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Excel進(jìn)行配色提取，繪制Cell都在用的南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等！

一位審稿人曾經(jīng)說：“我看稿件的順序是題目、摘要、圖表、前言、參考文獻(xiàn)和正文。”可見論文圖片質(zhì)量非常重要，圖片質(zhì)量的高低很大程度上決定了論文能否被順利錄用。毋庸置疑，擁有賞心悅目的配圖的稿件更加能夠獲得審稿人的青睞！登高望遠(yuǎn)，學(xué)習(xí)高分文獻(xiàn)中的精美配圖是提高自身文章配圖水平的不二法門。今天半就給大家分享從一篇2020年2月26日發(fā)表的Cell文獻(xiàn)【1】中學(xué)習(xí)繪制南丁格爾玫瑰圖、GO富集圖等，權(quán)當(dāng)拋磚引玉。首先，我為什么分享使用Excel繪圖？1、 幾乎所有人電腦上都安裝有Excel；2、 Excel功能強(qiáng)大，可繪制出不遜于編程與其他專業(yè)軟件的圖形效果；3、 可導(dǎo)出高分辨圖片；4、 Excel還能夠?qū)崿F(xiàn)一些常用軟件(如Graphpad prism)繪制不了的圖形。Excel繪制南丁格爾玫瑰圖南丁格爾玫瑰圖(Rose diagrams)是英國(guó)護(hù)士和統(tǒng)計(jì)學(xué)家弗羅倫斯·南丁格爾(Florence Nightingale)發(fā)明的一種圓形的直方圖。其優(yōu)點(diǎn)是使數(shù)據(jù)易于理解，讓人印象深刻。下圖是國(guó)際頂級(jí)期刊Cell文章中使用的玫瑰圖【1】，用以說明差異表達(dá)基因(DEGs)在不同組織中的分布情況：“見賢思齊”，我們?cè)撊绾卫L制南丁格爾玫瑰圖呢？尺有所長(zhǎng)，寸有所短。目前常用繪圖軟件GraphPad Prism暫不能繪制南丁格爾玫瑰圖，然而幾乎所有人電腦中均安裝了的軟件Excel卻可以輕松繪制漂亮的玫瑰圖。繪制步驟：1.?數(shù)據(jù)準(zhǔn)備模擬與Cell文獻(xiàn)中類似的7組數(shù)據(jù)，每組所占角度為360°除以7為51.4286°：對(duì)各組織間角度范圍細(xì)分如下，此外為了讓各組織之間有一定的間隔，使其對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)為0：得到1-360°各角度對(duì)應(yīng)的組織與上調(diào)或下調(diào)數(shù)據(jù)：2. 繪制玫瑰圖選擇步驟1得到的數(shù)據(jù)，菜單欄點(diǎn)擊插入 -> 插入圖表 -> 雷達(dá)圖下選擇填充雷達(dá)圖：得到填充雷達(dá)圖：3. 美化玫瑰圖3.1 選擇并刪除玫瑰圖外圍的數(shù)字：3.2 設(shè)置上調(diào)與下調(diào)顏色選中圖形，鼠標(biāo)右擊選擇設(shè)置數(shù)據(jù)系列格式：標(biāo)記處依次設(shè)置上調(diào)與下調(diào)填充顏色，例如上調(diào)設(shè)置為紅色，透明度設(shè)置為60%，效果如下：設(shè)置完成后效果如下：主要網(wǎng)格線處可以設(shè)置網(wǎng)格線的顏色、透明度、寬度等：4. 添加序列標(biāo)簽添加序列標(biāo)簽前準(zhǔn)備好如下輔助數(shù)據(jù)：選擇數(shù)據(jù)，插入餅圖：餅圖右上角加號(hào)選擇數(shù)據(jù)標(biāo)簽 -> 更多選項(xiàng) ?-> 標(biāo)簽選項(xiàng)選擇標(biāo)簽僅包括類別名稱，位置為數(shù)據(jù)標(biāo)簽外：餅圖進(jìn)入設(shè)置數(shù)據(jù)系列格式，圖表選項(xiàng)設(shè)置為無填充：得到漂亮的南丁格爾玫瑰圖：5. 導(dǎo)出高清圖片使用XL toolbox(https://www.xltoolbox.net/)插件Import＆Export下導(dǎo)出高清Tiff圖片：

