EEGLAB合辑 | 第一节 往EEGLAB导入数据
1、學習Matlab
EEGLAB圖形界面建立在強大的Matlab腳本語言之上。要使用EEGLAB構建宏命令和執行自定義和自動化處理的全部功能,就需要能夠在Matlab中操縱EEGLAB數據結構。由于時間限制,這個wiki沒有提供關于Matlab腳本語言的介紹。相反,用戶需要在開始研究之前熟悉Matlab。
2、安裝EEGLAB和教程文件
首先下載包含教程數據集的EEGLAB(30MB),附下載地址。
(https://sccn.ucsd.edu/eeglab/downloadtoolbox.php)
解壓EEGLAB時,您將獲得一個名為“eeglabxxxx”的文件夾(注意:當前版本號“xxxx”將有所不同)。在Windows下,Matlab通常建議將工具箱放在Application/MatlabRxxxx/toolbox/文件夾中(注意:該名稱應隨Matlab版本的“xxxx”而變化)。在Linux中,Matlab工具箱文件夾通常位于/usr/local/pkgs/Matlab rxxxx/toolbox/和Mac中的“/Application/Matlab_rxxxx”。您也可以將文件夾放在路徑上的任何其他位置。
3、啟動Matlab和EEGLAB
這里我們將啟動Matlab和EEGLAB。
關鍵步驟1:啟動Matlab
Windows:開始,找到Matlab并運行它。
Mac:從dock或應用程序文件夾中的Matlab圖標開始。
Linux:打開一個終端窗口,輸入“matlab”,然后按enter鍵。
關鍵步驟2:切換到EEGLAB目錄(文件夾)
您可以通過單擊屏幕右上角標有“…”的按鈕來瀏覽目錄。這將打開下面的窗口。雙擊目錄即可進入。雙擊文件夾列表中的“.”可將您提升到上一個層級的目錄。一旦找到你想要的文件夾或目錄,點擊OK。或者,從命令行使用“cd”(change direction)來到達所需的目錄。
關鍵步驟3:啟動EEGLAB
在Matlab命令行中輸入“eeglab”,然后按enter鍵。EEGLAB將自動添加到Matlab路徑中。
下面的藍色主EEGLAB窗口將彈出,它有七個菜單標題:文件、編輯、工具、繪圖、研究、數據集、幫助,按典型的(從左到右)使用順序排列。
探索嘗試(可選):將EEGLAB添加到Matlab路徑
您可能需要將EEGLAB文件夾添加到Matlab搜索路徑中,以便下次啟動Matlab時能夠直接打開EEGLAB。如果您是通過Matlab的圖形界面啟動的,請轉到“文件”菜單項并選擇“設置路徑”。這將打開以下窗口。
或者,如果從命令行運行Matlab,鍵入“pathtool”并單擊return;這也將調用此窗口。單擊標記為Add folder的按鈕并選擇文件夾“eeglabxxxxx”,然后單擊“確定”(EEGLAB將負責添加其子文件夾本身)。在pathtool窗口中點擊save,這將使EEGLAB調用函數“EEGLAB”在以后的Matlab命令行中可用。注意,如果您安裝的是更新版本的EEGLAB,最好從Matlab路徑中刪除舊版本(選擇,然后點擊刪除),以避免調用過時的例程。最好不要添加“eeglab”路徑及其子文件夾,而是讓eeglab管理路徑(當您啟動“eeglab”時,它會自動添加所需的路徑。
4、打開現有數據集
關鍵步驟4:加載示例EEGLAB數據集
選擇菜單項“文件”,然后按子菜單項“加載現有數據集”。在本教程的其余部分中,我們將使用約定:Menu_item>Submenu_item來引用菜單選擇(例如,這里選擇Load existing dataset子目錄來加載數據集)。
在Unix中,將彈出以下窗口:
要了解如何從您自己的數據創建EEGLAB數據集,請參閱有關導入數據和數據事件的教程:
https://sccn.ucsd.edu/wiki/A01:_Importing_Continuous_Epoched_Data
選擇文件”eeglab_dataset.set”,位于EEGLAB的“sample_data”文件夾中,也可以在此處下載:
https://sccn.ucsd.edu/mediawiki/images/9/9c/Eeglab_data.set)
然后導入EEGLAB.當數據集被EEGLAB加載時,EEGLAB主窗口顯示關于它的相關信息——它的通道數、采樣率等。
5、事件標簽
在教程數據集中腦電圖事件結構字段type、position和latency是為數據集中標記的154個事件中的每個事件指定的。我們接下來編輯事件標簽的值。
選擇菜單Edit > Event Values 以調出一個窗口,在其中我們可以讀取和編輯這些值:
按上面的>、>>、<和<<鍵來滾動選擇標簽?,F在,我們將簡要描述生成示例數據集的實驗。
6、示例實驗描述
在這個實驗中,有兩種類型的事件“square”和“rt”;“square”事件對應于顯示器中綠色正方形中填充的方塊的出現,“rt”表示被試按下按鈕。
方塊可以顯示在屏幕上的五個正方形中的任何一個,一個是綠色的,其他四個是藍色的,沿著水平軸分布。這里我們只考慮左側的表示,即位置字段所指示的位置1和位置2(水平視角分別約為5.5度和2.7度)。
