用blastn比对自己建立的数据库
生活随笔
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用blastn比对自己建立的数据库
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
自己感興趣的一些序列作為數據庫，然后用blastn把測序的read比對到自己建立的數據庫中。
1.用fasta文件創建blast數據庫
makeblastdb
-in input_file
-input_type type #輸入的文件類型：String, `asn1_bin', `asn1_txt',
`blastdb', `fasta'
-dbtype molecule_type #要生成的數據庫類型：String, `nucl', `prot'
-title database_title
-parse_seqids #保持fasta文件內的序列名，否則程序會給它重新安排一個名詞。
-out database_name
2.然后用blastn比對
blastn
-query #要比對的文件，接收fasta文件。
-db #要比對的數據庫，用makeblastdb生成數據庫會產生6個文件，只要寫數據庫的名詞即可，后綴不要寫。
-out #輸出文件
總結
以上是生活随笔為你收集整理的用blastn比对自己建立的数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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