(1,?5,?6)],est?=?dt$HR,lower?=?dt$LowerCI,upper?=?dt$UpperCI,ci_column?=?2,ref_line?=?2,arrow_lab?=?c("Placebo?Better",?"Treatment?Better"),footnote?=?"This?is?the?demo?data.",xlim?=?c(0,?3),ticks_at?=?c(0,?1,?2,?3),theme?=?tm)add_underline(plot,?row?=?NULL,?col?=?NULL,?part?=?"header")

參考資料

forestploter幫助文檔

---

關注下方公眾號，分享更多更好玩的R語言知識。
如果需要進群，請在菜單欄處添加作者微信，添加入群。

往期精品(點擊圖片直達文字對應教程)

機器學習

后臺回復“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集

總結

以上是生活随笔為你收集整理的forestploter包，超赞的森林图绘制新R包的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。