在這個實驗中,受試者僅關注計算機屏幕上的一個選定位置(綠色方塊),只有當方塊出現在這個位置時,他們才會快速按下拇指按鈕。他們將忽略其他位置(藍色方塊)出現的圓圈。為了減少下載和處理所需的數據量,此數據集僅包含單個受試者左視野注意位置的目標(即“正方形”)刺激。關于這個實驗的更多細節,見Makeig等人(Science,2002,295:690-694)。
在EEGLAB數據集中使用事件時,有兩個必需的事件字段:type和latency,以及任意數量的其他用戶定義的信息字段。這里必須理解字段的名稱是由創建數據集的用戶定義的,并且可以根據需要創建、保存和加載任意多個事件字段。
還要注意,type和latency(小寫)是EEGLAB明確識別的兩個關鍵字,除非導入epoch事件信息,否則這些字段必須由用戶定義(注意:如果只定義了field latency,那么EEGLAB將為每個事件創建一個常量默認值為1的字段類型)。除非定義了這兩個字段,否則EEGLAB將無法正確處理事件以提取epochs、繪制反應時間等。導入數據教程將解釋如何導入事件信息和定義字段。
7、關于此數據集
這里我們描述如何編輯和查看描述當前數據集并作為該數據集的一部分存儲的文本字段,選擇Edit > About this dataset 。彈出一個文本編輯窗口,允許用戶編輯當前數據集的描述。
對于示例數據,我們輸入了以下描述,完成后按SAVE。
8、滾動查看數據
在這里,我們將學習如何可視化和拒絕連續EEG通道數據的選定部分。
選擇Plot > Channel data (scroll),這將彈出eegplot()下面的滾動數據顯示窗口,請注意,此示例數據文件包含的看起來是連續的EEG數據。
為了減少下載時間,這個“偽連續”EEG數據集實際上是通過連接80個獨立的3秒數據周期(稍后我們將再次分開)來構建的,這解釋了在某些數據通道中可能會看到的一些突然跳變。
繪圖窗口的右側是垂直刻度值(及其單位微伏),表示垂直刻度條的“振幅”。在這種情況下,該值為80(微伏)。同樣的值也顯示在右下角的編輯框中,我們可以按照下面的說明更改它。通過反復單擊“-”按鈕或從鍵盤編輯文本值,將”scale”編輯文本框的值更改為大約50,然后按Enter鍵更新滾動窗口。
要調整顯示的時間范圍(即水平刻度),請選擇eegplot()菜單項Settings > Time range to display,然后將所需窗口長度設置為“10”秒,如下所示:
然后按OK使指示的更改生效。
要調整顯示的通道數,請選擇菜單項Settings > Number of channels to display,然后輸入要在屏幕上顯示的所需通道數(例如“16”)。
減少顯示的通道數將返回一個滾動窗口,在繪圖的左側有一個垂直的通道設置滑塊。使用它可以在所有通道中滾動顯示(垂直)。
要放大數據窗口的特定區域,請選擇菜單項Settings > Zoom off/on > Zoom on?,F在使用鼠標,在數據區域周圍拖動一個矩形以放大它。滾動窗口現在看起來可能與下面的類似。單擊鼠標右鍵再次縮小。使用Setting > Zoom off/on > Zoom off菜單項關閉縮放選項。
要在數據上顯示水平(x)和垂直(y)柵格線,請選擇Display > Grid > X grid on 或Display > Grid > Y grid on. 。重復此過程以關閉任一網格線。
另外,使用者也可以刪除(REJECT)連續數據的任意部分。
關閉當前的窗口,并在主EEGLAB窗口中選擇Tools > Reject Continuous Data by eye。出現警告消息則單擊繼續。要REJECT選定的數據部分,首先在感興趣的時間區域水平拖動鼠標(按住鼠標左鍵),將其標記為REJECT。如果您愿意,可以用這種方式標記多個要REJECT的區域。要撤消REJECT標記,請單擊標記的區域。
注意:必須禁用縮放以選擇部分數據。
現在,要刪除標記的數據區域,請單擊(右下角)REJECT按鈕(上圖)。將創建一個新的數據集,刪除標記的區域。注意:EEGLAB還將向新數據集事件列表添加新的“REJECT邊界”事件,并將這些事件鏈接到包含在腦電圖結構。REJECT邊界事件確保后續的數據選擇不會跨越非連續的REJECT邊界。有關REJECT連續數據區域和數據時期的更多詳細信息,請參閱數據REJECT教程。
單擊下面的”OK”以創建新的數據集,并刪除標記的數據部分。
按”OK”創建新數據集,EEGLAB主窗口現在看起來像:
由于我們執行此刪除只是為了說明目的,請通過選擇主窗口菜單項Datasets > Dataset 1: Continous EEG data 切換回原始數據集。要刪除新創建的第二個數據集,請選擇File > Clear dataset(s) 或 Edit > Delete dataset(s),然后輸入數據集索引“2”,如下所示,然后按“OK”。
第二個數據集現在將從EEGLAB/Matlab工作區中刪除。
(注意:在刪除第二個數據集之前,不必切換回第一個數據集。通過輸入由空格分隔的索引,也可以從該窗口中一次刪除多個數據集。)
總結
以上是生活随笔為你收集整理的EEGLAB合辑 | 第一节 往EEGLAB导入数据的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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