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编程问答

文献记录(part6)--Dynamic Tree Cut in-depth description, tests and applications

發布時間:2023/12/19 编程问答 34 豆豆
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文章目錄

    • Dynamic Tree Cut: in-depth description, tests and applications
      • 摘要



Dynamic Tree Cut: in-depth description, tests and applications


摘要


在層次聚類中,聚類被定義為聚類樹的分支。等高截枝法是識別聚類樹分支的常用方法,但對于復雜樹狀圖中的聚類識別并不理想。我們描述了一種新的動態分支切割方法,用于根據聚類樹的形狀檢測聚類。與等高截枝法相比,我們的技術具有以下優點:

  • 它能夠識別嵌套簇。
  • 它是靈活的:聚類形狀參數可以被調整以適應當前的應用。
  • 它適用于自動化。
  • 我們發現它對于尋找蛋白質之間的相互作用和基因共表達網絡中的模塊很有效。

此外,我們的方法還可以選擇結合層次聚類和圍繞medoids分區的優勢,提供更好的異常值檢測。

我們詳細描述了動態樹形切割算法,并舉例說明其使用方法。Dynamic Tree Cut軟件包和示例腳本都是用R語言實現的,可以從https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/BranchCutting/下載


總結

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