Excel提取配色方案

相信很多人都曾經(jīng)為繪圖配色而苦惱，無論怎么調(diào)整都覺得自己的配色“辣眼睛”。向高分文章學(xué)習(xí)漂亮的配色方案是一個(gè)不錯(cuò)的選擇。在此繼續(xù)以Cell文章【1】為例向大家分享Excel提取配色的方法！下圖是Cell文章中7個(gè)不同組織的顏色：步驟：1.?EasyCharts插件鏈接：http://easychart.github.io/post/Easycharts/ 。下載完成后按照說明進(jìn)行安裝：安裝完成后在菜單欄可見EasyCharts插件。2.?使用顏色拾取進(jìn)行配色提取將想?yún)⒖寂渖珗D片截圖導(dǎo)入Excel，點(diǎn)擊E asyCharts中的顏色拾取，逐一提取各組顏色，保存獲得各顏色對(duì)應(yīng)的RGB值：使用提取顏色時(shí)只需要在填充顏色時(shí)選擇自定義，顏色模式選擇RGB，填入對(duì)應(yīng)的RGB值即可：4.?在其他繪圖軟件使用配色以GraphPad Prism為例，填充顏色時(shí)選擇More colors，在RGB處填入提取的RGB值，Add to custom colors可以保存顏色后續(xù)使用，不需要再次輸入：使用時(shí)點(diǎn)擊More colors，在Choose color下選擇保存好的custom顏色即可：擴(kuò)展：1. EasyCharts插件除可以進(jìn)行顏色拾取外色輪參考亦可輔助配色：2. 關(guān)于配色Excel表格頁面布局下顏色處也有不同的顏色供大家參考：

Excel繪制GO分析圖

Cell文獻(xiàn)還對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行了GO分析，圓圈中的數(shù)字對(duì)應(yīng)每一項(xiàng)中富集的基因數(shù)量：步驟：1. 準(zhǔn)備GO分析數(shù)據(jù),繪圖需使用GO分析名稱(Description列)、-Log10P與基因數(shù)量：2. 選擇Description與-Log10P兩列，插入二維條形圖：3.?美化圖片設(shè)置柱形圖顏色為灰色：選中并刪除豎直網(wǎng)格線：設(shè)置邊框?yàn)榛疑?#xff1a;右擊圖表右上方加號(hào)，添加坐標(biāo)軸標(biāo)題：添加數(shù)據(jù)標(biāo)簽，選擇更多選項(xiàng)：標(biāo)簽選項(xiàng)設(shè)置僅顯示單元格中的值：選擇基因數(shù)量列：選擇基因數(shù)量，右擊更改數(shù)據(jù)標(biāo)簽形狀為橢圓形：設(shè)置形狀填充顏色與字體顏色，導(dǎo)出高分辨率圖片即可：擴(kuò)展：Excel繪制另類柱形圖：準(zhǔn)備號(hào)GO分析數(shù)據(jù)：選擇數(shù)值，開始菜單下條件格式，選擇數(shù)據(jù)條，漸變填充下選擇需要的填充顏色：視圖處選擇不顯示網(wǎng)格線：選擇數(shù)值，右擊設(shè)置單元格格式 -> 數(shù)字 -> 自定義 -> 類型中輸入；；；(三個(gè)分號(hào))，將隱藏?cái)?shù)字：選擇數(shù)據(jù)列，設(shè)置左側(cè)與下方框線：最終效果如下：

模式圖繪制

Cell文章中使用不同組織的模式圖，增加了圖形的趣味性。今天半夏給大家分享一款高效模式圖繪制神器——BioRender。BioRender鏈接：https://biorender.com/?BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在內(nèi)的30多個(gè)生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)千個(gè)模板。需要什么搜索即可挑選自己需要的模式圖，例如搜索kidney：我搜索選取了一些常用的模式圖讓大家感受一下：有了BioRender小白也可以在文章中輕松使用模式圖！

實(shí)用網(wǎng)站

除了可以從Cell文章學(xué)習(xí)繪圖外，文中還涉及了一些實(shí)用網(wǎng)站。1.?Metascape鏈接：http：//metascape.orgMetascape【2】整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個(gè)權(quán)威的數(shù)據(jù)資源，不僅能完成通路富集和生物過程注釋，還能做基因相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析。作者使用Metascape進(jìn)行了GO分析。2.?CellPhoneDB鏈接：www.cellphonedb.orgCellPhoneDB是一種用以預(yù)測(cè)潛在的特殊的細(xì)胞間互作新型統(tǒng)計(jì)工具【3】。今天給大家分享從高分文獻(xiàn)學(xué)習(xí)科研繪圖就到此為止了，祝大家繪制高質(zhì)量的圖片、發(fā)高分文章！參考文獻(xiàn)：1. Ma S, Sun S, Geng L, et al. Caloric Restriction Reprograms the Single-Cell Transcriptional Landscape of Rattus Norvegicus Aging [published online ahead of print, 2020 Feb 26]. Cell. 2020;S0092-8674(20)30152-5. doi:10.1016/j.cell.2020.02.0082. Zhou Y, Zhou B, Pache L, et al. Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets. Nat Commun. 2019;10(1):1523. Published 2019 Apr 3. doi:10.1038/s41467-019-09234-63. Vento-Tormo R, Efremova M, Botting RA, et al. Single-cell reconstruction of the early maternal-fetal interface in humans. Nature. 2018;563(7731):347–353. doi:10.1038/s41586-018-0698-6—END—

作圖系列

跟著Cell學(xué)習(xí)作圖，讓你文章提升兩個(gè)檔次！

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的堆叠柱形图上自定义数字_用Excel绘制Cell上的漂亮配图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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