解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2144天

Excel進行配色提取，繪制Cell都在用的南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等！

一位審稿人曾經說：“我看稿件的順序是題目、摘要、圖表、前言、參考文獻和正文。”可見論文圖片質量非常重要，圖片質量的高低很大程度上決定了論文能否被順利錄用。毋庸置疑，擁有賞心悅目的配圖的稿件更加能夠獲得審稿人的青睞！登高望遠，學習高分文獻中的精美配圖是提高自身文章配圖水平的不二法門。今天半就給大家分享從一篇2020年2月26日發表的Cell文獻【1】中學習繪制南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等，權當拋磚引玉。首先，我為什么分享使用Excel繪圖？1、 幾乎所有人電腦上都安裝有Excel；2、 Excel功能強大，可繪制出不遜于編程與其他專業軟件的圖形效果；3、 可導出高分辨圖片；4、 Excel還能夠實現一些常用軟件(如Graphpad prism)繪制不了的圖形。Excel繪制南丁格爾玫瑰圖南丁格爾玫瑰圖(Rose diagrams)是英國護士和統計學家弗羅倫斯·南丁格爾(Florence Nightingale)發明的一種圓形的直方圖。其優點是使數據易于理解，讓人印象深刻。下圖是國際頂級期刊Cell文章中使用的玫瑰圖【1】，用以說明差異表達基因(DEGs)在不同組織中的分布情況：“見賢思齊”，我們該如何繪制南丁格爾玫瑰圖呢？尺有所長，寸有所短。目前常用繪圖軟件GraphPad Prism暫不能繪制南丁格爾玫瑰圖，然而幾乎所有人電腦中均安裝了的軟件Excel卻可以輕松繪制漂亮的玫瑰圖。繪制步驟：1.?數據準備模擬與Cell文獻中類似的7組數據，每組所占角度為360°除以7為51.4286°：對各組織間角度范圍細分如下，此外為了讓各組織之間有一定的間隔，使其對應數據為0：得到1-360°各角度對應的組織與上調或下調數據：2. 繪制玫瑰圖選擇步驟1得到的數據，菜單欄點擊插入 -> 插入圖表 -> 雷達圖下選擇填充雷達圖：得到填充雷達圖：3. 美化玫瑰圖3.1 選擇并刪除玫瑰圖外圍的數字：3.2 設置上調與下調顏色選中圖形，鼠標右擊選擇設置數據系列格式：標記處依次設置上調與下調填充顏色，例如上調設置為紅色，透明度設置為60%，效果如下：設置完成后效果如下：主要網格線處可以設置網格線的顏色、透明度、寬度等：4. 添加序列標簽添加序列標簽前準備好如下輔助數據：選擇數據，插入餅圖：餅圖右上角加號選擇數據標簽 -> 更多選項 ?-> 標簽選項選擇標簽僅包括類別名稱，位置為數據標簽外：餅圖進入設置數據系列格式，圖表選項設置為無填充：得到漂亮的南丁格爾玫瑰圖：5. 導出高清圖片使用XL toolbox(https://www.xltoolbox.net/)插件Import＆Export下導出高清Tiff圖片：

Excel提取配色方案

相信很多人都曾經為繪圖配色而苦惱，無論怎么調整都覺得自己的配色“辣眼睛”。向高分文章學習漂亮的配色方案是一個不錯的選擇。在此繼續以Cell文章【1】為例向大家分享Excel提取配色的方法！下圖是Cell文章中7個不同組織的顏色：步驟：1.?EasyCharts插件鏈接：http://easychart.github.io/post/Easycharts/ 。下載完成后按照說明進行安裝：安裝完成后在菜單欄可見EasyCharts插件。2.?使用顏色拾取進行配色提取將想參考配色圖片截圖導入Excel，點擊E asyCharts中的顏色拾取，逐一提取各組顏色，保存獲得各顏色對應的RGB值：使用提取顏色時只需要在填充顏色時選擇自定義，顏色模式選擇RGB，填入對應的RGB值即可：4.?在其他繪圖軟件使用配色以GraphPad Prism為例，填充顏色時選擇More colors，在RGB處填入提取的RGB值，Add to custom colors可以保存顏色后續使用，不需要再次輸入：使用時點擊More colors，在Choose color下選擇保存好的custom顏色即可：擴展：1. EasyCharts插件除可以進行顏色拾取外色輪參考亦可輔助配色：2. 關于配色Excel表格頁面布局下顏色處也有不同的顏色供大家參考：

