歡迎關注微信公眾號《生信修煉手冊》!

在之前的文章中，介紹過igraph工具，可以通過編程處理網絡數據，該工具使用與大規模，大批量數據的處理。如果只是偶爾需要分析下網絡數據，采用cytoscape這種圖形界面工具更加的簡單便捷。

cytoscape相信很多人都用過，通常都是用來進行網絡的可視化，對于分析網絡的基本拓撲屬性，比如計算clustering coefficient值等，在cytoscape中也可以方便的得到。

在cytoscape3.0版本以后，集成了NetworkAnalyzer工具，這個工具可以方便的計算常用的拓撲屬性。通過Tools->NetworkAnalyzer可以打開該工具，分析的結果會在右側的結果面板顯示，常用的結果展示如下

1. Simple Parameter

會給出網絡的clustering coefficient，density等值，示意如下

2. Node Degree Distribution

對于一個scale-free network 而言，節點的度數分布符合冪律分布，該部分可以估計出對應的系數

3. Shorest Path Length Distribution

由于真實網絡的small-world effect效用，network中的最短路徑的值都非常小，從下圖也可以看出，最大為7

4. Betweenness Centrality

5. Closeness Centrality

除此之外，還有很多圖論中專屬的描述網絡的一些特征和屬性，就不一一展示了。通過NetworkAnalyzer工具， 可以快速得到常見的network基本屬性。

掃描關注微信號，更多精彩內容等著你！

總結

以上是生活随笔為你收集整理的使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。