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• 一、繪制png：MolDraw2DCairo
• 二、繪制svg：MolDraw2DSVG
• 三、繪制png設置(svg設置類似)

一、繪制png：MolDraw2DCairo

先導入所要用到的庫和MolDraw2DCairo模塊。

from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from IPython.display import Image

• 首先，創建一個Cairo drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)，同Chem.Draw.MolDraw2DCairo(arg1, arg2)
  arg1和arg2分別是繪制圖像的長和寬
• 接著，準備待繪制的分子：PrepareMolForDrawing(mol, kekulize=True ,addChiralHs=True, wedgeBonds=True, forceCoords=False)
  為了畫出更好看的分子，需要進行一些預處理?？梢蕴幚淼倪x項有：計算凱庫勒式、手性中心補氫、手性中心添加楔形鍵、生成2D坐標
• 開始繪制：DrawMolecule()
• 結束繪制：FinishDrawing()
• 輸出結果：WriteDrawingText(file_name)

>>> mol = Chem.MolFromSmiles('[H][C@](C)(O)F') >>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(400, 200) >>> tmp = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol) >>> d.DrawMolecule(mol) >>> d.FinishDrawing() >>> d.WriteDrawingText('data/rdMolDraw2D_1.png') >>> Image(filename = 'data/rdMolDraw2D_1.png', width=250)

二、繪制svg：MolDraw2DSVG

• 首先，創建一個svg drawer：Chem.Draw.rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(arg1, arg2)，同Chem.Draw.MolDraw2DSVG(arg1, arg2)
  arg1和arg2分別是繪制圖像的長和寬
• 接著，準備并繪制分子，兩個步驟合二為一：PrepareAndDrawMolecule(drawer, mol, …)
• 結束繪制：FinishDrawing()
• 獲取結果：GetDrawingText(file_name)

>>> mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1') >>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(150, 150) >>> rdMolDraw2D.PrepareAndDrawMolecule(d, mol) >>> d.FinishDrawing() >>> svg = d.GetDrawingText() >>> with open('data/rdMolDraw2D_2.svg', 'w') as f: >>> f.write(svg)

三、繪制png設置(svg設置類似)

• 實例化一個參數器：do = rdMolDraw2D.MolDrawOptions()
• 將分子鍵的寬度設置為4：do.bondLineWidth = 4
• 將分子鍵的長度設置為30：do.fixedBondLength = 30
• 將分子順時針旋轉30度：do.rotate = 30
• 修改原子標簽：do.atomLabels[2] = ‘OH group’
• 應用設置：SetDrawOptions(do)

>>> m = Chem.MolFromSmiles('[H][C@](C)(O)F') >>> d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(150, 150) >>> do = rdMolDraw2D.MolDrawOptions() >>> do.bondLineWidth = 4 >>> do.fixedBondLength = 30 >>> do.rotate = 30 >>> do.atomLabels[2] = 'OH group' >>> d.SetDrawOptions(do) >>> rdMolDraw2D.PrepareAndDrawMolecule(d, m) >>> d.FinishDrawing() >>> d.WriteDrawingText('data/rdMolDraw2D_3.png') >>> Image(filename='data/rdMolDraw2D_3.png', width=250)

本文參考自rdkit官方文檔和一段項目代碼。

代碼及源文件在這里。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的RDKit|使用MolDraw2DCairo模块绘制分子的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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