閱讀文獻是了解各研究領域內新動態的最重要途徑。通過閱讀最近出版的論文，研究人員可以了解國內外同行做了什么，怎么做的，得到了什么重要結論等。及時找到感興趣的專業文獻，并盡可能將重要文獻吃透，對于研究是至關重要的。

當前，檢索文獻的主要方式是直接在數據庫，特別是谷歌學術搜索關鍵詞，找到關鍵論文后，再查看引用這些論文的論文，下載pdf全文，甄選后閱讀。

隨著研究工作的深入，文獻也逐漸積累，絕大多數研究人員積累的PDF文件可能達幾百個，幾千甚至幾萬個。這么多pdf文件，如果不按照一定規則管理，并按照一定順序優先閱讀，很容易讓人陷入文獻的海洋。讀文獻宜精不宜多。時間有限，不能漫無目的地在文獻的海洋中漂流。

本文分享一些跟蹤、整理和閱讀文獻的方法，主要是希望對生態學研究生有所幫助。與標題的順序稍有不同，按照閱讀、追蹤和整理的順序介紹。

閱讀文獻

為什么要閱讀文獻？

閱讀文獻的最終目標是為自己在所研究的領域構建最前沿、最深刻的認知。最終目標能否達到，是一個人能否成為一流學者的重要因素。每一位研究人員都要做好文獻閱讀和整理，這是學術研究能歷久彌新的重要保證。

具體來說，閱讀文獻主要有以下三個原因：

獲得新的認知

學習新的方法

熟悉研究領域

這三點就不展開了。而讀文獻時最重要的一點就是目的明確，也就是知道想從這篇文獻中獲得什么。

學術論文的常見類別

1. 研究論文

主要是收集數據，通過一定的方法進行假設的檢驗，展示結果，討論。這也是研究論文最常見的格式。研究論文最核心的內容，就是原創性和新的知識。因為這是人們從科學領域獲得并且記錄新知識的最重要方式。

2. 方法和技術論文

這種論文一般介紹新的軟件或者新的方法、新的工作流程或數據標準，如Darwin Core數據交換標準，植物標本圖像采集的流程和具體要求等。生態學中常用的vegan程序包，分子系統學中建立進化樹的RAxML軟件，作者都撰寫了相應的論文。論文中介紹軟件研發的背景、目的，實現的主要功能以及和其他軟件相比的優勢等，一般還會提供一個或者幾個研究實例。如果軟件或算法得到的了廣泛關注，文章的引用率往往會很高。

3. 數據論文

一般只介紹數據以及數據采集和生成的過程，或者標準化的過程，并提供初步的統計圖表等。例如介紹CHELSA氣候圖層的論文，介紹植物功能性狀數據庫TRY的論文等。一般來說，數據都在Dryad, Figshare, Github等網站，或者專門設立網站將數據公開。這類論文可能比較短，而且不包括對數據的深入分析。數據論文也可能是某地區的生物多樣性編目，如某地區的物種名錄及其瀕危等級評估等。

4. 綜述

綜述是對某一個領域的研究現狀進行總結、評述和展望的論文。國際上的主流學術期刊，一般以研究性論文為主，但也會發表少量綜述，一般為約稿。部分期刊，如Trends in Ecology and Evolution, Annual Reviews上的論文以綜述為主。這些論文，大多是某學者取得很高的學術聲望后，由期刊的編輯發邀請函，請該學者圍繞領域內的某一問題撰寫的。綜述論文往往涉及大量文獻。一般的研究論文，參考文獻數量很少超過100篇， 且一般在80篇以下，而綜述性論文，為了詳細介紹研究進展等，往往從學科的歷史、現狀、問題、展望等多方面進行論述，因此參考文獻也較一般的研究論文多得多。閱讀好的綜述論文，有助于快速了解某一個領域的動態，把握學科的發展方向，也能幫忙快速找到以前忽略的重要文獻，因此是了解某一領域的首選。

