先寫簡略版，以后再詳細寫。

1. 對輸入結構進行預處理（refine）

$> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax　　

flag_input_relax:

-nstruct 2

-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:ramp_constraints false

-ex1
-ex2

-use_input_sc
-flip_HNQ
-no_optH false

2. local dock

執行局部對接之前應手動把受體和配體放到一個pdb文件中，用不同的鏈標注（例如A，B），相距～10A，并且要有口袋的先驗知識，把受體配體按照先驗知識對好朝向。

使用以下兩個option控制局部對接：

-partners A_B
-dock_pert 3 8

當受體鏈和配體鏈同時有多條時，例如AB，LH，則相應的改變option：

-partners LH_AB

運行docking_protocol命令：

$> $ROSETTA3/main/source/bin/docking_protocol.linuxgccrelease @flag_local_docking

flag_local_docking (最好-nstruct設置在500及以上):

-in:file:s input_files/col_complex.pdb
-in:file:native input_files/1v74.pdb
-unboundrot input_files/col_complex.pdb

-nstruct 500

-partners A_B
-dock_pert 3 8

-ex1
-ex2aro

-out:path:all output_files/local_dock
-out:suffix _local_dock

3. 對得到的對接結果進行local refine

得到結果后，對結果進行relax前，先用docking_protocol的local refine對蛋白界面氨基酸進行優化

相對于local dock 的flag文件，local refine只有下面這兩個選項不同：

-docking_local_refine
-use_input_sc

運行local refine命令：

$> $ROSETTA3/main/source/bin/docking_protocol.linuxgccrelease @flag_local_refine

flag_local_refine:

-in:file:s input_files/1v74.pdb

-nstruct 1

-docking_local_refine
-use_input_sc

-ex1
-ex2aro

-out:file:fullatom
-out:path:all output_files
-out:suffix _local_refine

運行完local refine后，就可以使用relax對對接結果進行優化處理了，命令如第一步使用relax預處理。

4. global dock


global dock適用于沒有蛋白相互作用的先驗知識，不知道結合位點，基本原理是對受體和配體均隨即取樣，相對于local dock來說，盲目性較大，運行時間也較長。

如下三個參數定義受體與配體的隨機取樣：

-spin
-randomize1
-randomize2

-randomize1 表示對受體（蛋白1）進行隨機取樣，-randomize2 表示對配體（蛋白2）進行隨機取樣.

global dock的運行命令如下：

$> $ROSETTA3/main/source/bin/docking_protocol.linuxgccrelease @flag_global_docking

其中，flag_global_docking：

-in:file:s input_files/col_complex.pdb
-in:file:native input_files/1v74.pdb
-unboundrot input_files/col_complex.pdb

-nstruct 1

-partners A_B
-dock_pert 3 8
-spin
-randomize1
-randomize2

-ex1
-ex2aro

-out:path:all output_files
-out:suffix _global_dock

相對于local dock，主要是上面提到的三個參數的變化，因global dock的隨機性較強，為達到收斂的效果，建議設置-nstruct 10000-100000。

5. Docking flexible proteins

之前提到的蛋白對接，蛋白的骨架都是固定的，對于柔性蛋白對接，rosetta采用的是使用centroid模式對受體和配體進行構象采樣，以受體或配體的構象集（ensemble）作為對接的輸入，至于蛋白的構象集，可以使用非限制性的relax來實現，因為relax本身就是一個對蛋白結構進行采樣（sample）程序。

首先，在做柔性對接前，我們要按以下格式分別準備受體及配體的構象列表，名詞為xxx_ensemblelist，這個列表類似于蛋白列表輸入：

xxx_ensemblelist:

input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0001.pdb
input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0002.pdb
input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0003.pdb

分別準備好兩個列表后，使用-ensemble1 和-ensemble2 兩個參數，將pdb列表導入到程序中：

-ensemble1 COL_D_ensemblelist
-ensemble2 IMM_D_ensemblelist

在運行dock之前，我們首先需要對兩蛋白集進行prepacking，此步用于對兩蛋白進行處理，方便下一步dock的進行：

$> $ROSETTA3/main/source/bin/docking_prepack_protocol.linuxgccrelease @flag_ensemble_prepack

flag_ensemble_prepack:

-in:file:s input_files/col_complex.pdb
-in:file:native input_files/1v74.pdb
-unboundrot input_files/col_complex.pdb

-nstruct 1

-partners A_B

-ensemble1 COL_D_ensemblelist
-ensemble2 IMM_D_ensemblelist

-ex1
-ex2aro

-out:path:all output_files
-out:suffix _ensemble_prepack

prepack運行完畢，xxx_ensemblelist會被重新編輯，更改后的格式如下：

input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0001.pdb.ppk
input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0002.pdb.ppk
input_files/COL_D_ensemble/COL_D_0003.pdb.ppk
0.77058
0
1.00377
-93.3588
-94.2715
-93.9065

prepack運行后，就可以執行柔性對接了，對接命令為：

$> $ROSETTA3/main/source/bin/docking_protocol.linuxgccrelease @flag_ensemble_docking

flag_ensemble_docking:

-in:file:s input_files/col_complex.pdb
-in:file:native input_files/1v74.pdb
-unboundrot input_files/col_complex.pdb

-nstruct 1

-partners A_B
-dock_pert 3 8

-ensemble1 COL_D_ensemblelist
-ensemble2 IMM_D_ensemblelist

-ex1
-ex2aro

-out:path:all output_files
-out:suffix _ensemble_dock

柔性對接的結果好壞取決于構象取樣的多少，同時，伴隨著構象數增多，程序運行時間也會變長，為保證效果，推薦-nstruct設置大于5000.

6. Symmetric docking

7. 對接結構分析

典型的對接結果的score.sc如下所示：

SEQUENCE: 
SCORE: total_score         rms        Fnat        I_sc        Irms cen_dock_ens_conf           cen_rms conf_num1 conf_num2 conf_score dock_ens_conf1 dock_ens_conf2 dslf_ca_dih dslf_cs_ang dslf_ss_dih dslf_ss_dst      fa_atr      fa_dun     fa_elec     fa_pair      fa_rep      fa_sol hbond_bb_sc hbond_lr_bb    hbond_sc hbond_sr_bb interchain_contact interchain_env interchain_pair interchain_vdw        st_rmsd description 
SCORE:    -202.141      13.143       0.061      -3.086       5.015            -1.004            14.583     1.000     1.000    -25.732        -93.359        -83.050       0.000       0.000       0.000       0.000    -326.487      12.899      -3.158      -8.467       8.982     139.078      -3.968      -4.390      -2.692     -13.937            -20.000        -23.791          -2.002          0.357          7.729 col_complex_ensemble_dock_0001

其中，我們在關注total_score的同時，應該更多的關注I_sc，這一項描述的是蛋白界面相互作用得分(interface score,-2~-10)，而且I_sc僅限于體系內比較，對于不同體系的蛋白，I_sc沒有比較意義。

作者：丨o聽乄雨o丨
出處：http://www.cnblogs.com/wq242424/
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總結

以上是生活随笔為你收集整理的ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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