Annovar的注釋結果，如果輸出制表符分割的VCF格式，顯得混亂。如果輸出為csv格式，方便windows下的用戶用excel打開，但不方便數據處理，比如某一列的注釋信息中包含了逗號，這種情況就要特別注意。python中有csv模塊可以方便的讀取csv，推薦使用。

本文寫的小腳本主要處理簡單的csv格式，亮點在于支持接收標準輸入和標準輸出，方便生物信息多命令之間通過管道進行處理。如果沒有指定輸入文件，則讀取管道流數據，如果沒有指定輸出文件，則可以用管道接收數據進行下一步處理。

比如 cat xxx.csv | python convert.py | grep "xx" > result.txt

或者 python convert.py -i input.csv | grep "xx" > result.txt

或者 python convert.py -i input.csv - o result.txt

查看用法 python convert.py --help

詳細代碼如下

#! /usr/bin/python

# -*- coding: utf-8 -*-

__author__ = 'Jason'

# Create: 20160114

# Modified on: 20160115

# Simple python script that convert csv to tab (-c or --csv option) or convert tab to csv (-t or --tab option).

# Support stdin and stdout

from optparse import OptionParser

import sys

def getOptions():

parser = OptionParser(usage="%prog [-i INPUT] [-csv|-tab] [-o OUT]", version="%prog 1.0")

parser.add_option("-i", "--input", type="string", dest="input", action="store", help="Input file. File should be seperated by tab or comma. If not specify, use stdin", metavar="file")

parser.add_option("-o", "--output", type="string", dest="output", action="store", help="Output file path. If not specify, use stdout.", metavar="file")

parser.add_option("-t", "--tab", default=False, dest="tab", action="store_true", help="Line field is tab splitted" )

parser.add_option("-c", "--csv", default=True, dest="csv", action="store_true", help="Line field is ',' splitted. Default True.")

(options, args) = parser.parse_args()

return options

def readLine(path):

"""

Yeild a line for processing.

:param path: Input file path. If path not specified, use stdin instead.

:return: line string

"""

if path:

for line in open(path):

yield line

else:

for line in sys.stdin.readlines():

yield line

def csv2tab(line):

"""

Just simplely convert csv to tab. Do not concert csv format with complex condition

:param line:

:return:

"""

line=line.replace(',"','"').replace('",','"')

t=line.split('"')#if , is enclosed by " , then , in odd number

newt=[]

if len(t) <=2 :

return line.replace(',','t')

else:

for i,e in enumerate(t):

if i%2==1:

newt.append(e)

else:

if e=='': continue

newt.extend(e.split(','))

return 't'.join(newt)

def tab2csv(line):

temp=[]

for t in line.split('t'):

if ',' in t:

temp.append('"%s"' % t) # if comma in field, use double quotation marks to enclose comma

else:

temp.append(t)

return ','.join(temp)

options=getOptions()

if options.output:

out=open(options.output,'w')

else: out=sys.stdout # if output path not specified, use stdout instead

for line in readLine(options.input):

if options.tab:

newLine=tab2csv(line)

else:

newLine=csv2tab(line)

out.write(newLine)

out.flush()

out.close()

總結

以上是生活随笔為你收集整理的java csv tab分隔,CSV格式与tab制表符分割的格式文件相互转换，支持管道操作的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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