5. 觀點述評

一般是學者對某一研究進展，或者現象表達個人觀點的論文，在一定程度上接近綜述，但由于篇幅所限，很難展示某一領域的全貌。一般來說，對某一問題持不同觀點的學者， 可能在期刊的同一期，或者附近的幾期內刊登論文。例如植物分類學家Maarten J. M. Christenhusz將蕨類植物的屬名分類系統進行了大量合并，而一些蕨類專家對此持反對態度，因此在Taxon雜志上發表論文互相駁斥對方的觀點。觀點述評一類的論文，當然也要用數據支撐自己的觀點，做到有理有據。

6. 編者按

一般是主編對某一期的若干篇論文進行簡要的評述，也可能是基于該期發表的論文做進一步的呼吁（如怎樣有效保護野生動植物）等。編者按一般是期刊編委會成員或者特邀編委撰寫的，對于了解學科動態有一定的指導意義。

7. meta分析

一般是從不同的研究論文提取數據， 再進一步分析，一般也進行假說檢驗，形式上介于研究論文和綜述之間。

讀文獻的基本要求

無論是讀哪種類型的論文，最重要有三點要了解：

研究人員做了什么

得到了什么結果

作者持什么觀點

研究論文閱讀的順序

一般來說，論文都可以從頭到尾通讀。如果時間太緊張，或者對技術細節不感興趣，則可以按照以下順序閱讀：

先讀摘要，確定是否有讀下去的必要

再看圖表，確定結果是否足夠吸引人

再讀結論，即論文最重要的信息是什么

再讀討論，了解結果的意義

若對材料與方法的細節感興趣，則應全面閱讀全文

若自己對研究內容與問題不太熟悉，則要從前言開始順序閱讀

閱讀筆記

閱讀筆記，就是在讀論文過程中記錄看文獻時得到的重要信息以及自己的想法。一般用一兩句話總結該論文做了什么，得到了什么結果或者結論，有什么不足等。以后要回憶文獻的內容，直接看筆記就能想起來大部分。閱讀筆記可在文獻管理軟件中撰寫和保存。

用好文獻管理軟件

文獻管理軟件，對于每個讀論文、寫論文的的學生，都是必須要熟練掌握的。

常用軟件包括Mendeley, Zotero, JabRef, Endnote等，只需要選擇一種自己認為順手的軟件即可。這些軟件一般都包括以下功能：

自動提取PDF中的文字信息， 通過查詢文檔的DOI或者對PDF內容進行識別，而在軟件中自動填寫文獻的作者、標題、期刊、頁碼等信息

PDF的文字部分導入數據庫中，以便搜索時能順利找到

做筆記的功能

按照一定格式，在Word, OpenOffice, LaTeX文檔中插入參考文獻，能極大節省論文撰寫的時間。

在文獻管理軟件中，閱讀筆記一般可以和標簽一樣檢索。如果閱讀筆記總結得合適，一般在檢索時能快速找到文獻。

什么時候讀論文，每天讀多少？

寫文章之前一般要大量閱讀論文，以確保自己對學科狀態有全面和客觀的認識。科研人員來說，最好需要養成在空閑時間閱讀和思考的習慣，只是要懂得如何選擇最適合自己的論文，去粗取精。對于博士研究生來說，最好每天能讀一篇文獻。

讀文獻遇到不懂的地方怎么辦？

任何人在讀論文時，都會有疑惑，或者對概念或者方法等不清楚。如果是關鍵性的方法，而作者在論文中介紹的不清楚，建議直接聯系作者。其他情況下，建議按照以下順序搜索或者請教問題。

谷歌 Google。善用搜索引擎已經是信息社會的基本生存能力。

維基百科 Wikipedia。對于一些基本概念，部分背景知識，維基百科介紹得可能更清楚。不過，因為所有人都能編輯維基百科，相關內容的可信度要經過認真評價。

在QQ群、微信群、Stackoverflow、統計之都等專業論壇咨詢： 這些群或者論壇主要用來求助技術問題，特別是數據處理問題，如R，Python等的問題。國外就有研究生拍畢業照時，致謝Stackoverflow.

