文章目錄

• • 論文地址
  • STRING數(shù)據(jù)庫(kù)
  • PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
  • • 輸入差異基因list
    • PPI圖
    • 保存結(jié)果
  • cytoscape軟件篩選hub基因、功能模塊
  • • 輸入“string_interactions”文件
    • 用cytohHubba插件，篩選top10 Hub基因
    • 生存分析
    • 用MCODE插件，篩選功能模塊

論文地址

STRING數(shù)據(jù)庫(kù)

PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

輸入差異基因list

進(jìn)入網(wǎng)頁(yè)，左側(cè)選擇“Multiple proteins”,輸入所有差異基因list，“Organsim”選擇“Homo sapiens”,然后“SERACH”

繼續(xù)

PPI圖

保存結(jié)果

cytoscape軟件篩選hub基因、功能模塊

在此之前，需要先下載cytohHubba插件以及MCODE插件

輸入“string_interactions”文件

用cytohHubba插件，篩選top10 Hub基因

下面這張圖主要就是根據(jù)Degree值給基因排序

下面的圖片就是篩選出來(lái)的10個(gè)hub基因，保存結(jié)果，后續(xù)進(jìn)行生存分析

生存分析

最終發(fā)現(xiàn)VEGFA基因與生存顯著相關(guān)

用MCODE插件，篩選功能模塊

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的2018年SCI论文--整合GEO数据挖掘完整复现 八 ：STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI），cytoscape软件筛选hub基因的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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