SSR（Simple Sequence Repeat），簡(jiǎn)單重復(fù)序列標(biāo)記。SSR是以PCR技術(shù)為核心的DNA分子標(biāo)記技術(shù)，或稱(chēng)微衛(wèi)星序列標(biāo)記(Microsatellite sequence，MS)，或短串聯(lián)重復(fù)標(biāo)記( Short Tandem Repeat，STR)

一、MISA檢測(cè)SSR

官網(wǎng)地址：Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)

打開(kāi)后如下

?輸入自己的郵箱，選擇一種方法上載自己的序列(Accession number，FASTA sequence，upload file)，然后輸入自己的project name

隨后設(shè)置參數(shù)，可以默認(rèn)也可以自行調(diào)整，最后點(diǎn)start開(kāi)始

?提交成功后會(huì)收到一封郵件，結(jié)果出來(lái)后會(huì)收到一封郵件

二、SSR位置定位

提前將自己misa后的文件放入和腳本一個(gè)目錄下

使用perl腳本，打開(kāi)后如下

?將對(duì)應(yīng)腳本拖入，回車(chē)

?輸入命令，perl C:\Users\wangwenting\Documents\get_misa_anno.pl file.misa file.gb > result.xls

把file.misa替換成自己的文件名字，file.gb也是，回車(chē)后就可以出結(jié)果

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的SSR检测，定位~MISA,perl的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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