R實(shí)戰(zhàn) | 森林圖繪制

回答一下2022年VIP群里會員的問題。簡單的森林圖繪制。

Multivariate logistic regression determined independent candidate diagnostic biomarkers.

Ref：He S, Deng Z, Li Z, et al. Signatures of 4 autophagy-related genes as diagnostic markers of MDD and their correlation with immune infiltration. J Affect Disord. 2021;295:11-20. doi:10.1016/j.jad.2021.08.005

森林圖

森林圖是一種簡單直觀地展示單一研究和匯總研究的圖形，廣泛應(yīng)用于薈萃分析、觀察研究和臨床試驗(yàn)中。

Odds ratio(OR)

在病例對照研究（case-control study）中，分析暴露風(fēng)險因素與疾病（或者用藥）的關(guān)聯(lián)程度；主要是反映暴露與疾病之間關(guān)聯(lián)強(qiáng)度的指標(biāo)，OR常適用于病例對照研究，也可以運(yùn)用于前瞻性的研究（當(dāng)觀察時間相等時）

OR值的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義：

• OR>1，暴露與疾病的危險度增加，兩者呈正相關(guān)

• OR<1，暴露與疾病的危險度減少，兩者呈負(fù)相關(guān)

• OR=1，暴露與疾病的危險度無關(guān)，兩者呈不相關(guān)

繪制

library(survival) library(survminer) library(eoffice)?#導(dǎo)出ppt用#?構(gòu)建模型 #?以colon數(shù)據(jù)為示例數(shù)據(jù) #?時間變量是time，結(jié)局變量是status，自變量選擇?sex，rx和?adhere model?<-?coxph(?Surv(time,?status)?~?sex?+?rx?+?adhere,data?=?colon?) #?森林圖 ggforest(model,??#coxph得到的Cox回歸結(jié)果data?=?colon,??#數(shù)據(jù)集main?=?'Hazard?ratio?of?colon',??#標(biāo)題cpositions?=?c(0.05,?0.15,?0.35),??#前三列距離fontsize?=?1,?#字體大小refLabel?=?'reference',?#相對變量的數(shù)值標(biāo)簽，也可改為1noDigits?=?3?#保留HR值以及95%CI的小數(shù)位數(shù) )

參考

GitHub - cardiomoon/autoReg: R package autoReg

木舟筆記2022年度VIP企劃

關(guān)于木舟筆記2022年度VIP會員企劃

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跟著Nat Commun學(xué)作圖 | 2.時間線圖

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的R实战 | 森林图绘制的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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