向同行求助。一些科研人員，愿意將自己的代碼、模型等在網站上共享，一般來說，他們也非常愿意幫助別人。如果在QQ群、微信群、專業論壇等都沒能解決，則可以嘗試聯系這些人，看能否幫忙解答問題。

文獻檢索

怎樣獲得研究領域的最新進展？

一般包括以下幾種方式：

關注在谷歌學術設立個人頁面的主要科學家，并讓谷歌學術在作者有新論文發表時，發email提醒;

在Google Scholar創建若干核心論文的引用提醒（citation alert），這些論文在有新的引用后，谷歌學術就會發郵件提醒。

在ResearchGate, Twitter, facebook上跟蹤感興趣的學者;

訂閱Wiley, Springer, Science Direct， Oxford等數據庫中感興趣期刊的Content Alert。有新論文發表時，系統會發郵件通知;

訂閱期刊的RSS，有新的論文上線時，通過RSS Reader 等就能方便查看;

瀏覽學會或者期刊的網站或者博客，如英國生態學會(BES)，Methods in Ecology and Evolution網站等都有相應的博客，介紹出版的重要論文;

專業論壇、QQ群、微信群等分享的文獻

尋找文獻的過程

通過Google Scholar等找到引用率較高的核心論文之后（又稱為種子論文， seed paper），繼續查找引用這些文獻的論文，以及這些文獻本身引用了哪些論文，防止將重要文獻遺漏。綜述論文一般可以作為種子論文，幫你找到更多的論文。

怎樣下載論文的全文？

一般是在Google Scholar檢索到之后，打開期刊的網頁，找到DOI，然后在SCI-Hub搜索DOI，就可下載到PDF全文。絕大部分英文論文都可以在Sci-hub下載到全文，由于Sci-Hub侵犯了一些出版商的知識產權，目前不清楚還能堅持多久。當然，如果能夠合法下載，可能還是合法下載更好。

文獻整理

綜述或者引用率很高的研究論文要歸類為核心論文，這些是必須要精讀的。可在文獻管理軟件中添加特定標簽，方便查閱。

下載的論文應立即導入文獻管理軟件，并按照關鍵詞分類，并加上適當標簽，便于查找和做筆記。

用文獻管理軟件給PDF重命名，建議為 "第一作者，年份，雜志"，這樣，不但在管理軟件中能快速找到文件，在單機版搜索軟件（如Everything）也能快速找到。Zotero, Mendeley等軟件都具有批量重命名PDF文件的功能。

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參考：

• 羅民： 談研究生如何讀文獻http://blog.sciencenet.cn/blog-84925-1084890.html

• 花曉波：?如何有效地跟蹤文獻http://blog.sciencenet.cn/blog-267717-1063595.html

• 林元震：?如何有效檢索和獲取英文文獻http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-1083060.html

• 熊小鋒：做文獻筆記的好軟件http://blog.sciencenet.cn/blog-3313677-1041005.html

• 王竹青：?如何讀好一篇文獻?——《文獻深度分析討論課程》感想http://blog.sciencenet.cn/blog-3392387-1134851.html

• 孫學軍：?如何精讀文獻http://blog.sciencenet.cn/blog-41174-661749.html

• 吳軍：?綜述是如此重要——如何寫好一篇真正的綜述http://blog.sciencenet.cn/blog-215974-1115851.html

• 于法標：閱讀文獻的方法和意義http://bbs.sciencenet.cn/forum.php?mod=viewthread&tid=3234467

• pbjacob：參考文獻管理工具zotero的使用經驗分http://muchong.com/html/201410/7981977.html

• 于淼：文獻管理的三個階段http://blog.sciencenet.cn/blog-430956-1093330.html

總結

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