二維繪制結(jié)構(gòu)式是人類了解分子形狀和特性的第一步。

        RDKit中有多個(gè)繪制引擎，通過使用不同的方法繪制的結(jié)構(gòu)在外觀上有所不同。這次將深入研究RDKit的結(jié)構(gòu)圖，并說明SVG格式的繪制方法，該方法自2015.03更新起可用。可能有很多細(xì)節(jié)，但是了解幕后發(fā)生的事情通常會(huì)很有幫助。

 

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導(dǎo)入模塊和載入數(shù)據(jù)

首先，導(dǎo)入必要的庫和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。 

from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from IPython.display import SVG print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion) rdkit version: 2020.03.1 suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf') mols = [x for x in suppl if x is not None] len(mols) 200

 

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的RDKit | RDKit分子结构图的详细说明的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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