Homology is the central concept for all of biology.——David Wake. Science, 1994

前言

正如前面引用的這句話，同源性是生物學中的核心問題。研究序列的同源性問題，就要用到序列比對的工具，上一篇筆記簡單介紹了序列比對的原理，在這一篇中我將總結幾種常用的比對工具，順便記錄一下BLAST的基本思想，由于時間關系，所以找的都是在線的工具，在未來，可能會專門寫某些軟件的本地化（當然我希望測試環境是在Linux上，這都是后話），比如BLAST等。

多序列比對（Multiple Sequence Alignment，MSA）

Clustal Omega
Clustal不是一個程序，而是一系列程序，這些程序用于多序列比對。

• Clustal，最初的基于系統樹的比對程序
• ClustalV，Clustal的第五個版本
• ClustalW，命令行版本
• ClustalX，可視化窗口版本
• Clustal Omega，現在的官方版本

軟件用C++編寫，都是開源的，可在官網獲取最新版本和源碼。這里Clustal Omega為當前官方最新版本，提供web server版本和command line版本（GUI版本即將推出）。
程序支持蛋白質序列、DNA序列、RNA序列比對，輸入的格式支持：NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swiss-Prot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF, and GDE。輸出的格式支持：Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE, or NEXUS。
EBI建議使用Clustal Omega進行蛋白質序列的比對，點擊訪問。

Muscle（MUltiple Sequence Comparison by Log- Expectation）
Muscle也是一個用于多序列比對的程序，可用于蛋白質、核酸序列的比對。它是一個開源程序可通過官網獲取最新版本和源碼。Muscle的web server版本由EBI提供，EBI推薦使用Muscle進行DNA序列比對，點擊訪問。

更多多序列比對軟件

雙序列比對（Pairwise Sequence Alignment，PSA）

恰巧啊，這些某個頁面已經寫了（偷懶）

數據庫搜索

BLAST（Basic Local Alignment Seach Tool）
我覺得我再去寫他的算法意義不是很大，一下是參考材料鏈接，后面有機會會專門寫BLAST的網頁和本地化的使用。

• 北京大學生信慕課
• 原始文獻

這Tm寫的啥子嘛，啥子卵用沒用的失敗的文章。沉淀些時間。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的clustalw序列比对_序列比对(二)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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