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?????? Note1. 整個安裝過程主要參考下述網頁：http://www.pymolwiki.org/index.php/Windows_Install

Note2. 需要首先安裝Python2.7和vcpython2.7(即Microsoft VC++ Compiler for Python, 瀏覽器中打開http://aka.ms/vcpython27下載安裝), 然后在Python2.7的環境下安裝Pip, numpy, setuptools等模塊，最后從http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol頁面下載PyMOL的安裝文件whl，利用pip進行安裝。

詳細步驟如下（Suppose vcpython27已安裝）：

1. 安裝Python2.7 官方下載地址： https://www.python.org/download/releases/2.7.5/ 我安裝在C盤根目錄下，生成安裝目錄為C:\Python27

2. 從 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pip 下載pip安裝文件pip?6.0.7?py2.py3?none?any.whl?，放在Python根目錄中。打開cmd窗口，執行

python.exe pip-6.0.7-py2.py3-none?any.whl/pip install pip-6.0.7-py2.py3-none?any.whl

安裝pip到C:\Python27\Scripts

3.?命令行一次執行

#安裝SetupTools pip search setuptools pip install setuptools#安裝Matplotlib pip search matplotlib pip install matplotlib

?

??? ?? 或者在下載的文件夾里面：

????? 執行?pip?install? matplotlib-1.4.3-cp27-none-win_amd64.whl

??????安裝預先下載的whl包

對于出現的?error: Microsoft Visual C++ 9.0 is required (Unable to find vcvarsall.bat). Get it from http://aka.ms/vcpython27

參考：windows下使用pip安裝包的時候需要機器裝有vs2008，VS2012還不行，如果不想裝VS2008的話，可以安裝一個Micorsoft Visual C++ Compiler for Python 2.7的包

??????? 4.運行....................

3. 命令行進入C:\Python27\Scripts目錄，依次執行
pip install pmw
pip install numpy
pip install setuptools
安裝pmw，numpy和setuptools模塊。 4. 從http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol下載相應的Pymol安裝文件，放入C:\Python27\Scripts目錄。因為是64位windows和python27，所以下載的是pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl和pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl。

5. cmd窗口執行

pip install pymol-1.7.2.1-cp27-none-win_amd64.whl

安裝pymol，安裝時間比較長，安裝完之后在scripts文件夾下生成pymol.cmd文件，雙擊運行即可打開pymol運行窗口。

執行

pip install pymol_launcher-1.0-cp27-none-win_amd64.whl

安裝pymol launcher，安裝時間很短，安裝完后在Python27目錄下生成PyMOL.exe文件，雙擊打開PyMOL的運行主窗口。

6. 雙擊scripts文件夾下的pymol.cmd即可打開pymol運行窗口。
另外，錦上添花的步驟（在運行PyMOL時安裝/加載plugins）： 7. 從https://github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/zipball/master下載Pymol-script-repo（zip file） 8. 解壓到:?C:\Python27\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\Pymol-script-repo?確認文件名和路徑完全正確。

9. 打開記事本程序把下面的代碼粘貼進去：

# Add paths to sys.path so PyMOL can find modules and scripts

import sys, os

pymol_git = os.path.abspath(os.path.join(os.environ['PYMOL_PATH'], 'Pymol-script-repo'))

os.environ['PYMOL_GIT_MOD'] = os.path.join(pymol_git,'modules')

sys.path.append(pymol_git)

sys.path.append(os.environ['PYMOL_GIT_MOD'])

# Make setting changes to Plugin Manager

import pymol.plugins

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': False, 'verbose': False}

pymol.plugins.autoload = {'apbs_tools': False}

pymol.plugins.set_startup_path([os.path.join(pymol_git, 'plugins'), os.path.join(sys.prefix, 'Lib', 'site-packages', 'pmg_tk', 'startup')])

pymol.plugins.preferences = {'instantsave': True, 'verbose': False}

然后將文件存為：File->Save as->All files-> C:\Python27\Lib\site-packages\pymol\pymol_path\run_on_startup.py?

10. 再次打開PyMOL，從主菜單的Plugins選項就可以安裝和運行plugins了。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的windows下安装Python-Whl文件的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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