合金理論自動化工具包(Alloy-Theoretic Automated Toolkit：ATAT)的安裝

提示：文章寫完后，目錄可以自動生成，如何生成可參考右邊的幫助文檔

文章目錄

• ATAT的介紹
• • 安裝要求
• 一、安裝步驟
• 二、用一個簡單的例子測試
• • 三.安裝MAPS和VASP之間的接口
• 總結

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ATAT的介紹

合金理論自動化工具包(ATAT)是一個通用名稱，指的是合金理論工具的集合，它包含了不同的代碼工具，具體如下:

1）根據第一性原理(映射和映射)構造集群擴展的代碼。簇展開是一種非常緊湊和有效的表達式，給出取代合金的能量作為其構型的函數(即原子的類型位于晶格的哪個位置)。

2）為了計算合金的熱力學性質，從聚類展開開始，對晶格模型進行蒙特卡洛模擬(emc2和memc2)的代碼。

3）執行晶格動力學計算的代碼(fitfc, fitsvsl, svsl)

4）使用簡單的物理或半經驗模型計算電子和磁自由能貢獻(felec, fmag, fempmag)的代碼。

5）綜合以上所有工具，可以產生自由能，包括構型，振動和電子貢獻(mkteci)。

6）生成特殊準隨機結構(SQS)、無序固溶體模型(mcsqs, gensqs)和枚舉結構(genstr)的代碼。

7）一個預計算SQS和結構原型的大型庫。

上述兩個工具的擴展，允許構建所謂的互向空間簇展開，這是有用的模型，合金的原子尺寸不匹配。

8）張量簇展開(gce)。

9）彈性常數計算。

10）結構轉換實用程序(子單元格、超級單元格、坐標系統更改、文件格式等)(cellcvrt、wycked等)

11）自動化任務的腳本(foreachfile、sspp、getvalue、getlines等)。

12）生成CALPHAD數據庫的代碼(sqs2tdb)。

13）將上述工具與第一性原理代碼連接起來的實用程序，如VASP (runstruct_vasp、runstruct_abinit、runstruct_gulp等)。

安裝要求

你需要安裝以下工具:

g++版本2.7.2或更高版本。鍵入g++ -version來驗證這一點。該軟件包可以從http://www.gnu.org/下載。如果已經安裝好的，可以用g++ -v 查看安裝的版本

GNU make(任何版本)。鍵入make -version來驗證這一點。在某些系統上，這個命令可能被稱為gmake或gnumake。該軟件包可以從http://www.gnu.org/下載。

一種第一性原理電子結構計算代碼，如VASP

您可能需要使用gnuplot來繪制代碼的輸出。輸入gnuplot并檢查程序已啟動(輸入q以退出)。如果沒有，可以從http://www.gnuplot.info/下載。

如果您有多臺機器，并且它們通過不安全的網絡連接(例如internet)，您可能需要ssh。該軟件包可以從http://www.openssh.com/下載。

一、安裝步驟

如果您安裝了較早版本的ATAT，請在繼續之前刪除或重命名以前的ATAT目錄，例如

mv atat atatold
然后輸入
gunzip atatX_XX.tar.gz
tar -xvf atatX_XX.tar.gz
其中X_XX是當前版本號。這些命令在當前目錄中創建一個名為atat的目錄。它包含了整個軟件包。為了將來的參考，我將把這個目錄的整個訪問路徑稱為atat。
輸入：
cd atat
然后用文本編輯器打開文件makefile，查找一行BINDIR=$(HOME)/bin/。更改$(HOME)/bin/以指向您想要放置可執行文件的位置,然后輸入：
make
如果沒有出現錯誤信息，請繼續下一步，否則請參考官方手冊的第8章（http://brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw//atat/manual/node120.html）。然后再輸入
make install
rehash (不需要 bash shell)

二、用一個簡單的例子測試

切換到您選擇的目錄(最好是空目錄)并鍵入

cp atat/examples/cuau.in lat.in
maps -d &：
maps 正在運行，等待信號。輸入
touch ready
表示您已經準備好maps生成結構。maps 復制 Finding best structure… 去找到創建的結構，等出現done顯示后，輸入
ls */wait
要觀察目錄0已經創建。該目錄包含一個str.out文件，該文件描述了需要計算其能量的結構。文件wait只是一個標志，允許您查找新創建的目錄。假設我們已經計算出了這個結構的能量。我們得讓maps知道這個信號。輸入,例如:
echo 1.1 > 0/energy（如果1.1為結構能量。）
rm 0/wait
Maps 響應通過 Finding best cluster expansion…, 然后 done.
你可以重復這個過程(touch ready, etc.)來添加更多的結構。每次有新能量出現時，Maps都會更新當前的原子群體（例如L12 面心立方結構中占面心的群體）。(默認情況下，Maps每10秒檢查一次。)查看輸出文件的說明,輸入：
maps -h | more
有一個很好的實用程序mapsrep允許您使用gnuplot繪制結果。為了干凈利落地停止Maps， 輸入：
touch stop
建議:為了使程序輸出更清晰，建議在一個終端窗口中運行map命令，在另一個終端窗口中輸入所有其他命令。

三.安裝MAPS和VASP之間的接口

輸入
ezvasp
并按照屏幕上發布的說明配置該命令,要測試此接口，請更改為您所選擇和類型的目錄
maps -d &
(除非maps已經在同一目錄中運行)
而map則自動創建描述結構幾何形狀的文件(稱為 n/str.out，其中n是結構名)，我們需要提供一個包含第一性原理代碼所需的所有其他參數的文件。輸入：
cp atat/glue/vasp/vasp.wrap .
將此類文件的示例復制到當前目錄中。對于這些參數的說明，輸入

ezvasp -h | more
假設在目錄0中有一個新結構(通過鍵入touch ready創建)。類型

cd 0
runstruct_vasp
當命令終止時，目錄0將包含一個提供結構能量的文件能量。如果出現錯誤消息，請參閱第8章。
如果沒有出現錯誤消息，您可以在自動化中進行另一個級別
cd … (返回主目錄)
pollmach runstruct_vasp &
該腳本將自動重復調用上述命令。要干凈地停止它，輸入:
touch stoppoll
(忽略警告信息。)如果您只能訪問一臺機器，那么這就足夠了，如果您有多臺機器，請閱讀下一節。如果你想使用VASP以外的其他代碼，請閱讀3.3節。

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總結

總結

以上是生活随笔為你收集整理的合金理论自动化工具包(Alloy-Theoretic Automated Toolkit：ATAT)的安装的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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