最近小編在使用Cytoscape軟件，覺得真不錯，哈哈，以下是關于此軟件簡單的安裝和使用方法，覺得有用的小伙伴可以看看。

一、Cytoscape簡介

Cytoscape 是一個專注于開源網絡可視化和分析的軟件。它的核心是提供基礎的功能布局和查詢網絡，并依據基本的數據的結合成可視化網絡。Cytoscape 源自系統生物學，用于將生物分子交互網絡與高通量基因表達數據和其他的分子狀態信息整合在一起，其最強大的功能還是用于大規模蛋白質-蛋白質相互作用、蛋白質-DNA和遺傳交互作用的分析。

通過Cytoscape，可以在可視化的環境下將這些生物網絡跟基因表達、基因型等各種分子狀態信息整合在一起，還能將這些網絡跟功能注釋數據庫鏈接在一起。Cytoscape 的核心是網絡，簡單的網絡圖包括節點（node）和邊（edge），每個節點可以是基因、miNRA或蛋白質等等；節點與節點之間的連接 (edge) 代表著這些節點之間的相互作用，包括蛋白與蛋白相互作用（pp），DNA與蛋白相互作用（pd）等。

二、Cytoscape安裝

1、JAVA：Cytoscape的安裝使?建?在JAVA的基礎上，先安裝JAVA
https://www.java.com/zh_CN/

2、下載Cytoscape
http://cytoscape.org/

安裝包下載鏈接：
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1B6RTHgCKIEJISMMYTylXMA?pwd=3c42
提取碼: 3c42

3、默認安裝即可

4、安裝完打開軟件如下圖

三、Cytoscape使用

1、文件導入

導入Node文件:File —> Import —> Network from File…
導入數據庫文件:File —> Import —> Network from Public Database…
導入Edge文件:File —> Import —> Table from File…


2、Node、Edge、Network調節

(1)Node調節
Border Paint:邊框顏色
Border Width:邊框寬度
Fill Color:填充色
Height:高度
Image/Chart1:節點上添加圖片、表等數據
Label:標簽
Label Color:標簽顏色
Label Font Size:標簽字體大小
Shape:節點類型
Transparency:節點透明度
Width:寬度

(2)Edge調節
Label:線內標簽
Label Color:線內標簽顏色
Label Font Size:線內標簽字體大小
Line Type:邊類型
Source Arrow Shape:線的source形狀
Source Arrow Unselected Paint:
Stroke Color (Unselected):線的sourcet顏色
Target Arrow Shape:線的target形狀
Target Arrow Unselected Paint:
Transparency:線的透明度
Width:線的寬度

(3)Network調節
Background Paint:背景顏色
Edge Selection:線
Node Selection:節點
Title:標題

3、圖形展示形式
Layout —> yfiles …
如果顯示 Install yfiles …可以到Apps —>App Manager…選擇安裝即可

4、保存圖片
保存圖片：File —> Export —> Network to Image…
可以保存pdf、png等格式圖片。
END

1）圖圖云平臺-永久免費繪圖工具： https://www.cloudtutu.com/
2）關注公眾號–獲取更多精彩：作圖幫
作圖幫
3）圖圖交流群3

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Cytoscape安装及使用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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