我目前python所有的環境基本上都是python3.6.10, 這里安裝的scanpy默認是1.7.2，但是安裝完，你會發現umap圖出現很奇怪的現象，下面是測試的結果

%load_ext rpy2.ipython %%R -o counts -o metasuppressMessages(library(splatter))params <- newSplatParams()params <- setParam(params, "nGenes", 5000) params <- setParam(params, "batchCells", c(500,500,500)) params <- setParam(params, "batch.facLoc", 0.5) params <- setParam(params, "batch.facScale", 0.5) params <- setParam(params, "group.prob", c(1/3,1/3,1/3))sim <- splatSimulate(params, method="groups", verbose=FALSE)counts = data.frame(counts(sim)) meta = data.frame(colData(sim)) import anndata import scanpy as sc adata = anndata.AnnData(X=counts.values.T, obs=meta)sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=10000) sc.pp.log1p(adata) sc.tl.pca(adata,svd_solver='arpack') sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=9) sc.tl.umap(adata) sc.pl.umap(adata,color=['Batch','Group'])

結果如下
這個圖很明顯是不對的，而且louvain也沒有安裝

解決方法如下

conda install -c vtraag louvain # 可選，因為louvain 也要安裝的 pip uninstall umap-learn pip install umap-learn==0.4.6 pip uninstall numba pip install numba==0.51.2

重新測試代碼

%load_ext rpy2.ipython%%R -o counts -o metasuppressMessages(library(splatter))params <- newSplatParams()params <- setParam(params, "nGenes", 5000) params <- setParam(params, "batchCells", c(500,500,500)) params <- setParam(params, "batch.facLoc", 0.5) params <- setParam(params, "batch.facScale", 0.5) params <- setParam(params, "group.prob", c(1/3,1/3,1/3))sim <- splatSimulate(params, method="groups", verbose=FALSE)counts = data.frame(counts(sim)) meta = data.frame(colData(sim))import anndata import scanpy as sc adata = anndata.AnnData(X=counts.values.T, obs=meta)sc.pp.normalize_per_cell(adata,counts_per_cell_after=10000) sc.pp.log1p(adata) sc.tl.pca(adata,svd_solver='arpack') sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=9) sc.tl.umap(adata) sc.pl.umap(adata,color=['Batch','Group'])

結果如下
# 然后進行louvain

sc.tl.louvain(adata) sc.pl.umap(adata,color=["louvain"])

結果如下
這個結果才是對的。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的scanpy和umap版本不匹配问题总结的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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