維恩圖（Venn diagram），或譯Venn圖、文氏圖、溫氏圖、范氏圖，是用以表示集合（或類）的一種圖。

大家對(duì)這種圖應(yīng)該不陌生，他們長這樣：

或是這樣：

以及,這~~樣~~~~

在數(shù)據(jù)可視化圖片中，venn圖可以算得上是百花齊放各有特色了。

那么如何繪制這樣”花里胡哨”的venn圖呢?

今天，小鹿就給大家?guī)韛enn圖的千條道路，條條大路通羅馬，必有一款適合你!

首先是方便使用的在線繪圖工具~~

1.Venn Diagram Generator

該工具只能畫2-4個(gè)集合的venn圖，使用方便，但圖形缺乏美觀度。

網(wǎng)址：

http://www.pangloss.com/seidel/Protocols/venn.cgi

2.Venny 2.1

該工具最多能畫4個(gè)集合，優(yōu)點(diǎn)：相較于上一個(gè)增加了圖形顏色線條字體類型的可選項(xiàng)，可以查看集合包含的元素情況，是比較推薦的簡單方便的venn圖繪制工具。

網(wǎng)址：

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

3.BioVenn

該工具支持直接傳輸文件，可以自定區(qū)域顏色和大小，但是只能最多畫3個(gè)集合的圖。比較適合集合較少的情況下使用~~

4.Calculate and draw custom Venn diagrams

該工具可以直接傳輸文件，同時(shí)提供最多30個(gè)集合的，但是5個(gè)集合以上無法形成venn圖，只能提供數(shù)據(jù)列表。

地址：

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

5.Jvenn

可以繪制最多6個(gè)組的venn圖，顏色字體及字體大小，圖例的顯示等等參數(shù)，同時(shí)提供點(diǎn)擊數(shù)字查看集合內(nèi)容的功能，是非常方便的一個(gè)在線venn圖作圖工具，墻裂推薦!

地址：

http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

6.歐易/鹿明生物云平臺(tái)

可以繪制5個(gè)組的venn圖，及5個(gè)組以上的upset圖，提供批量文件傳輸和作圖功能,，可以下載結(jié)果查看交集并集等信息，右側(cè)有詳細(xì)的使用方法，是最好用的venn圖繪制工具!

地址：

https://cloud.oebiotech.cn/task/venn-array/

在線的venn圖繪制工具已經(jīng)可以滿足絕大多數(shù)人的需求，但我們做科研的就是要有一股努力進(jìn)取，不斷學(xué)習(xí)的精神勁頭，所以接下來是更深入的R語言venn圖實(shí)戰(zhàn)環(huán)節(jié)!

給所有走到這一步還想繼續(xù)下去的小伙伴們鼓掌!

R語言VennDiagram包是最常用的畫Venn圖的包，這個(gè)包支持1-5個(gè)集合的Venn圖的繪制。

小鹿將以5個(gè)組的韋恩圖為例，給大家展示VennDiagram包的基礎(chǔ)用法。

1.安裝VennDiagram包并加載

install.packages("VennDiagram")

library(VennDiagram)

2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

我們準(zhǔn)備一個(gè)5個(gè)集合的data數(shù)據(jù)

3.初步代碼撰寫

venn.diagram(x=list(DESeq = data$DESeq,

FQ = data$FQ,

RPKM=data$RPKM,

TC=data$TC,

TMM=data$TMM),

filename = "Venntest2.tif"),

選定畫圖的數(shù)據(jù)x,使用x=list()選擇集合及集合名，然后選擇導(dǎo)出的圖片名稱。

4.修整

我們可以看到，圖片是沒有顏色的，邊緣的字體越出了邊框，圖片沒有標(biāo)題等等的一些問題，需要我們進(jìn)一步修整，接下來就是美化的環(huán)節(jié)了。

我們首先給圖片首先設(shè)置一個(gè)大小和分辨率:

resolution = 300,

height = 4000,

width = 4000,

然后給圖片填充顏色:

fill=c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3")

設(shè)置圖片標(biāo)題,標(biāo)題字體和大小和集合的字體大小位置。

main="Venn",

main.cex = 2,

main.fontface = 2,

cat.cex = 1.5,

cat.fontface=2,

sub.just =c(0.5, 1)

優(yōu)化后的代碼是:

venn.diagram(x=list(DESeq = data$DESeq,

FQ = data$FQ,

RPKM=data$RPKM,

TC=data$TC,

TMM=data$TMM),

resolution = 300,

height = 4000,

width = 4000,

fill=c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3"),

filename = "Venntest2.tif",

main="Venn",

main.cex = 2, main.fontface = 2,

cat.cex = 1.5,cat.fontface=2,

sub.just =c(0.5, 1))

最終成圖是這樣的:

歡迎大家踏入VennDiagram包作圖和優(yōu)化的大門，作圖和美化的過程中，還需要大家不斷嘗試才能得到符合自己心儀的圖片哦!

如果大家對(duì)更多內(nèi)容感興趣，可以翻閱VennDiagram包的說明,根據(jù)說明深入研究探索哦!

VennDiagram包說明: https://rdrr.io/cran/VennDiagram/man/venn.diagram.html

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END

?文章來源于鹿明生物

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的cytoscape使用方法_7种方法 ，订制你的专属venn图！-代谢组学/蛋白组学研究的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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