Excel繪制GO分析圖

Cell文獻還對差異表達基因進行了GO分析，圓圈中的數字對應每一項中富集的基因數量：步驟：1. 準備GO分析數據,繪圖需使用GO分析名稱(Description列)、-Log10P與基因數量：2. 選擇Description與-Log10P兩列，插入二維條形圖：3.?美化圖片設置柱形圖顏色為灰色：選中并刪除豎直網格線：設置邊框為灰色：右擊圖表右上方加號，添加坐標軸標題：添加數據標簽，選擇更多選項：標簽選項設置僅顯示單元格中的值：選擇基因數量列：選擇基因數量，右擊更改數據標簽形狀為橢圓形：設置形狀填充顏色與字體顏色，導出高分辨率圖片即可：擴展：Excel繪制另類柱形圖：準備號GO分析數據：選擇數值，開始菜單下條件格式，選擇數據條，漸變填充下選擇需要的填充顏色：視圖處選擇不顯示網格線：選擇數值，右擊設置單元格格式 -> 數字 -> 自定義 -> 類型中輸入；；；(三個分號)，將隱藏數字：選擇數據列，設置左側與下方框線：最終效果如下：

模式圖繪制

Cell文章中使用不同組織的模式圖，增加了圖形的趣味性。今天半夏給大家分享一款高效模式圖繪制神器——BioRender。BioRender鏈接：https://biorender.com/?BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在內的30多個生命科學領域的數千個模板。需要什么搜索即可挑選自己需要的模式圖，例如搜索kidney：我搜索選取了一些常用的模式圖讓大家感受一下：有了BioRender小白也可以在文章中輕松使用模式圖！

實用網站

除了可以從Cell文章學習繪圖外，文中還涉及了一些實用網站。1.?Metascape鏈接：http：//metascape.orgMetascape【2】整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權威的數據資源，不僅能完成通路富集和生物過程注釋，還能做基因相關的蛋白質網絡分析和涉及到的藥物分析。作者使用Metascape進行了GO分析。2.?CellPhoneDB鏈接：www.cellphonedb.orgCellPhoneDB是一種用以預測潛在的特殊的細胞間互作新型統計工具【3】。今天給大家分享從高分文獻學習科研繪圖就到此為止了，祝大家繪制高質量的圖片、發高分文章！參考文獻：1. Ma S, Sun S, Geng L, et al. Caloric Restriction Reprograms the Single-Cell Transcriptional Landscape of Rattus Norvegicus Aging [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Cell. 2020;S0092-8674(20)30152-5. doi:10.1016/j.cell.2020.02.0082. Zhou Y, Zhou B, Pache L, et al. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat Commun. 2019;10(1):1523. Published 2019 Apr 3. doi:10.1038/s41467-019-09234-63. Vento-Tormo R, Efremova M, Botting RA, et al. Single-cell reconstruction of the early maternal-fetal interface in humans. Nature. 2018;563(7731):347–353. doi:10.1038/s41586-018-0698-6—END—

作圖系列

跟著Cell學習作圖，讓你文章提升兩個檔次！

重磅推薦！免費在線分析與繪圖神器分享

Nature都在用的模式圖繪制神器分享

版本新功能介紹

繪制小提琴圖

繪制誤差連線并填充顏色圖

分組散點圖與柱狀圖共存圖

子列圖與柱狀圖

散點圖擬合

XY軸雙誤差線圖

Cleveland點圖

手把手教你繪制火山圖與韋恩圖

精品資源推薦

被科研大牛們熱捧的30+本期刊解讀，一次帶走！

300+頁合集，8種實驗整理，疏通實驗方法脈絡

從研究目的到研究意義，200+SCI寫作句式包全拿走

學作圖，文獻，文章套路，數據庫，領訓練營優惠券

點下“在看”，多根頭發

總結

以上是生活随笔為你收集整理的堆叠柱形图上自定义数字_用Excel绘制Cell上的漂亮配图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。