circRNA 最初研究的很少，只有很小一部分基因有檢測(cè)到circRNA, 當(dāng)時(shí)都認(rèn)為是剪切錯(cuò)誤形成的，對(duì)于其功能也沒(méi)人去研究；學(xué)者對(duì)人類(lèi)的成纖維細(xì)胞進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，構(gòu)建去核糖體文庫(kù)， 同時(shí)采用了RNase酶消化線性RNA 和 不消化線性RNA的兩種文庫(kù)，同時(shí)檢測(cè)circRNA , 最終檢測(cè)到了25000 多種circRNA ，這些circRNA 來(lái)源于exon 區(qū)， 叫做 ecircRNA, 保守估計(jì)，有14%的基因都產(chǎn)生了circRNA. 利用同樣的方法，在小鼠睪丸組織中，鑒定到了69種和人類(lèi)的circRNA 高度同源的circRNA。circRNA 的表達(dá)量，可以被siRNA 調(diào)控，推測(cè)具有競(jìng)爭(zhēng)性?xún)?nèi)源RNA的作用，而且通過(guò)生物信息學(xué)手段發(fā)現(xiàn)，這些ecircRNA 大部分都具有 ALU 重復(fù)元件，這些都表明circRNA 并不是隨機(jī)的剪切錯(cuò)誤產(chǎn)生的，而是固有的一類(lèi)，種類(lèi)豐富，結(jié)構(gòu)穩(wěn)定，序列保守的內(nèi)源性RNA;

真核生物的total RNA 中，非編碼RNA（ncRNA） 占據(jù)了95%的比例，盡管在ncRNA 中，rRNA 和 tRNA 占據(jù)了絕大部分，但是其他類(lèi)型的ncRNA , 比如miRNA和 lncRNA , 其研究越來(lái)越多，越來(lái)越受到重視，科學(xué)家通過(guò)RNase R 消化線性RNA, 利用高通量測(cè)序來(lái)研究circRNA, 主要使用了mapsplice 工具。

為了研究哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的circRNA , 科學(xué)家發(fā)明了一種 CircleSeq 的文庫(kù)構(gòu)建方法

首先去除rRNA， 然后用RNAse R 消化線性RNA, 同時(shí)還設(shè)立了對(duì)照組，就是不消化線性RNA的文庫(kù)作為對(duì)照；

研究發(fā)現(xiàn) RNase R 處理的文庫(kù)，可以很好的實(shí)現(xiàn)circRNA 富集的效果，更加有利于檢測(cè) 低風(fēng)度的circRNA , 富集效果是普通文庫(kù)的10倍以上；

Hiseq 對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行高通量測(cè)序，數(shù)據(jù)量為300M,使用mapsplice 軟件比對(duì)參考基因組，

對(duì)于每一條測(cè)序的reads, mapsplice 會(huì)一次進(jìn)行下列 4種比對(duì)：

1） 完全來(lái)自1個(gè)exon , 這樣的reads 直接比對(duì)上參考基因組

2）跨越了剪切位點(diǎn)，叫做junction reads, 這樣的reads 在剪切位點(diǎn)的兩側(cè)，分別能夠比對(duì)上參考基因組；

3）反向剪切 backsplice 生成的reads, 同樣是在剪切位點(diǎn)兩側(cè)分別比對(duì)，但是比對(duì)的順序和線性RNA的順序正好相反；

4）融合轉(zhuǎn)錄本的序列，融合位點(diǎn)兩側(cè)的序列比對(duì)上了不同的染色體

參考資料：

http://rnajournal.cshlp.org/content/19/2/141.long#F6

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的circRNA 中的ALU 重复元件的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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