一、PSI-Blast在windows10系統(tǒng)下本地安裝

? ?1、PSI-blast最新版下載,版本：ncbi-blast-2.6.0+-win64.exe

? ? ? ? ? ? ?網(wǎng)址：ftp://ftp.cnbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

? ?2、安裝流程

? ? ? ?2.1 ?點(diǎn)擊.exe直接安裝在非系統(tǒng)盤(pán)即可，在blast--2.6.0+文件夾下生成bin、doc兩個(gè)子目錄，其中bins是程序目錄，doc是文檔目錄，安裝完成。

? ? ? ?2.2 ?環(huán)境變量設(shè)置。

? ? ? ? 右鍵點(diǎn)擊“計(jì)算機(jī)”=》屬性=》高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置=》環(huán)境變量設(shè)置。(1) 在系統(tǒng)變量“path”路徑下添加,即“\path\blast\bin”;(2) 在blast-2.6.0+文件夾下新建文件夾“db”,新建"BLASTDB"系統(tǒng)變量，即“\path\blast\db”。

? ? ? ?2.3 ? 檢測(cè)是否安裝成功。

? ? ? ??在Dos環(huán)境下，輸入blastn-version命令，如果顯示版本信息，即是安裝成功。查看命令幫助信息命令：blastn（要查詢(xún)的命令） -help

? ?3、Blast+數(shù)據(jù)庫(kù)建立（來(lái)源于：Blast本地化詳解總結(jié)ncbi-blast-2.2.28+-ia32-win32 并稍加補(bǔ)充）

? ? ? ?3.1 數(shù)據(jù)獲取

? ? ? ? ? ? ?方法1：直接從 NCBI或者其他數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站下載所需序列做成數(shù)據(jù)庫(kù)，或者自己已有的測(cè)序數(shù)據(jù)（格式必須是fasta，名字可以自己隨便命名，具體做法下面有說(shuō)明 ）。

? ? ? ? ? ? ?方法2：從NCBI中的 ftp 庫(kù)下載所需要的某一個(gè)庫(kù)或幾個(gè)庫(kù)，其鏈接為ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中 nr.gz 為非冗余的數(shù)據(jù)庫(kù)，nt.gz 為核酸數(shù)據(jù)庫(kù)，month.nt.gz 為最近一個(gè)月的核酸序列數(shù)據(jù)。下載的month.nt.gz先用winrar解壓縮，然后用makeblastdb.exe格式化。下載到fasta文件放到???????????????????????????????????????????????????????????????????db 文件夾下，文件格式是.fasta。

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)詳解： NCBI在線blast數(shù)據(jù)庫(kù)的簡(jiǎn)要說(shuō)明、 Blast本地化：構(gòu)建自己的搜索數(shù)據(jù)庫(kù) ）

? ? ? ? ? ? 方法3：利用新版 blast自帶的update_blastdb.pl進(jìn)行下載，這需要安裝perl 程序。

Perl下載：http://pan.baidu.com/s/1i3GLKAp? 用update_blastdb.pl下載blast數(shù)據(jù)庫(kù)教程

? ? ? ? ? ? 上述三種方法各有優(yōu)缺點(diǎn)，前兩種下載速度較快，但是每次進(jìn)行檢索都需要對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行格式化（轉(zhuǎn)化成二進(jìn)制數(shù)據(jù)），第三種方法下載速度較慢，但是是NCBI 中已經(jīng)格式化好的，在進(jìn)行本地檢索時(shí)不需再進(jìn)行格式化，直接用即可。

? ? ? 3.2本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)格式化

將makeblastdb.exe從bin文件夾復(fù)制到db文件夾下，db文件夾下數(shù)據(jù)庫(kù)是pdbaafasta，測(cè)試文件k.fasta，在dos環(huán)境下進(jìn)入db文件輸入命令：makeblastdb.exe–in pdbaa.fasta ?-parse_seqids ?-hash_index -dbtype prot? 命令解釋：-in參數(shù)后面接將要格式化的數(shù)據(jù)庫(kù)，-parse_seqids, -hash_index兩個(gè)參數(shù)一般都帶上，主要是為blastdbcmd取子序列時(shí)使用，-dbtype? 后接所格式化的序列的類(lèi)型，核酸用 nucl，蛋白質(zhì)用prot；

? ? ? ?3.3? 數(shù)據(jù)庫(kù)建立完畢。

? 4. 生成pssm打分矩陣

? ? ? ?4.1 在dos環(huán)境下進(jìn)入db文件輸入命令：psiblast -db pdbaa.fasta -in_msa k.fasta-num_iterations 3 -evalue 0.001?-out_ascii_pssm pssm2.txt

? ? ? ?4.2 使用python或dos命令批量調(diào)用4.1代碼即可

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? ?其他參考文獻(xiàn)：Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的詳細(xì)介紹??

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的PSI-Blast最新版单机安装,批量生成Pssm打分矩阵的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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