SSR检测,定位~MISA,perl
SSR(Simple Sequence Repeat),簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記。SSR是以PCR技術(shù)為核心的DNA分子標(biāo)記技術(shù),或稱(chēng)微衛(wèi)星序列標(biāo)記(Microsatellite sequence,MS),或短串聯(lián)重復(fù)標(biāo)記( Short Tandem Repeat,STR)
一、MISA檢測(cè)SSR
官網(wǎng)地址:Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)
打開(kāi)后如下
?輸入自己的郵箱,選擇一種方法上載自己的序列(Accession number,FASTA sequence,upload file),然后輸入自己的project name
隨后設(shè)置參數(shù),可以默認(rèn)也可以自行調(diào)整,最后點(diǎn)start開(kāi)始
?提交成功后會(huì)收到一封郵件,結(jié)果出來(lái)后會(huì)收到一封郵件
二、SSR位置定位
提前將自己misa后的文件放入和腳本一個(gè)目錄下
使用perl腳本,打開(kāi)后如下
?將對(duì)應(yīng)腳本拖入,回車(chē)
?輸入命令,perl C:\Users\wangwenting\Documents\get_misa_anno.pl file.misa file.gb > result.xls
把file.misa替換成自己的文件名字,file.gb也是,回車(chē)后就可以出結(jié)果
總結(jié)
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