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HMMPfam的安裝使用手記
前言

簡(jiǎn)要介紹一下 HMMPfam吧。這還要從HMMER說起，HMMER是基于隱馬爾可夫模型(profile HMMs)，用于生物序列分析工作的一個(gè)非常強(qiáng)大的軟件包，而hmmpfam就是HMMER軟件包中的一個(gè)重要組成部分。同時(shí)，我們還需要了解Pfam (Protein families database of alignments and HMMs)，它實(shí)際上是一個(gè)涵蓋了生物蛋白質(zhì)序列中常見結(jié)構(gòu)域的序列及其相對(duì)應(yīng)的隱馬爾科夫模型的數(shù)據(jù)庫，由英國(guó)的Sanger Institute維護(hù)。hmmpfam的工作原理簡(jiǎn)單的說就是將用戶所提交的查詢序列在Pfam庫中做比對(duì)計(jì)算，然后預(yù)測(cè)出查詢序列中所隱含的結(jié)構(gòu)域信息。

正文

通過前面的簡(jiǎn)介，我們知道要使hmmpfam能成功運(yùn)行，需要同時(shí)安裝HMMER軟件包和Pfam數(shù)據(jù)庫。下面就讓我們開始吧：）

HMMER軟件包從http://hmmer.janelia.org/下載，現(xiàn)在的版本為2.3.2。下載下來的應(yīng)該是源碼壓縮包，放在任意目錄下解壓
$ tar xvf hmmer.tar.gz

切換到解壓后的目錄
$ cd hmmer-2.3.2

下面運(yùn)行configure進(jìn)行配置，其實(shí)默認(rèn)配置很簡(jiǎn)單，直接用./configure 就行了，不用加任何參數(shù)。但我自己裝的時(shí)候設(shè)了以下兩個(gè)參數(shù)。--enable-threads 是多線程支持，因?yàn)槲沂窃诜?wù)器上安裝，我們實(shí)驗(yàn)室的服務(wù)器為4顆雙核CPU，因此在這里開啟了HMMER對(duì)多線程的支持(默認(rèn)可以使用所有可用的cpu 同時(shí)進(jìn)行運(yùn)算），第二個(gè)參數(shù)--enable-lfs是開啟對(duì)大于2G的文件的讀寫支持，以備不時(shí)之需。其它參數(shù)可以根據(jù)自己需要設(shè)置，我這里沒有特別設(shè)定。
$ ./configure --enable-threads --enable-lfs

后面就很簡(jiǎn)單了，按部就班三步走。其中make install要在root權(quán)限下進(jìn)行，默認(rèn)安裝路徑為(程序：/usr/local/bin/ ，幫助文件： /usr/local/man/man1）
$ make
$ make check
# make install

這樣HMMER就裝好了，還是很簡(jiǎn)單的吧：）

下面從ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/上下載Pfam的數(shù)據(jù)庫，現(xiàn)在的最新版本是23.0。Pfam的數(shù)據(jù)庫主要有兩個(gè)，Pfam_ls和Pfam_fs，我們主要使用Pfam_ls，所以就只下了這一個(gè)：Pfam_ls.gz ，解壓后實(shí)際大小約700M。這里建議新建一個(gè)名字叫Pfam的工作文件夾，并把解壓后的庫文件放在這個(gè)文件夾下，以后做hmmpfam分析時(shí)的輸入輸出序列也放在這個(gè)文件夾下，這樣使用起來不用特別指定目錄，比較方便，個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，僅供參考，呵呵。

這樣一切準(zhǔn)備工作就都做好了，可以運(yùn)行hmmpfam做分析啦：P

切換到Pfam目錄下，并運(yùn)行hmmfam程序。
$ hmmpfam --cpu 4 -E 0.0001 Pfam_ls InputSeq.fas>OutResults.fas

運(yùn)行hmmpfam時(shí)我一般會(huì)設(shè)這兩個(gè)參數(shù)，--cpu<n> 用于指定本次hmmpfam程序運(yùn)行時(shí)使用的cpu個(gè)數(shù)，-E<n> 用于設(shè)定E-value的閾值。其實(shí)hmmpfam還提供了其它很多參數(shù)，具體使用時(shí)根據(jù)需要選用，下面簡(jiǎn)要列幾個(gè)：

Usage: hmmpfam [-options]

Available options are:
-h : help; print brief help on version and usage
-n : nucleic acid models/sequence (default protein)
-A : sets alignment output limit to best domain alignments
-E : sets E value cutoff (globE) to ; default 10
-T : sets T bit threshold (globT) to ; no threshold by default
-Z : sets Z (# models) for E-value calculation

后記

回頭看看這個(gè)安裝過程，其實(shí)還是挺簡(jiǎn)單的，只要認(rèn)真看看Manual文件，絕對(duì)沒問題。
我對(duì)Linux其實(shí)也是一知半解，所以基本就是在摸著石頭過河，在摸索中前進(jìn)，在前進(jìn)中提高嘛，呵呵。

另外，以上安裝所使用的OS平臺(tái)為：
Redhat Enterprise Linux Server Release 5.2 (Tikanga)

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的HMMPfam的安装使用手记（转载）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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