RDKit中處理分子Mol對象

 

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導入庫

from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))

載入數據

suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011152835.sdf') mols = [x for x in suppl if x is not None] len(mols)

Mol對象的組成

由于Mol對象是分子，因此它們是由原子組成的。分子是通過原子間鍵的形成而形成的。RDKit的Mol對象準備了Atom對象和Bond對象。

Atom和Bond對象相互鏈接，

• 綁定Atom對象形式的
• 哪些原子在鍵對象中形成鍵

總結

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