SRA轉(zhuǎn)fastq 軟件下載

一、 首先先要安裝SRAtoolkit
1.可在https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software官網(wǎng)下載軟件包
2.可通過xftp上傳到服務(wù)器上
3. 解壓 tar zvxf /opt/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts
4.添加全局變量

echo 'export PATH=~/Biosoft/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

4.~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 或者 fastq-dump 或者prefetch檢查是否安裝成功

二、安裝 pfstq-dump
1.先在 https://github.com/inutano/pfastq-dump下載
2.

cd pfastq-dump/bin/ chmod a+x pfastq-dump cp pfastq-dump ~/Biosoft/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin export PATH=$PATH:~/Biosoft/pfastq-dump/bin

3.轉(zhuǎn)換格式

pfastq-dump -s SRR12062107 --split-3 -t 4 # 當(dāng)雙端測序時需加 --split3 #-t 4代表4線程

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的SRA转fastq 软件下载的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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