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google提供的adb工具包_开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits)

發(fā)布時間：2023/12/19 编程问答 58 豆豆

生活随笔收集整理的這篇文章主要介紹了 google提供的adb工具包_开源化学信息学工具包(Open Access Cheminformatics Toolkits) 小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.

1. CDK (Chemistry Development Kit)

官網(wǎng)：https://cdk.github.io/點擊打開鏈接

CDK是結(jié)構(gòu)化學(xué)信息學(xué)和生物信息學(xué)的開源Java庫。該項目由Christoph Steinbeck，Egon Willighagen與Jmol和JChemPaint的開發(fā)人員Dan Gezelter于2000年發(fā)起。迄今為止，它是在科學(xué)界廣泛支持下開展的最活躍的開源化學(xué)信息學(xué)項目之一。

CDK工具包為開發(fā)化學(xué)信息領(lǐng)域的新軟件提供了許多功能，例如各種化學(xué)輸入/輸出（I/O）文件格式，包括簡化的分子輸入行輸入系統(tǒng)（SMILES），化學(xué)標(biāo)記語言（CML）和麻省理工學(xué)院設(shè)計語言（MDL）；結(jié)構(gòu)發(fā)生器;；2D圖表編輯和生成；3D幾何圖形生成；使用精確結(jié)構(gòu)和SMARTS類查詢進行子結(jié)構(gòu)搜索；定量構(gòu)效關(guān)系分子描述子計算（QSAR）研究；指紋計算；國際化學(xué)標(biāo)識符（InChI）支持；在生物信息學(xué)領(lǐng)域，功能包括同源配體檢測，代謝物鑒定等。

2. RDKit

官網(wǎng)：http://www.rdkit.org/點擊打開鏈接

RDKit在2000-2006年期間在Rational Discovery開發(fā)和使用，用于構(gòu)建吸收、分布、代謝、代謝、毒性和生物活性的預(yù)測模型。2006年6月Rational Discovery被關(guān)閉，但該工具包在BSD許可證下作為開源發(fā)布。目前，RDKit的開源開發(fā)由諾華積極貢獻，其中包括諾華捐贈的源代碼。

RDKit提供各種功能，如不同的化學(xué)I/O格式，包括SMILES/SMARTS，結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)格式（SDF），Thor數(shù)據(jù)樹（TDT），Sybyl線符號（SLN），Corina mol2和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（PDB）。子結(jié)構(gòu)搜索; 標(biāo)準(zhǔn)SMILES; 手性支持；化學(xué)轉(zhuǎn)化；化學(xué)反應(yīng)；分子序列化；相似性/多樣性選擇；二維藥效團；分層子圖/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成組合分析程序（RECAP）; 多分子最大共同亞結(jié)構(gòu)；功能圖；基于形狀的相似性；基于RMSD的分子分子比對；基于形狀的對齊；使用Open3-DALIGN算法的無監(jiān)督分子-分子比對；與PyMOL進行3D可視化集成；功能組過濾；分子描述符庫；相似圖；機器學(xué)習(xí)等等

3. Open Babel

官網(wǎng)：http://openbabel.org/wiki/Main_Page點擊打開鏈接

Open Babel是一款開源自由軟件，使用Open Babel可以將一種化學(xué)結(jié)構(gòu)類型的文件格式轉(zhuǎn)換成另一種文件格式，非常方便的進行各種類型的化學(xué)結(jié)構(gòu)文件進行相互轉(zhuǎn)換。

Open Babel由CC++編寫，并提供C ++， Perl， Python等的API接口方便開發(fā)。

Open Babel 可以執(zhí)行超過111種化學(xué)文件格式的讀取、寫入和相互轉(zhuǎn)換，分別包括讀取和寫入82和85種文件格式。這些包括用于化學(xué)信息學(xué)（SMILES、InChI、MOL、MOL2），來自各種計算化學(xué)包（GAMESS、高斯、MOPAC）的I/O文件，晶體文件格式（CIF、ShelX），反應(yīng)格式（MDL RXN ），分子動力學(xué)模擬（Amber）和對接軟件包（AutoDock）使用的文件格式，2D繪圖軟件包（ChemDraw），3D查看器（Chem3D，Molden），化學(xué)動力學(xué)和熱力學(xué)（ChemKin，Thermo）使用的格式。它支持使用Daylight SMARTS模式匹配過濾和搜索分子文件，并計算組貢獻描述符，如LogP、極性表面積（PSA）和摩爾折射率（MR）。它還提供可擴展的分子指紋和分子力學(xué)功能。

4. Cinfony

官網(wǎng)：Cinfony - Cinfony 1.2 documentation

Cinfony是一個Python模塊，它通過一種簡單而強大的方法為Open Babel、RDKit和CDK提供了一個通用接口，以在這些工具包之間傳遞化學(xué)模型。它是Pybel的擴展，Pybel是一個只提供Open Babel訪問權(quán)限的Python模塊。它允許在應(yīng)用程序編程接口（API）級別的互操作性，其優(yōu)點是不需要對現(xiàn)有軟件進行任何更改。它獨立于平臺，因此受到所有操作系統(tǒng)（如Mac，Windows和Linux操作系統(tǒng)）的支持，并且在BSD許可下作為開源發(fā)布。

