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编程问答

Nature作图也出错 单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰

發布時間:2023/12/20 编程问答 37 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 Nature作图也出错 单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

復現Nature文章的圖表:

image.png

我們這里主要展示UMAP圖的ggplot做法,原文圖如下:

image.png

復現效果如下:可以發現,原文中3、15標反了,可能原文作者使用PS添加的,或者cluster編號弄反了,可見nature文章也有粗心大意的錯誤!

image.png

主要解決的問題有:
1、ggplot繪制單細胞UMAP圖,設自定義細胞展示順序、細胞顏色2、ggplot繪制UMAP圖,添加cluster標簽
3、ggplot實現UMAP圖坐標軸在左下角的問題
4、實現legend圈中顯示cluster數字

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的Nature作图也出错 单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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