? ? 當二代測序的原始數據拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的質量。常用的工具就是FastQC。

? ??FastQC的官網：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

? ??FastQC的下載地址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

? ? 選擇最新版本下載，地址為：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip

? ? linux命令：nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip ?1>fastqc.o 2>fastqc.e

? ? 得到壓縮包：fastqc_v0.11.5.zip ?

? ? 解壓：unzip fastqc_v0.11.5.zip

? ? 進入FastQC

? ? 查看help文檔：fastqc -h

? ? 增加可執行權限：chmod 754 fastqc

? ? 無需編譯，直接運行

? ? 運行命令：fastqc -f fastq -o result/ clean_r1.fq clean_r2.fq

總結

以上是生活随笔為你收集整理的FastQC 质控软件的下载及使用方法（一）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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