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rdkit 计算环、芳香环数
發(fā)布時(shí)間：2023/12/31
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豆豆
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
rdkit 计算环、芳香环数
小編覺(jué)得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/87350161
芳香性定義參考： 休克爾規(guī)則 ：4n+2 https://baike.baidu.com/item/%E4%BC%91%E5%85%8B%E5%B0%94%E8%A7%84%E5%88%99/7496254?fr=aladdin計(jì)算環(huán)的數(shù)量，所有類(lèi)型的環(huán)都會(huì)統(tǒng)計(jì)
m=Chem.MolFromSmiles("*Nc1nccnc1") ri = m.GetRingInfo() print(ri.NumRings())芳香環(huán)的數(shù)量
def Calc_AROM(mh):m = Chem.RemoveHs(mh)ring_info = m.GetRingInfo()atoms_in_rings = ring_info.AtomRings()num_aromatic_ring = 0for ring in atoms_in_rings:aromatic_atom_in_ring = 0for atom_id in ring:atom = m.GetAtomWithIdx(atom_id)if atom.GetIsAromatic():aromatic_atom_in_ring += 1if aromatic_atom_in_ring == len(ring):num_aromatic_ring += 1return num_aromatic_ringCalc_AROM(m)總結(jié)
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