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在之前的《推薦一個快速繪制熱圖的在線工具》、《如何用Origin繪制“聚類”熱圖？》和《如何用Origin繪制熱圖？》三篇文章中，已經為大家介紹過使用OmicShare tools和Origin繪制熱圖的方法，無需編程，非常簡單。而GraphPad Prism也是一個非常受歡迎的科研作圖軟件，它也可以對數據做歸一化、計算相關性、繪制熱圖。

我接下來為大家介紹用GraphPad Prism 繪制熱圖。本文所用的軟件版本為Graphad Prism 8.0（官網：https://www.graphpad.com/）。

數據準備

打開軟件后，通過雙擊窗口灰色區域或點Prism(棱鏡)的小三角，新建工程文件，如下圖。

在彈出的向導頁面選擇表格類型，表格類型選Grouped (選Multiple variables也可以)，Data table選enter or import data into a newtable，Options選第1項（如下圖）。本文用到的數據結構為矩陣，6個樣本中30個基因（表達量最高）的表達量，與《推薦一個快速繪制熱圖的在線工具》的數據完全一樣。

接下來將數據粘貼到Prism的表格中，雙擊表格的名字(默認Data 1)改為top30，如下圖。

表格數據填完后接著計算樣本間的相關性系數，點上方選項欄中的Analyze按鈕，分析方法選相關系數矩陣，如下：

點OK按鈕后選擇相關性系數的計算方法，默認計算Pearson相關系數，為了便于與之前《推薦一個快速繪制熱圖的在線工具》的熱圖進行比較，這里選Spearman相關系數。

得到的相關系數矩陣如下：

在左側導航欄中Graphs菜單下點New Graph ...新建圖表，show選擇Grouped，選擇HeatMap，如下圖。

點OK按鈕后，即可看到初步的繪制結果：

圖表調整

如果不喜歡熱圖的顏色，雙擊圖表，在Format Graph窗口的Color mapping選項卡下，可自由修改Colormap和顏色范圍，如下圖。

在Graph Settings選項，還可以設置每個格子邊框的顏色、粗細，隱藏熱圖的邊框，如下：

在Labels選項，可以讓格子顯示數據，還可以自定義行和列的標簽，甚至設置標簽的旋轉角度。

Legend（圖例）選項的功能也很強大，可以調整圖例（主要是顏色條）的方向、位置、樣式等，如下：

這是我自己嘗試調出的一些圖例樣式，如下，不過有個小缺點是當設置刻度向外時，顏色條的兩邊都有刻度，不過也有解決的辦法。

當然也可以讓圖例小一點，用鼠標調整后的效果如下：

至于Gaps選項，主要用來給熱圖添加gaps，比如我這里在縱向和橫向都添加2個gap，設置方法如下：

得到效果如下：

這種熱圖的配色給人的感覺還是太“熱”了，像廣州的夏天。到這一步，我突然想換 “清涼”一些的顏色，于是得到下圖效果：

綠色是中性色，還可以使用冷色，如藍色：

圖表導出

圖表調整滿意后，通過File Export Graph 導出所需格式的圖片，如下圖，前5種是矢量圖格式，無需設置dpi。建議通過File Save保工程文件，以便反復調整。

最后，Graphad Prism可以對數據做z-score歸一化，不過似乎目前不支持聚類熱圖的繪制。當然對于一般的熱圖繪制，GraphadPrism基本可以勝任，如果是想畫聚類熱圖，你也可以使用OmicShare tools、Origin、R等其他更強大工具，今天的內容就到這里啦~

總結

以上是生活随笔為你收集整理的如何用GraphPadPrism绘制热图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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