3DMed
very helpfully , i found this professional open software.
Links
- 3DMed (www.3dmed.net)
- www.fingerpass.net
- MOSE (www.mosetm.net)
- Visualization Toolkit (www.vtk.org)
- Insight Segmentation and Registration Toolkit (www.itk.org)
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3DMed3DMed source??? ,??? Mitk & 3Dmed manual?? ( may be you will ignore their 3dmed download entrance, like this
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THE 3rd tool you should download is QT: http://qt-project.org/downloads?? ,
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (MinGW 4.7, 650 MB) (Info)
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (VS 2010, 485 MB) (Info)
- Qt 5.0.2 for Windows 32-bit (VS 2010, OpenGL, 476 MB) (Info)
presently , i have no idea about what the differences in? them.
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如果你不需要重新編譯，那么事情變得很簡單： 直接學習3Dmed 就可以了。
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3DMed是3D Medical Image Processing and Analyzing System（三維醫學圖像處理及分析系統）的簡稱，由中國科學院自動化研究所醫學圖像處理研究室研制開發。本軟件系統的開發為醫學影像領域的從業人員提供了一款實用軟件，方便了醫學圖像數據的分析和處理。軟件目前在網站www.mitk.net提供免費下載試用.本軟件功能強大，集數據采集、數據格式轉換、二維圖像處理、面繪制、體繪制、圖像分割、圖像配準、三維虛擬切割和三維測量等功能于一身，其中分割和配準功能是依靠有關插件提供的。詳 細內容歡迎登陸訪問 我們的主頁http://www.3dmed.net 和http://www.mitk.net。
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4.26
您可以通過點擊一個菜單選項來調用其功能。其中“濾波算法”，“分割算法”，“配準算法”，“可視化算法”菜單都是動態的，他們的內容依賴于動態加載的相關插件。
面繪制作為分割后的一個過程，可以利用分割后的結果和源圖像體數據重建出一個三維立體表面模型，進而將此表面模型在三維視圖中繪制出來。例如采用閾值分割方法，分割過程結束后點擊“確定”開始表面重建.
“顯示方式”組用于選擇表明模型的顯示方式，目前提供了模型的三種顯示方式：面顯示，線框顯示和點顯示。
一般插值方式使用了一種簡單的插值方法進行面繪制，和平滑方式相比，其結果比較粗糙但繪制的過程會快一點；平滑插值方式使用了一種復雜的插值方法來進行表面繪制，其結果相對平滑但速度較慢。
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“三維測量”面板提供了三維測量和切片重組等功能，目前該面板的功能僅對面繪制有效，僅當三維視圖中有表面模型被繪制時，該面板上的控件才是可用的
切片重組
如果斷面重構的功能啟用，一般情況下，在平面調節結束后才進行斷面重構并顯示斷面，但在鼠標操作過程中如果按住鍵盤Ctrl鍵可使重構的斷面隨平面改變而即時更新，然而由于計算量較大，可能產生控制不連貫的情況.
單擊“啟用平面裁減”選擇按鈕可啟用平面裁減功能，這時三維視圖中在沿平面法向一邊的表面模型被保留，其余部分將被裁減掉（不顯示），在沒有啟用斷面重構的情況下，裁減平面呈藍色半透明狀態，其不透明度可由下方對應的滑動條和編輯框設定，取值范圍為[0.0, 1.0]，
切片重組的步驟如下：
1. 根據上面所說的操作方法調節“平面”控件到所需位置和角度；
2. 單擊“記錄平面”按鈕，記錄切片重組的起始平面，若記錄成功，“平面設置”組上方的狀態顯示區將顯示“Start plane recorded!”；
3. 用鼠標右鍵點擊平面上的小球控制點，然后將平面沿垂直于平面方向移動到新的位置（切片重組的終止平面位置）；
4. 再次單擊“記錄平面”按鈕，記錄切片重組的終止平面，若記錄成功，狀態顯示區將顯示“Stop plane recorded!”；
5. “切片重組”按鈕這時將被激活，單擊該按鈕在彈出的對話框中輸入重組參數，按“確定”按鈕開始切片重組。