5.Indigo

官網(wǎng)：http://lifescience.opensource.epam.com/點擊打開鏈接

2009年，GGA軟件服務(wù)根據(jù)GNU GPL條款發(fā)布了一個名為“Indigo”和相關(guān)軟件的工具包。它包含一些由GGA開發(fā)的獨特算法，以及一些標(biāo)準(zhǔn)的著名算法。

Indigo是一個基于C ++語言的庫，主要關(guān)注性能和基本化學(xué)特性。圍繞Python，Java和C＃語言構(gòu)建高級包裝器或綁定。這個庫也允許多線程使用。所有的二進制文件都受到所有基本操作系統(tǒng)的支持，即Windows，Linux和Mac OS X（32位和64位）。

支持常用和流行的化學(xué)形式：molfiles

Rxnfiles v2000和v3000，SDF，RDF，SMILES，

SMARTS和SMIRKS

支持四面體和順式 - 反式立體化學(xué)

分子和反應(yīng)呈現(xiàn)為PNG，SVG和PDF文件

分子和反應(yīng)描述

芳香化和kekulization

規(guī)范（異構(gòu)）SMILES計算

分子和反應(yīng)的精確和亞結(jié)構(gòu)匹配

支持匹配和突出顯示

互變異構(gòu)體和共振結(jié)構(gòu)的匹配

計算分子和反應(yīng)指紋

相似性搜索

最大公共子結(jié)構(gòu)（MCS）算法

R基團解卷積骨架檢測

6.ChemoPy

官網(wǎng)：http://code.google.com/p/pychem/downloads/list點擊打開鏈接

ChemoPy是用于計算常用結(jié)構(gòu)和物理化學(xué)特征的開源軟件包。它依賴于Pybel、RDKit、Open Babel和MOPAC等其他幾個軟件包，以提供其完整的功能。它計算出大約16個由19個各種特征組成的特征組，這些特征總共包含大約1,135個描述符。此外，它還提供了七種類型的分子指紋系統(tǒng)，包括拓撲指紋、電拓撲狀態(tài)指紋、MACCS鍵、FP4鍵、原子對指紋、拓撲扭轉(zhuǎn)指紋和Morgan /圓形指紋。其中一些功能和指紋是使用Open Babel和RDKit派生的。使用MOPAC，ChemoPy計算大量的3D分子描述符。有趣的是，ChemoPy據(jù)報道是第一個基于MOPAC優(yōu)化計算大量分子特征的開源軟件包。

參考文獻：Cao D-S, Xu Q-S, Hu Q-N, Liang Y-Z (2013) ChemoPy: freely available python package for computational biology and chemoinformatics. Bioinformatics 29:1092–1094.竟然來自母校開發(fā)。

7.ChemmineR

官網(wǎng)：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChemmineR.html點擊打開鏈接

ChemmineR是一種用于分析流行統(tǒng)計編程環(huán)境R中藥物樣小分子數(shù)據(jù)的cheminformatics包。該軟件包的第一個版本于2008年出版。它包含用于化合物之間二維結(jié)構(gòu)相似性比較的功能，針對化合物數(shù)據(jù)庫的相似性搜索，用于聚類整個化合物庫的功能，以及聚類結(jié)果的可視化。

2013年發(fā)布的最新ChemmineR版本具有其他實用程序和附加軟件包，包括高效處理大量小分子的功能，物理化學(xué)/結(jié)構(gòu)性質(zhì)預(yù)測，結(jié)構(gòu)相似性搜索，分類以及具有廣譜的化合物文庫的聚類包括用于成對比較的失配容忍MCS搜索算法。ChemmineR的當(dāng)前版本還集成了Open Babel C ++庫中實現(xiàn)的化學(xué)信息功能的一個子集。這些實用程序可以通過安裝ChemmineOB軟件包和Open Babel軟件來啟用。 ChemmineR可以自動檢測ChemmineOB并使用其額外的實用程序。流功能允許使用sdfStream功能處理數(shù)百萬個分子。最近的增加還包括快速和高效的指紋搜索，支持使用原子對或PubChem指紋，并通過新的SMIset對象類和SMILES導(dǎo)入/導(dǎo)出功能改進SMILES支持。

8.Chemkit

官網(wǎng)：http://www.chemkits.com/點擊打開鏈接

Chemkit是由Kyle Lutz開發(fā)的開源庫，支持分子建模，化學(xué)信息學(xué)和可視化功能。 Chemkit提供的主要功能包括I/O化學(xué)文件格式（pdb、cml、cjson、cube、fhz、fps、inchi、mol、mol2、sdf、smi等），訪問Web資源，計算各種分子描述符，自動原子分型和拓撲構(gòu)建以及基于OpenGL的可視化。

Chemkit庫是用C++語言編寫的，它使用Qt框架來處理圖形。它是根據(jù)BSD許可證發(fā)布的。它是一個跨平臺的庫，受Windows、Mac和Linux操作系統(tǒng)的支持。