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文章目錄

• • Dynamic Tree Cut: in-depth description, tests and applications
  • • 摘要

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Dynamic Tree Cut: in-depth description, tests and applications

摘要

在層次聚類中，聚類被定義為聚類樹的分支。等高截枝法是識別聚類樹分支的常用方法，但對于復(fù)雜樹狀圖中的聚類識別并不理想。我們描述了一種新的動態(tài)分支切割方法，用于根據(jù)聚類樹的形狀檢測聚類。與等高截枝法相比，我們的技術(shù)具有以下優(yōu)點(diǎn)：

• 它能夠識別嵌套簇。
• 它是靈活的：聚類形狀參數(shù)可以被調(diào)整以適應(yīng)當(dāng)前的應(yīng)用。
• 它適用于自動化。
• 我們發(fā)現(xiàn)它對于尋找蛋白質(zhì)之間的相互作用和基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中的模塊很有效。

此外，我們的方法還可以選擇結(jié)合層次聚類和圍繞medoids分區(qū)的優(yōu)勢，提供更好的異常值檢測。

我們詳細(xì)描述了動態(tài)樹形切割算法，并舉例說明其使用方法。Dynamic Tree Cut軟件包和示例腳本都是用R語言實(shí)現(xiàn)的，可以從https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/BranchCutting/下載

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的文献记录(part6)--Dynamic Tree Cut in-depth description, tests and applications的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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