Lachesis是希臘神話眾神之一，負(fù)責(zé)決定生命之線的長(zhǎng)度。但是咱們這個(gè)lachesis是2013年發(fā)表在nature biotechnology上（https://doi.org/10.1038/nbt.2727 ）由shendurelab開發(fā)的用于輔組基因組組裝的軟件。

github地址：

https://github.com/shendurelab/LACHESIS

http://shendurelab.github.io/LACHESIS/

軟件下載：軟件提供zip和tar.gz兩種格式，任選其一即可。

#這個(gè)是zip文件 wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/zipball/master unzip master#這個(gè)是tar.gz文件 wget https://github.com/shendurelab/LACHESIS/tarball/master tar -zxvf master

Lachesis有兩個(gè)依賴：samtools（低于0.1.19的版本）和C++的boost庫(kù)（需要大于1.52.0但是又不能太高比如1.67.0就不行）

所以安裝軟件真的是體力活。。

安裝boost

在這個(gè)地址https://www.boost.org/users/history/找一個(gè)老一點(diǎn)的版本（比如我用的boost_1_53_0，但是不能低于1.52.0，否則也會(huì)報(bào)錯(cuò)。）解壓好之后

tar -zxvf boost_1_53_0.tar.gz ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc ./b2 toolset=gcc sudo ./b2 install # 或者sudo ./b2 install --prefix=/usr sudo ./bjam install

這個(gè)過程可能會(huì)比較長(zhǎng)，中間可能會(huì)有幾個(gè)warning，不用擔(dān)心，不影響的。

tips: 如果沒有權(quán)限的話后兩步都需要用--prefix=參數(shù)指定到自己的目錄下的boost的位置進(jìn)行安裝。

安裝samtools

在sourceforge（https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/）下載低于0.1.19的samtools版本。需要先安裝一個(gè)依賴再運(yùn)行Makefile：

sudo apt-get install libncurses5-dev ./Makefile

安裝lachesis

添加兩個(gè)環(huán)境變量：

export LACHESIS_BOOST_DIR=/path/to/boost_1_53_0/ export LACHESIS_SAMTOOLS_DIR=/path/to/samtools-0.1.18/

正式開始安裝。

cd lachesis ./configure --with-samtools=/path/to/samtools-0.1.18 --with-boost=/path/to/boost_1_53_0/

這一步如果沒報(bào)錯(cuò)的話就可以開始make的，但是在make之前需要把修改shendurelab-LACHESIS-2e27abb/src/include/gtools下面SAMStepper.h和SAMStepper.cc這兩個(gè)文件的#include <bam/sam.h>這一行給改成"/path/to/samtools-0.1.18/sam.h" 不進(jìn)行這一步的話是會(huì)報(bào)錯(cuò)的

接下來運(yùn)行make。我碰到了一個(gè)錯(cuò)：找不到libboost_system.so.1.53.0 解決辦法見下圖

img

據(jù)小伙伴說前面用./b2 install --prefix=/usr就不需要這一步。各位朋友可以自己試試。

至此如果出現(xiàn)下圖就說明軟件安裝成功了

缺少test_case.ini

只要配置好test_case.ini文件就能正常使用了。

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接下來做個(gè)報(bào)錯(cuò)集錦。包含這個(gè)軟件安裝過程中可能會(huì)出現(xiàn)的各種報(bào)錯(cuò)：

報(bào)錯(cuò)集錦

1、configure: error: cannot run /bin/sh ./config.sub

報(bào)錯(cuò)1

報(bào)configure: error: cannot run /bin/sh ./config.sub根據(jù)lachesis的一篇issue（https://github.com/shendurelab/LACHESIS/issues/31）運(yùn)行

autoreconf --install

就可以解決。

2、samtools報(bào)錯(cuò)

samtools報(bào)錯(cuò)

不管是輸./configure --with-samtools=/home/hanschen/miniconda3/bin/

還是./configure --with-samtools=/home/hanschen/miniconda3/bin/samtools

還是./configure --with-samtools=no

或者./configure --without-samtools

都是報(bào)錯(cuò)，雖然報(bào)的錯(cuò)不太一樣。

這個(gè)是因?yàn)閟amtools的版本過高引起的。安裝0.1.19級(jí)以下版本的samtools就好了。在安裝samtools的時(shí)候可能會(huì)有一個(gè)報(bào)錯(cuò)，需要安裝上訴的一個(gè)庫(kù)sudo apt-get install libncurses5-dev

3、boost庫(kù)報(bào)錯(cuò)

報(bào)錯(cuò)3

這個(gè)錯(cuò)誤是由于boost版本過高或者過低引起的（1.63.0會(huì)報(bào)錯(cuò)，經(jīng)小伙伴測(cè)試1.51.0也會(huì)報(bào)錯(cuò)），按照上述教程安裝boost的1.52.0或者1.53.0版本就可以解決

4、boost的cannot find flags錯(cuò)誤

這個(gè)報(bào)錯(cuò)的截圖找不到了，大致的問題是boost庫(kù)沒完全安裝好，只要按照上述教程運(yùn)行./bjam install就可以避免這個(gè)錯(cuò)誤。

5、lachesis在make時(shí)報(bào)"unrecognized command line option “-std=c++11"的錯(cuò)

報(bào)錯(cuò)5

感謝來自小伙伴的報(bào)錯(cuò)反饋。在網(wǎng)上查詢后根據(jù)https://blog.csdn.net/liu1055087125/article/details/72888154得知該錯(cuò)誤是由于g++ gcc版本不夠高導(dǎo)致的。需要安裝高版本的gcc g++庫(kù)。

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致謝

歡迎其他嘗試安裝這個(gè)軟件的小伙伴們給我們反饋別的錯(cuò)誤~

特別感謝@胡加祥 同學(xué)的大力支持。安裝這個(gè)軟件花了兩天碰了各種壁，希望以后的小伙伴不要再重蹈我們的覆轍，這樣我們的各種嘗試和努力也就有了意義。感謝菲沙，感謝生信技能樹，感謝jimmy師兄，感謝有你們。

2018年8月10日 update：感謝@南農(nóng)梨中心劉月園 小姐姐的報(bào)錯(cuò)反饋~

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的HiC软件安装篇之Lachesis的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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