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编程问答

科研画图软件推荐

發(fā)布時間:2023/12/31 编程问答 42 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 科研画图软件推荐 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

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轉載于:來自 | 知乎?

https://www.zhihu.com/question/29557377

編輯 | AI有道?

在看一些文章的時候,經常感覺有些概念圖畫的非常精致漂亮,但是不知道是用什么軟件畫的,各位大神都習慣使用什么樣的軟件呢?

作者:丁香學術
https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/489326809
來源:知乎

可以用 AI,也就是 Adobe Illustrator 畫圖,尤其是有些自科文章里面的細胞圖,信號通路圖之類的。

比如這樣的圖

我們打開軟件后選擇左邊的「鉛筆工具」,先從畫線粒體開始,描出大致形狀后可在圖形選中的情況下修改線條,一直改至線條圓滑為止(初步看還是較為滿意滴)。

然后我們選擇左側「填色」,對顏色進行填充;首先選中圖形,雙擊左側「填色板」,調出「拾色器」,選擇合適的顏色分別填充線粒體外膜和內膜,再將內膜移至外膜內(此時一個像樣的線粒體就初步完成啦)。

接著通過「Ctrl+C」和「Ctrl+V」將已完成的線粒體復制兩份,并旋轉方向,如果此時覺得圖形較大,可以通過右擊,選擇「變換」,選擇「縮放」,適當將圖形縮小(以自己滿意為主)。

接著我們再進行畫橢圓,選擇左側「圖形工具」,本次選擇「橢圓工具」,畫好橢圓后將其填充為淡紫色。

然后將橢圓形移至線粒體附近,此時由于處于不同圖層,因此橢圓可能位于線粒體上方,別著急,此時只需右擊,選擇「排列」,「置于底層」,即可將橢圓形的位置置于底層。

接著我們還是選擇「鉛筆工具」,將最外層的邊框畫好,然后加粗邊框的線條;選擇「描邊」,選擇 4 pt 粗的邊框,接著將顏色填充好,將邊框置于所有圖層的最底層。

初步看大致輪廓已經構建好了,接著我們將各項補齊,然后再添加文字,文字添加也很簡單,選擇「文字工具」,在小邊框里將文字添加,然后移至圖中對應位置。

加完文字后接下來就是上升下降的箭頭了,選擇左側「直線段工具」,添加直線后右側點擊「描邊」,調出添加箭頭的選項,默認的箭頭過大,此時下方可進行縮放,將其縮放為 30%,此時完成箭頭的添加;如果需要將直線變?yōu)樘摼€,則只需在「虛線」框中打勾,則可完成。

需要畫曲線的話,同樣在左側「直線段工具」中,長按,選擇曲線。

接著添加轉錄因子,選擇左側的「圓角矩形工具」,將顏色填充為淡黃色,添加上基因名(一個轉錄因子由此生成,相當 easy)。

添加文字和曲線后我們的第一部分則已經完成,歸納起來就是描邊,填充顏色,添加線條和文字,總體來說很輕易能完成,而第二部分的畫法則與第一部分完全相同。

畫完后,則一副高清晰度的配圖就出現在我們軟件里,隨時導出則可以使用

作者:Pjer
https://www.zhihu.com/question/29557377/answer/1112077913
來源:知乎

這里講講數據驅動的科研畫圖,就是有數據出圖。

軟件主要是Python/matplotlib 和 MATLAB 偶爾偶爾萬不得已了也得用一下IDL。

(評論區(qū)指出,常用的還應該有R/ggplot,origin)

存在這樣一個現象,會有Python派的說MATLAB畫圖丑,也有MATLAB說IDL丑,總之沒有任何一個科學數據繪圖軟件可以得到一致好評或者一致差評。其實有數據畫圖好不好看這事兒,還是看“定制化”的程度,定制化程度越高就會顯得專業(yè)。所以不要批判哪個軟件畫圖不好看,批判就是不會用~

比如,同樣是MATLAB里, 稍微調一下axes位置,能組合組合一下,線的顏色粗細什么的。看起來就會好一些

但是如果直接一行

plot(x,y)

那畫出來絕對看起來廉價,

也不好意思往文章里放。

其實axes調位置是每次畫圖都要占據大量時間的事情,不要用subplot默認排布,那個間距不大好看,能共用x或者y的時候就合并合并,看著舒服,比如:


剛才說到,定制化越高,圖看起來越專業(yè),其實這個定制化是需要時間投入和一定能力基礎以及靈感的。

就我2019年的一篇ApJ里面的一張圖當時想了很久都到底如何在同一張2d圖里面顯示出所有對應點的2種屬性。最終想出來的解決方案是colormap也用2d,效果是這樣的(MATLAB作圖):

色溫表示頻率,亮度表示時標。所有點的兩種屬性就融合在同一張圖里,趨勢能體現的更明顯,有利于我吧后面的物理機制講清楚。

評論區(qū)有問2D顏色表如何實現,簡單說一下:

核心是顏色映射,MATLAB里有個函數,

rgb_arr = hsv2rgb(hsv_arr)

可以用來建立從HSV色彩空間到RGB色彩空間的映射。在HSV色彩空間里H代表顏色相位也就是色溫,S是飽和度,V是亮度。這里用H和V來表示兩個物理量。先使用每個數據點的兩個屬性組織其HSV空間的顏色,然后hsv2rgb映射到rgb,散點圖scatter的時候每個點指定上對應的rgb。最后colorbar就是在一個獨立的axes里用imshow硬畫出來的顏色表,

例子:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/264137122


結:

各個畫圖工具都得會一點兒,因為門檻都不高,看一個例子就能上手,每個都會點兒就是圖個效率,比如很多時候當整個工具鏈都在Python里的時候硬是用MATLAB畫圖就會很麻煩。

圖畫的好不好,專業(yè)不專業(yè),取決于定制化程度

一張好的插圖可以引導整篇文章的思路~

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總結

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