我目前python所有的環(huán)境基本上都是python3.6.10, 這里安裝的scanpy默認(rèn)是1.7.2，但是安裝完，你會(huì)發(fā)現(xiàn)umap圖出現(xiàn)很奇怪的現(xiàn)象，下面是測(cè)試的結(jié)果

%load_ext rpy2.ipython %%R -o counts -o metasuppressMessages(library(splatter))params <- newSplatParams()params <- setParam(params, "nGenes", 5000) params <- setParam(params, "batchCells", c(500,500,500)) params <- setParam(params, "batch.facLoc", 0.5) params <- setParam(params, "batch.facScale", 0.5) params <- setParam(params, "group.prob", c(1/3,1/3,1/3))sim <- splatSimulate(params, method="groups", verbose=FALSE)counts = data.frame(counts(sim)) meta = data.frame(colData(sim)) import anndata import scanpy as sc adata = anndata.AnnData(X=counts.values.T, obs=meta)sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=10000) sc.pp.log1p(adata) sc.tl.pca(adata,svd_solver='arpack') sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=9) sc.tl.umap(adata) sc.pl.umap(adata,color=['Batch','Group'])

結(jié)果如下
這個(gè)圖很明顯是不對(duì)的，而且louvain也沒有安裝

解決方法如下

conda install -c vtraag louvain # 可選，因?yàn)閘ouvain 也要安裝的 pip uninstall umap-learn pip install umap-learn==0.4.6 pip uninstall numba pip install numba==0.51.2

重新測(cè)試代碼

%load_ext rpy2.ipython%%R -o counts -o metasuppressMessages(library(splatter))params <- newSplatParams()params <- setParam(params, "nGenes", 5000) params <- setParam(params, "batchCells", c(500,500,500)) params <- setParam(params, "batch.facLoc", 0.5) params <- setParam(params, "batch.facScale", 0.5) params <- setParam(params, "group.prob", c(1/3,1/3,1/3))sim <- splatSimulate(params, method="groups", verbose=FALSE)counts = data.frame(counts(sim)) meta = data.frame(colData(sim))import anndata import scanpy as sc adata = anndata.AnnData(X=counts.values.T, obs=meta)sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=10000) sc.pp.log1p(adata) sc.tl.pca(adata,svd_solver='arpack') sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=9) sc.tl.umap(adata) sc.pl.umap(adata,color=['Batch','Group'])

結(jié)果如下
# 然后進(jìn)行l(wèi)ouvain

sc.tl.louvain(adata) sc.pl.umap(adata,color=["louvain"])

結(jié)果如下
這個(gè)結(jié)果才是對(duì)的。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的scanpy和umap版本不匹配问题总结的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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