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protein-mode

該模式中，string數(shù)據(jù)庫能夠預(yù)測(cè)到特定物種中的某一個(gè)蛋白質(zhì)的相互作用關(guān)系 通過該模式可以獲取最多的特異性，但是覆蓋面就會(huì)較小一些，原因是該模式中，string不會(huì)準(zhǔn)確的去獲取其他物種的直系同源物，取而代之的是通過序列中的相似性搜索來估計(jì)直系同源

簡(jiǎn)單來說，物種間的相互作用關(guān)系信息的傳遞是基于“degree or orthology(直系同源度）”，（一種string用來判斷兩個(gè)蛋白是否為直系同源的方法。這種方法來源于對(duì)所有的相似性進(jìn)行搜索，并把兩個(gè)物種的推測(cè)的旁系同源考慮在內(nèi)。如果旁系越少，則直系同源可能性就更大。）

COG-Mode 該模式中，string能夠預(yù)測(cè)到一組直系同源蛋白質(zhì)的相互作用關(guān)系

COG模式中，信息是從“Cluster of Orthologous Groups"數(shù)據(jù)庫獲取的，其中的直系同源被設(shè)定為”all-of-nothing",而且這些被視為直系同源的蛋白質(zhì)都被合并為一個(gè)物體 由于獲取直系同源的方法不同，該模式相比protein mode具有更高的覆蓋率

由于獲取窒息同源的方法不同，該模式相比protein Mode具有更高的覆蓋率，但是略微較低的特異性 覆蓋率高是因?yàn)檫@些組群的難以自動(dòng)獲取的同源信息，都是人工識(shí)別的

特異性低時(shí)由于技術(shù)原因，一些組群會(huì)包含大量的還未被進(jìn)一步識(shí)別的蛋白質(zhì)

下載頁面 該頁面選擇性提供數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)

完整的string數(shù)據(jù)庫提供付費(fèi)下載（學(xué)院免費(fèi)） Protein mode:protein模式的數(shù)據(jù)

COG mode：COG模式的數(shù)據(jù) General flatfiles &full database sumps:通用信息數(shù)據(jù)（物種、別名等）

用戶說明文檔（user documenttation) 開始-相互昨天網(wǎng)絡(luò)-蛋白質(zhì)窗口-FAQ-使用情景介紹

開發(fā)者說明文檔（developer documenttation) string API-在是ring網(wǎng)絡(luò)上突出外部的負(fù)載信息-Robot access

數(shù)據(jù)
蛋白識(shí)別

網(wǎng)頁展示-附屬信息

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的string数据库使用和实践的第二部分网页展示http://string-db.org/的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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