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灰度-不透明度傳遞函數用于設定具有某灰度值的體素的不透明度（阻光度），該傳遞函數在“灰度-不透明度傳遞函數”組的黑色區域顯示為一條折線， 橫坐標是灰度值，縱坐標是對應的不透明度，取值范圍在[0.0, 1.0]內，該折線由顯示為黃色圓圈的一些控制點控制，用鼠標左鍵點中控制點拖動可以移動控制點的位置，將其拖出黑色區域可將該點刪除；在空白處單擊鼠標左鍵可以在單擊位置添加一個控制點；當前點中的控制點顯示為藍色，其對應灰度值（橫坐標）和不透明度（縱坐標）分別顯示在上方兩個編輯框內，用鍵盤在編輯框內可直接輸入當前點中的控制點的坐標，按“Enter”鍵生效。此外，“預設值”下拉框提供一組預設值以方便用戶調節。
灰度-顏色傳遞函數用于設定具有某灰度值的體素的顏色，該傳遞函數在“灰度-顏色傳遞函數”組的黑色區域顯示為一條直線，上面有一系列的控制點，其對應顏色顯示在黑色區域上半部分的色帶內，如圖5.6。相鄰控制點之間的顏色通過線性插值產生。用鼠標左鍵點中控制點拖動可以移動控制點的位置，將其拖出黑色區域可將該點刪除；空白處單擊鼠標左鍵可以在單擊位置添加一個控制點；當前點中的控制點顯示為藍色，其對應的灰度值和顏色分別顯示在上方幾個編輯框內，可通過鍵盤輸入改變其值，按“Enter”鍵生效；也可以按“預設值”左邊的顏色選擇按鈕直接在顏色選擇對話框中選擇特定顏色。此外，“預設值”下拉框提供一組預設值以方便用戶調節。
梯度-不透明度傳遞函數用于設定具有某梯度值的體素的不透明度， 使用該傳遞函數可以增強邊緣（高梯度）區域的顯示效果，但是需要大量額外計算，從效率上考慮，缺省情況下并不打開該傳遞函數，可以通過單擊左上角的選擇按鈕開啟該傳遞函數。其調節方法同灰度-不透明度傳遞函數。
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當開啟了“平面裁剪”，您就可以點擊“添加”按鈕來添加裁剪平面。裁剪的初始方向可以在“初始方向”下拉框中加以選擇. 可以連續添加多個裁剪平面，最多支持六個裁剪平面。添加裁剪平面后可通過“操縱裁剪平面”組內的控件來操縱選定的裁剪平面? 。首先在“哪個裁剪平面”下拉框中選擇要操縱的平面，然后通過下面的一組滑動條調整裁剪平面的位置，單擊“刪除”按鈕可刪除選定的裁剪平面，單擊“反向”按鈕可使裁剪方向反向。
當開啟了“立方體裁剪”選項后，可以通過該單選按鈕右邊的下拉框選擇采用“保留立方體”還是“挖除立方體”的方式進行裁剪。然后可通過“操縱裁剪立方體”組內的一組滑動條來調節裁剪立方體六個面的位置
加載完體數據后，您就可以點擊主菜單中的“分割算法”選項開始分割。在“分割算法”下拉菜單中有許多選項，每個選項都各自代表了一種不同的分割方法.所有的分割算法都是通過插件的形式動態加載到3DMed中去的，每個算法插件對應一個動態鏈接庫（DLL）文件，位于3DMed安裝目錄的Plugins子目錄下。目前3DMed提供6種分割算法插件，包括閾值分割算法、區域增長分割算法、交互式分割算法、Live Wire分割算法、Fast Marching分割算法和Level Set分割算法。這些分割算法插件的輸出結果將添加到主界面的“體數據”列表中，其名稱以“segmented”為后綴，其切片圖像顯示在二維視圖區域；與此同時還將對分割結果進行三維重建，重建結果加入“三維模型”列表并顯示在主界面的三維視圖區域。
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閾值分割是最常見的分割方法，其優點是簡單，同時對于不同類的物體灰度值或其他特征值相差很大時，它能很有效的對圖像進行分割。閾值分割通常作為預處理，在其后應用其他一系列分割方法進行處理，它常被用于CT圖像中皮膚、骨骼的分割。其缺點是不適用于多通道圖像和特征值相差不大的圖像，對于圖像中不存在明顯的灰度差異或各物體的灰度值范圍有較大重疊的圖像分割問題難以得到準確的結果。另外，由于它僅僅考慮了圖像的灰度信息而不考慮圖像的空間信息，閾值分割對噪聲和灰度不均勻很敏感。
通過拖動“直方圖”下方的紅色箭頭來選定分割閾值，左箭頭設定低閾值，右箭頭設定高閾值。當設定閾值之后，“目標圖像”中就會顯示出分割后的結果。
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區域生長是典型的串行區域分割方法，其特點是將分割過程分解為多個順序的步驟，其中后續步驟要根據前面步驟的結果進行判斷而確定。區域生長的基本思想是將具有相似性質的像素集中起來構成區域，該方法需要先選取一個種子點，然后依次將種子像素周圍的相似像素合并到種子像素所在的區域中。區域生長算法的優點是計算簡單，特別適用于分割小的結構如腫瘤和傷疤。缺點是需要人工交互以獲得種子點，這樣使用者必須在每個需要抽取出的區域中植入一個種子點。同時，區域生長方法也對噪聲敏感，導致抽取出的區域有空洞或者在局部體效應的情況下將原本分開的區域連接起來。
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開發3DMed的Plugin
轉載于:https://www.cnblogs.com/iamgoodman/archive/2013/04/21/3033845.html
總結
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